В 1882 году Антон Деникин поступил в первый класс Влоцлавского реального училища. Двенадцати лет он лишился отца. Иван Ефимович умер от рака в страстную пятницу, последними мольбами его были: «Господи, пошли умереть вместе с Тобой...». На могильной плите его выбили надпись: «В простоте души своей он боялся Бога, любил людей и не помнил зла».
После смерти отца жизнь стала невыносимо тяжела. Мать вынуждена была открыть «ученическую квартиру», взять на постой восемь учеников с платой 20 рублей в месяц с человека за стол и квартиру. Позже, в Ловичском реальном училище, нужда заставила Антона Деникина стать «начальником», взять на себя ответственность за других учеников. Он сам уже жил на квартире, а со «старшего по ученической квартире» плату брали вдвое меньше.
Учеба и ответственность за других не избавили юношу от метаний, присущих всем его сверстникам. Впоследствии Деникин вспоминал, что больше всего в то время его занимал вопрос религиозный. «Бессонные ночи, подлинные душевные муки, страстные споры, чтение Библии наряду с Ренаном и другой «безбожной» литературой... Я лично прошел все стадии колебаний и сомнений и в одну ночь (в 7-м классе), буквально в одну ночь пришел к окончательному и бесповоротному решению:
человек — существо трех измерений — не в силах сознать высшие законы бытия и творения. Отметаю звериную психологию Ветхого Завета, но всецело приемлю христианство и Православие.
Словно гора свалилась с плеч!..»
После окончания реального училища Деникин, пользуясь правами «по образованию», поступил вольноопределяющимся в один из стрелковых полков, а затем, осенью 1890 года, в Киевское юнкерское училище.
Через два года, закончив училище, он был направлен подпоручиком на службу в артиллерийскую бригаду, расположенную неподалеку от Варшавы.
Артиллерийские офицеры всегда считались наиболее образованной частью офицерского корпуса всех армий. В артиллерии начинал службу Наполеон Бонапарт, артиллеристами были герои булгаковской «Белой гвардии» и «Дней Турбиных» (и действие, кстати, происходит в Киеве, и большинство офицеров с польскими фамилиями). Деникин отличался начитанностью, добросовестнейшим отношением к службе. В 1895 году он поступил в Академию генерального штаба, но учился там на удивление плохо, так как постоянно отвлекался от занятий, не мог сосредоточиться только на военных предметах, отказаться от личной и общественной жизни. Он был последним в выпуске, кто имел право на производство в Генеральный штаб.
Однако в Генеральный штаб Деникин попал не сразу, начальник Академии генерал Сухотин своей волей не включил Деникина в список достойных производства. Мы помним, что Краснов, учившийся в Академии, из-за трений с Сухотиным вернулся в полк, не доучился, Деникин же стал добиваться справедливости, подал жалобу. Будучи штабс-капитаном, выступил против генерала, друга военного министра. Деникину было отказано, но он продолжал добиваться своего и через два года все же добился. В 1902 году его зачислили в Генеральный штаб, перевели в штаб 2-й пехотной дивизии, затем дали в командование роту в Варшаве, а когда срок цензового командования ротой закончился, назначили в штаб 2-го кавалерийского корпуса.
С началом русско-японской войны А. И. Деникин перевелся на Дальний Восток, где служил в штабах бригады пограничной стражи, Забайкальской казачьей дивизии, конного отряда генерала Мищенко. За отличия в боях Деникина произвели в полковники, назначили начальником штаба Урало-Забайкальской дивизии. Во время войны он проявил себя и как храбрый офицер, поднимавший солдат в штыковые атаки, и как талантливый штабной работник, принявший участие в разработке и осуществлении знаменитого конного рейда генерала Мищенко, пожалуй, единственного масштабного кавалерийского набега за всю русско-японскую войну. Начало революции 1905—1907 гг. застало Деникина на Дальнем Востоке. Война была проиграна, страна переживала смутное время. Политические проблемы стали на какое-то время первостепенными для каждого образованного человека. В политическом спектре, расцветшем в годы революции, надо было определить свое место. И Деникин определился. Выбор его был выбором интеллигентного человека. «Я никогда не сочувствовал «народничеству», — вспоминал Деникин, — (преемники его — социал-революционеры) с его террором и ставкой на крестьянский бунт. Ни марксизму, с его превалированием материалистических ценностей над духовными и уничтожением человеческой личности. Я приял российский либерализм в его идеологической сущности без какого-либо партийного догматизма.