Большой интерес представляет фонд 1 (Канцелярия Военного министерства), поскольку в нем хранятся документы, рассказывающие о деятельности практически всех структурных подразделений Военного министерства. В первую очередь это «Всеподданнейшие доклады по военному ведомству», «Материалы для всеподданнейших докладов», «Отчеты и обзоры по военному ведомству» (предназначавшиеся для военного министра) и отчеты Главного штаба. Эти документы содержат богатую информацию о всем Военном министерстве и его конкретных структурных подразделениях, огромное количество цифрового и фактического материала. В фонде имеются также проекты реорганизации военного ведомства, на основании которых была проведена реформа 1905 года, а также отзывы и заключения по этим проектам начальников главных управлений и военного министра.
Следует упомянуть дела под названием «О мерах, вызванных войной, по <…> управлению». Содержащиеся в них документы рассказывают о работе конкретных главных управлений в годы войны: об изменениях в их структуре и штатном расписании, вопросах снабжения действующей армии и т. д. Представляют определенный интерес дела «О назначении и увольнении», содержащие немало сведений о верхушке руководства военного ведомства.
В фонде Главного штаба (ф. 400) представляет интерес переписка русских военных агентов со своим руководством накануне и во время войны, а также документы об организации и работе военной цензуры в 1904–1905 гг. Огромную ценность имеют для нашей работы документы о состоянии неприкосновенных запасов в военных округах после Русско-японской войны, наглядно показывающие то опустошение, которое произвели на складах военного ведомства поставки в действующую армию. Отчеты по Главному штабу отложились в фонде Канцелярии Военного министерства.
Огромное количество материалов о работе Военного совета, Главного интендантского управления, взаимоотношениях командования действующей армии с Военным министерством, бюрократизме чинов военного ведомства и т. д. содержится в журналах заседаний Военного совета за 1904–1905 годы (ф. 831, оп. 1, дд. 938–954). Здесь же приводятся целиком или цитируются выборочно тексты телеграмм и телефонограмм командования действующей армии в Военное министерство, не сохранившиеся в других фондах. Журналы Военного совета являются бесценным источником для изучения механизма работы управленческого аппарата.
В фонде Военно-походной канцелярии (ф. 970) наибольший интерес представляют документы о деятельности флигель-адъютантов свиты Его Императорского Величества, командированных для наблюдения за ходом частных мобилизаций. Особенно «Свод замечаний», составленный на основании их донесений. Помимо общей характеристики мобилизационной системы Российской империи в «Своде» встречаются интересные сведения о неполадках в военной медицине.
Из документов фонда Главного интендантского управления (ф. 495) хотелось бы отметить переписку о заготовлении продовольственных припасов для войск действующей армии, переписку по делу сотрудника управления П.Э. Беспалова, похитившего секретные документы для ознакомления с ними поставщиков, а также отчет о деятельности Главного интендантского управления за 1904–1905 гг.
Фонд «Коллекция документов по Русско-японской войне» (ф. 487) включает в себя самые разные документы за период войны. Наибольшего внимания заслуживают: Проект реконструкции службы Генерального штаба, содержащий данные о разведке и контрразведке накануне войны, их финансировании и т. д.; Отчет по генерал-квартирмейстерской части действующей армии в период войны, включающий в себя сведения об организации и деятельности зарубежной агентурной разведки в период войны, разведке на театре военных действий и т. д. Следует также обратить внимание на показания свидетелей по делу Н.А. Ухач-Огоровича, содержащие любопытную информацию о злоупотреблениях тыловых чиновников.