Наводя порядок в разложившейся Добровольческой армии (прежде всего разложился тыл, фронт же продолжал героически сражаться), барон сместил «за преступное бездействие» командующего конной группой генерала Мамонтова и назначил на его место Улагая. После первых же боев Улагай донес, что белая конница, «потеряв сердце», бежит под давлением противника и не пытается сопротивляться. Действительно, кубанцы и терцы были измотаны, донцы, обиженные снятием с должности их любимца Мамонтова, драться где-то на Украине не желали.
Предупреждая возможные невзгоды и поражения, Врангель в особом рапорте доложил Деникину о необходимости навести в армии порядок самыми крутыми мерами и даже эвакуировать в Ростов и Таганрог. Добровольческую армию Врангель предлагал отвести в Крым.
Деникин, видимо, не отдавал себе отчета в размерах поражения белых. Он отдал приказ отходить на Дон. В директивах ставил задачи разбить противника. Врангель предложил командующему Донской армией генералу Сидорину и командующему Кавказской армией генералу Покровскому встретиться и оговорить ряд вопросов. Местом встречи назначил Ростов. Деникин усмотрел в этом «Свидании» некий «заговор» и запретил генералам без разрешения покидать свои армии. Взаимоотношения их с Врангелем оставались натянутыми, Деникин даже жаловался Врангелю, что тот составлял свои донесения в такой резкой форме, что Деникин вынужден был скрывать их от своих подчиненных.
20 декабря (2 января) приказом Деникина обескровленная и потерявшая большую часть состава Добровольческая армия сводилась в корпус, который передавался под командование командарма Донской Сидорина. Командовать корпусом ставился генерал Кутепов. На Врангеля возлагалась задача поднять по «сполоху» Кубань и Терек и сформировать там свежую конницу.
На Кубани оказалось, что такую же работу Деникин уже возложил на генерала Шкуро, которого Врангель не любил и даже не пустил в Добровольческую армию, когда тот возвращался из отпуска. Шкуро отвечал Врангелю взаимностью.
Выяснив обстановку на Кубани, Врангель вернулся на фронт, где в это время уже шли бои за Ростов. Врангель доложил, что казаки в массе не поддерживают нынешнее руководство Юга России и надеяться надо на «русские силы». С этой целью главный очаг борьбы Врангель предлагал перенести на запад, где вместе с поляками, болгарами и сербами создать новый фронт от Черного до Балтийского моря.
Доклад был оставлен без внимания. Врангель получил приказание организовать работы по укреплению Новороссийского района, куда предполагалось отступать.
Все это время Врангель отмечал постоянные интриги и стремление неких темных кругов окончательно рассорить верхушку белого движения, в частности — толкнуть Врангеля на военный переворот против Деникина. Даже англичане стали получать сведения о таком перевороте. По версии Врангеля, он не поддался на все эти провокации, а Деникин воспринял их всерьез и стал оттеснять Врангеля от командных должностей.
Возложенное на Врангеля поручение по укреплению Новороссийска вскоре было переадресовано генералу Лукомскому, а сам Врангель получил предложение от командующего белыми войсками в районе Одессы генерала Шиллинга стать его помощником по военной части. Но Одессу сдали еще до того, как Врангель принял решение. Шиллинга перебросили в Крым. Англичане считали, что он удержать полуостров не в состоянии, и рекомендовали поручить оборону Крыма Врангелю. Деникин все же назначил Шиллинга. С переходом его в Крым должность его помощника по военной части сокращалась.
«При этих условиях, сознавая, что мною воспользоваться не хотят и дела для меня ни в армии, ни в тылу не находится, не желая оставаться связанным службой и тяготясь той сетью лжи, которая беспрестанно плелась вокруг меня, я решил оставить армию», — вспоминал Врангель.
27 января (9 февраля) 1920 года Врангель подал прошение об отставке. Вместе с ним подал прошение генерал Шатилов.
Врангель отправил семью в Константинополь, а сам выехал в Крым, где у него была дача.
В Крыму Шиллинг, обескураженный сдачей Одессы и потерей всей украинской территории, предлагал Врангелю принять командование войсками. И Шиллинг, и прибывший в Крым заместитель Деникина Лукомский просили главнокомандующего утвердить это назначение. Деникин не соглашался. К Деникину с такой же просьбой обратилась «общественность» Крыма... Вопрос разрешился приказом Деникина, полученным в Крыму 8 (21) февраля. Лукомский, Врангель, Шатилов и адмиралы Ненюков и Бубнов, возглавлявшие Черноморский флот, увольняются от службы.
Врангель и Шатилов были уволены, так как подали соответствующие прошения, все остальные увольнялись волею Деникина, и Врангель решил, что Деникину «померещился» новый «заговор».