Передав свой корпус генералу Покровскому, Врангель разработал план удара из Ставрополья на юг, на Терек, повел армию в предгорья, отрезая большевикам путь отступления с Кубани и Северного Кавказа на Астрахань.
9 января к нему в штаб прибыл генерал Деникин и объявил, что Добровольческая армия будет разделена на две части. Та, что была послана в Донецкий бассейн и состояла из пехотных частей ветеранов «Ледового похода», сохраняла название «Добровольческой», а оставшиеся на Кавказе кубанские части под командованием Врангеля должны были получить название «Кавказской армии».
Врангель отказался командовать «Кавказской армией», он предпочитал остаться в «Добровольческой» на любой должности. Наконец был найден компромисс. Обе армии сохраняли название «Добровольческая», но одна — Кавказская Добровольческая, другая — Крымско-Азовская Добровольческая.
10 января 1919 года (ст. ст.) П. Н. Врангель вступил в командование Кавказской Добровольческой армией и «горячо принялся за работу».
Поражение Красной Армии на Северном Кавказе было довершено вспыхнувшей эпидемией сыпного гифа. Без должного медицинского обеспечения эпидемия приняла невиданные размеры, мертвецов не убирали по нескольку дней. Надорванные навалившимися напастями красноармейцы почти не оказывали сопротивления.
В штабе белого командования уже обсуждался вопрос, куда перебрасывать победоносные войска с завоеванного Северного Кавказа. Деникин планировал оставить слабый заслон по реке Маныч, а основную массу войск перевести на харьковское направление, на Украину. Врангель же настаивал на походе в Поволжье, на соединение с армией адмирала Колчака.
Деникин остался при своем мнении, и с этого момента между ним и Врангелем возникла первая натянутость. Врангель отметил в своих мемуарах, что именно в это время он как раз «присмотрелся» к А. И. Деникину, и «облик его» для Врангеля «прояснился». Врангель заметил, что Деникин «не умел овладевать сердцами людей»: «У него не было всего того, что действует на толпу, зажигает сердца и овладевает душами». «Сын армейского офицера, сам большую часть своей службы проведший в армии, он, оказавшись в верхах, сохранил многие характерные черты своей среды, провинциальной, мелкобуржуазной, с либеральным оттенком. От этой среды оставалось у него бессознательное предубежденное отношение к «аристократии», «двору», «гвардии», болезненно развитая щепетильность, невольное стремление оградить свое достоинство от призрачных посягательств. Судьба неожиданно свалила на плечи его огромную, чуждую ему государственную работу, бросила его в самый водоворот политических страстей и интриг. В этой чуждой ему работе он, видимо, терялся, боясь ошибиться, не доверял и в то же время не находил в самом себе достаточных сил твердой и уверенной рукой вести по бурному политическому морю государственный корабль», — такую характеристику дал Деникину Врангель. Натянутость во взаимоотношениях стала постепенно перерастать во взаимную нелюбовь.
Между тем 150-тысячная армия красных на Северном Кавказе была разгромлена. Немногие конные отряды ушли в Астраханскую степь, пехота, артиллерия и обозы достались белым. На подходах к Кизляру на 25 верст тянулись брошенные большевиками эшелоны. Счет трофейным орудиям пошел на сотни, пленным красноармейцам — на десятки тысяч.
Разъезды врангелевцев вышли к Каспийскому морю. Северный Кавказ отныне превратился в тыловой район, в базу «добровольцев», всех Вооруженных Сил Юга России.
Во время последних боев, объезжая захваченные его войсками территории, Врангель заболел сыпным тифом. Болезнь протекала в тяжелой форме, иногда не оставалось никаких надежд. Приехавшая из Крыма жена не отходила от постели больного. Наконец на семнадцатый день болезни наступил кризис. Барон стал поправляться, но оставался еще очень слаб.
Пока он болел, армией командовал генерал Юзефович. Штаб армии перенесли в Ростов-на-Дону. Некоторые части перебросили в район Донецкого бассейна.
В конце марта Врангель с женой выехал в Сочи для поправления здоровья, но пробыл там недолго. Сочи постоянно подвергались угрозе со стороны банд «зеленых», которых, по словам Врангеля, поддерживали грузинские войска. Врангель уехал оттуда и остановился в Екатеринодаре. Дела на фронте шли неважно. Большевики ворвались в Крым, напирали в Донецком бассейне, на Кубани разгорались дрязги между «самостийниками» и «едино-неделимцами», но общее настроение оставалось приподнятым — в общей обстановке произошел радикальный поворот, англичане и французы уже начали оказывать материальную помощь, кроме того, оставались надежды, что «союзники» все же высадят свои войска и помогут свалить большевиков.