Зимой 1916 г., когда Балтийский флот, скованный льдами, стоял в портах, происходило активное перевооружение многих кораблей. Так, к открытию навигации ввиду установки новых более мощных артиллерийских орудий крейсера Минной дивизии оказались вдвое сильнее.
С открытием навигации возобновилась и активная деятельность Балтийского флота. В частности, в конце мая Минная дивизия совершила «молниеносный налет» на германские торговые суда у берегов Швеции. Операцией руководил Трухачев, а Колчак командовал тремя эскадренными миноносцами. В результате вражеские пароходы были рассеяны, одно из конвоирующих судов потоплено. В дальнейшем историки предъявляли претензии Колчаку, что он не воспользовался внезапностью, дав предупредительный выстрел и тем самым позволив противнику уйти. Однако как потом признавался сам Александр Васильевич: «Я, имея в виду возможность встречи со шведскими судами… решил пожертвовать выгодой внезапности нападения и вызвать со стороны идущих судов какой-нибудь поступок, который дал бы мне право считать эти суда неприятельскими».
А. Колчак с британскими офицерами на Восточном фронте. 1918 г.
В июне 1916 г. А. В. Колчак был произведен в вице-адмиралы и назначен командующим Черноморским флотом. Как вспоминал Г. К. Граф: «Конечно, расставаться с ним было очень тяжело, так как вся дивизия его очень любила, преклоняясь перед его колоссальной энергией, умом и храбростью». На встрече с Верховным главнокомандующим Николаем II и его начальником штаба генералом М. В. Алексеевым были получены указания: весною 1917 г. должна быть произведена десантная операция по захвату Босфорского пролива и турецкой столицы Стамбула.
Бегство армии Колчака из Сибири. Художник Н. Никонов
Принятие Колчаком командования Черноморским флотом совпало с получением известия о том, что мощнейший немецкий крейсер «Бреслау» вышел в Черное море. Колчак лично возглавил операцию по его поимке, однако, к сожалению, она закончилась неудачно. Можно, конечно, говорить об ошибках самого Александра Васильевича, можно указывать и на то, что он еще не успел освоиться с врученными ему кораблями, однако важно подчеркнуть одно: личную готовность идти в бой и стремление к самым активным действиям.
Армия Колчака на отдыхе. Сибирь, 1919 г.
Основную задачу Колчак видел в необходимости прекратить вражескую активность на Черном море. Для этого уже в конце июля 1916 г. он предпринял операцию по Минированию Босфорского пролива, тем самым лишив противника возможности активно действовать на Черном море. Причем для поддержания минных заграждений в непосредственной близости постоянно дежурил специальный отряд. Одновременно Черноморский флот занимался конвоированием наших транспортных судов: за все время противнику удалось потопить лишь одно судно.
Конец 1916 г. прошел в планировании дерзкой операции по захвату Стамбула и проливов. К сожалению, Февральская революция и начавшаяся после нее вакханалия сорвали эти планы.
Колчак до последнего оставался верен императору и далеко не сразу признал Временное правительство. Однако в новых условиях ему пришлось по-другому организовывать свою работу, в частности, по поддержанию дисциплины на флоте. Постоянные выступления перед матросами, заигрывание с комитетами позволили относительно долгое время сохранять остатки порядка и не допустить тех трагических событий, которые произошли в это время на Балтийском флоте. Однако ввиду общего развала страны ситуация не могла не ухудшиться. 5 июня революционизированные матросы постановили, что офицеры обязаны сдать огнестрельное и холодное оружие.
Колчак взял свою георгиевскую саблю, полученную за Порт-Артур, и выбросил ее за борт, сказав матросам: «Японцы, наши враги — и те оставили мне оружие. Не достанется оно и вам!»
Уже вскоре он сдал командование (в сложившихся условиях — номинальное) и уехал в Петроград.
Конечно, волевой офицер, государственник Александр Васильевич Колчак не мог нравиться все более левеющим политикам в столице, а потому он был отправлен фактически в политическую ссылку: стал военно-морским консультантом при американском флоте.
За границей Колчак провел более года. За это время произошла Октябрьская революция, на Юге России была создана Добровольческая армия, а на Востоке образовался ряд правительств, которые в сентябре 1918 г. создали Директорию. В это время А. В. Колчак и вернулся в Россию. Надо понимать, что позиции Директории были очень слабы: ее мягкостью, политиканством и непоследовательностью были недовольны офицерство и широкие деловые круги, выступавшие за «крепкую руку». Колчак в результате ноябрьского переворота стал Верховным правителем России.