Здесь Александр Васильевич занимался разработкой программ судостроения, написал ряд общетеоретических работ, в которых, в частности, высказывался за развитие всех видов кораблей, однако предлагал в первую очередь уделять внимание линейному флоту. Писал он и о необходимости усилить Балтийский флот ввиду опасения серьезного конфликта с Германией. А в 1912 г. для внутреннего пользования вышла книга «Служба Генерального штаба», в которой анализировался соответствующий опыт других стран.
Памятник адмиралу Колчаку в Иркутстке
Тогда же окончательно складываются взгляды А. В. Колчака на философию войны.
Они были сформированы под влиянием идей немецкого фельдмаршала Мольтке-старшего, а также японских, китайских и буддийских философских учений. Судя по имеющимся свидетельствам, для него весь мир представлялся сквозь призму метафоры войны, под которой он понимал в первую очередь естественное («природное») для человеческого общества явление, печальную необходимость, которую необходимо принимать с честью и достоинством: «Война есть одно из неизменных проявлений общественной жизни в широком смысле этого понятия. Подчиняясь, как таковая, законам и нормам, которые управляют сознанием, жизнью и развитием общества, война является одной из наиболее частых форм человеческой деятельности, в которой агенты разрушения и уничтожения переплетаются и сливаются с агентами творчества и развития, с прогрессом, культурой и цивилизацией».
Заметим, что подобные представления о мировом историческом процессе (как о вечной войне между народами, идеями, ценностями), который управляется объективными закономерностями, были широко распространены в интеллектуальных кругах как России, так и Европы, а потому воззрения Колчака в целом мало отличались от них, хотя и обладали определенной спецификой, связанной с его военной службой и беззаветным патриотизмом.
«Война дает мне силу относиться ко всему «хорошо и спокойно», я верю, что она выше всего происходящего, она выше личности и собственных интересов, в ней лежит долг и обязательство перед Родиной, в ней все надежды на будущее, наконец, в ней единственное моральное удовлетворение».
В 1912 г. он был переведен командиром на эскадренный миноносец «Уссуриец», а в мае 1913 г. назначен командовать миноносцем «Пограничник». В декабре состоялось его производство в капитаны 1 ранга, а также перевод в штаб Балтийского флота на должность начальника оперативного управления. Командующим тогда был выдающийся русский адмирал Н. О. Эссен, который благоволил ему. Уже летом 1914 г. незадолго до начала войны Колчак становится флаг-капитаном по оперативной части. На этой должности он и встретил Первую мировую войну.
Именно Колчак становится идейным вдохновителем и активнейшим участником разработки практически всех планов и операций Балтийского флота в это время. Как вспоминал адмирал Тимирев: «А. В. Колчак, обладавший изумительной способностью составлять самые неожиданные и всегда остроумные, а подчас и гениальные планы операций, не признавал никакого начальника, кроме Эссена, которому он всегда непосредственно докладывал». Старший лейтенант Г. К. Граф, служивший на крейсере «Новик», когда Колчак командовал Минной дивизией, оставил следующее описание своего командира: «Небольшого роста, худощавый, стройный, с движениями гибкими и точными. Лицо с острым, четким, тонко вырезанным профилем; гордый, с горбинкой нос; твердый овал бритого подбородка; тонкие губы; глаза то вспыхивающие, то потухающие под тяжелыми веками. Весь его облик — олицетворение силы, ума, благородства и решимости. Ничего фальшивого, придуманного, неискреннего; все естественно и просто. В нем есть что-то, приковывающее взоры и сердца; он с первого же взгляда располагает к себе и внушает обаяние и веру».
Учитывая превосходство германского флота над нашим Балтийским, не удивительно, что и Колчак, и Эссен ориентировались на ведение минной войны. Если первые месяцы Балтийский флот находился в пассивной обороне, то с осени все чаще высказывались идеи о необходимости перейти к более решительным действиям, в частности, к постановке минных заграждений непосредственно у германских берегов. Александр Васильевич стал одним из тех офицеров, которые активно отстаивали эти воззрения, а в дальнейшем именно он разрабатывал соответствующие операции. В октябре первые мины появились близ военно-морской базы Мемель, а в ноябре — у о. Борнхольм. А в конце 1914 г., накануне Нового года (по старому стилю), была предпринята дерзкая операция по постановке мин в Данцигской бухте. Хотя А. В. Колчак был ее инициатором и идейным вдохновителем, непосредственное командование было поручено контр-адмиралу В. А. Канину. Отметим, что в этих событиях Александр Васильевич сыграл ключевую роль: не доходя 50 миль до места назначения, Канин получил тревожный доклад о том, что противник находится в непосредственной близости, а потому решил прекратить выполнение операции. Согласно свидетельствам очевидцев, именно Колчак настоял на необходимости довести дело до конца. В феврале Александр Васильевич командовал полудивизионом особого назначения (4 миноносца), который расставил мины в Данцигской бухте, на которых подорвалось 4 крейсера, 8 миноносцев и 23 транспорта.