Адмирал А. В. Колчак
Завершение экспедиции совпало с началом русско-японской войны. Колчак, будучи прежде всего морским офицером, проникнутым долгом перед Отечеством, подал ходатайство об отправке на фронт. Однако по прибытии на театр военных действий в Порт-Артур его ждало разочарование: адмирал С. О. Макаров отказался давать ему в командование миноносец. Доподлинно неизвестно, чем это решение было мотивировано: то ли он хотел, чтобы лейтенант отдохнул после полярных экспедиций, то ли полагал преждевременным назначать его на боевую должность (тем более в военных условиях!) после четырехлетнего отсутствия на флоте, то ли хотел поубавить темперамент ретивого лейтенанта. В итоге Колчак стал вахтенным начальником на крейсере «Аскольд», и только после трагической гибели адмирала смог перевестись на минный заградитель «Амур», а через четыре дня получил эскадренный миноносец «Сердитый». Так Колчак стал одним из участников легендарной обороны крепости Порт-Артур, ставшей славной страницей в истории России.
Основная задача заключалась в протраливании внешнего рейда. В начале мая Колчак принял участие в постановке минных заграждений в непосредственной близости от японского флота: в результате подорвались два японских броненосца. На расставленных им минах в конце ноября подорвался японский крейсер, что стало громким успехом русского флота на Тихом океане в годы войны. В целом молодой лейтенант зарекомендовал себя в качестве отважного и инициативного командира, выгодно отличавшегося от многих сослуживцев. Правда, уже тогда проявилась и его излишняя импульсивность: во время кратковременных вспышек гнева не чурался он и рукоприкладства.
В середине октября по состоянию здоровья Колчак был переведен на сухопутный фронт и принял командование 75-мм артиллерийской батареей. Вплоть до самой сдачи крепости он находился непосредственно на передовой, ведя артиллерийскую дуэль с врагом. За заслуги и проявленную храбрость Колчак по итогам кампании был награжден Георгиевским оружием.
Колчак на Черноморском флоте
После возвращения из непродолжительного плена Александр Васильевич с головой окунулся в военную и научную деятельность. Так, он стал членом неформального кружка молодых морских офицеров, которые стремились исправить недостатки русского флота, выявленные в годы русско-японской войны, и способствовать его обновлению. В 1906 г. на основе этого кружка был образован Морской генеральный штаб, в котором Колчак занял должность начальника оперативной части. В это время по долгу службы он часто выступал в качестве военного эксперта в Государственной Думе, убеждая депутатов (остававшихся по большей части глухими к нуждам флота) в необходимости выделить требуемое финансирование.
Как вспоминал адмирал Пилкин: «Говорил он очень хорошо, всегда с большим знанием дела, всегда думая то, что он говорил, и всегда чувствуя то, что думал… Речей своих не писал, образ и мысли рождались в самом процессе его речи, и потому он никогда не повторялся».
К сожалению, в начале 1908 г. ввиду серьезного конфликта между морским ведомством и Государственной Думой получить требуемые ассигнования не удалось.
Одновременно Александр Васильевич занимался наукой. Сначала он обрабатывал материалы полярных экспедиций, затем составлял специальные гидрографические карты, а в 1909 г. вышла фундаментальная работа «Лед Карского и Сибирского морей», которая заложила основы изучения морского льда. Любопытно то, что она была переиздана в 1928 г. Американским географическим обществом в сборнике, в который вошли труды 30 наиболее видных мировых полярников.
В мае 1908 г. Колчак покинул Морской генштаб, с тем чтобы стать участником очередной полярной экспедиции, однако в конце 1909 г. (когда корабли уже находились во Владивостоке) он был отозван обратно в столицу в военно-морское ведомство на прежнюю должность.