В самом начале октября 1918 г. полковник А.Ф. Дзерожинский стал командиром формировавшегося 2-го добровольческого Островского полка 1-й стрелковой дивизии генерала П.Н. Симанского.
После занятия 25 ноября 1918 г. 7-й армией красных Пскова и 27 ноября Острова, Островский полк отошел в Эстонию, в сторону Ревеля, откуда перешел в наступление вместе с 1-й эстонской дивизией на Нарву, занятую 19 января 1919 г.
8 декабря 1918 г. командующий Северным корпусом полковник Г.Г. фон Неф подписал договор с эстонским правительством, согласно которому, получая продовольствие, снабжение и боеприпасы от эстонской армии, Северный корпус в оперативном плане подчинялся эстонскому главнокомандующему генералу И.Я. Лайдонеру. Последний поспешил воспользоваться создавшимся положением и назначил командующим Северным корпусом полковника А.Ф. Дзерожинского, армейского офицера, известного многим по своей службе в Ревельском укрепленном районе и к тому же польского происхождения. От него можно было ожидать скорее полного признания независимости Эстонии, чем от гвардейского стрелка — фон Нефа, подозреваемого в германофильстве уже только в силу своей принадлежности к прибалтийскому дворянству. Однако расчет на мягкого и уклоняющегося от политических решений армейского офицера не оправдался.
Как пишет генерал Родзянко, «ни командующий корпусом, ни начальник штаба полковник фон Валь не хотели брать на себя ответственности за признание независимости Эстонии»{~6~}.
«В отличие от них, — продолжает Родзянко, — на одном из заседаний старших чинов в Ревеле я заявил, что признание это является совершенно необходимым... и предлагал объявить об этом, т.е. о признании Северным Корпусом независимости Эстонии, Эстонскому правительству и Командованию.
Полковник Дзерожинский заявил, что в принципе он со мной совершенно согласен, но что он не знает, как посмотрят на это русские люди и что поэтому он сделает Эстонскому Правительству такое заявление, какое найдет для себя, как для русского офицера, более приемлемым...»{~7~}
Этим вопрос о командовании Северным корпусом был предрешен. Генерал Лайдонер в частном разговоре с генералом Родзянко лично подтвердил, что желал бы видеть его во главе Северного корпуса{~8~}.
В то же время на совещании командиров частей и старших чинов корпуса в середине апреля 1919 г. было решено подготовить наступление на нарвском участке фронта, с тем, чтобы выйдя на территорию коренной России, освободиться от полной зависимости от эстонского командования.
Дзерожинский, не видя оперативной цели, достижимой имеющимися (около 4500 штыков) силами корпуса, уклонился от составления плана для наступления, предоставив это штабу генерала Родзянко в Везенберге, а сам остался в Ревеле вместе с заведующим снабжением, новым начальником штаба корпуса полковником О.А. Крузенштерном.
Видя, что большинство командиров частей настаивают на наступлении, полковник Дзерожинский был готов передать командование корпусом (генерал Лайдонер дипломатически выжидал) генералу Родзянко, но в конце апреля было получено письмо от генерала Юденича из Финляндии с просьбой остановить все новые назначения.
Уже после того, как 13 мая началось успешное наступление Северного корпуса под фактическим командованием генерала Родзянко, последний сам, не получив согласия полковника Дзерожинского, 25 мая отдал приказ о своем временном вступлении в командование корпусом. Приказ этот был подтвержден генералом Лайдонером 1 июня 1919 г.
Полковнику Дзерожинскому ничего не осталось, как подать рапорт об освобождении от должности, что он и сделал (проявив при этом отсутствие честолюбивых замыслов и преданность Белому делу) и тут же согласился принять командование бригадой.
Для формирования бригады, которая должна была развернуться в 1-ю стрелковую дивизию, Дзерожинский, произведенный 7 июня 1919 г. в генерал-майоры, получил лишь батальоны будущих Ревельского, Георгиевского и Гдовского полков и отряды из местных добровольцев и занял с ними участок фронта на лужском направлении от реки Плюссы до Сабека. На этом участке фронта в непрерывных боях он развернул свою бригаду в дивизию, окончательно сформировал полки: 1-й Георгиевский, 2-й Ревельский, 3-й Колыванский и 4-й Гдовский. Причем последний, как и 1-й Георгиевский, благодаря усилиям коменданта Гдова полковника Н.Н. Сала-матина достиг численности свыше 1000 штыков. Сам генерал-майор Дзерожинский, как пишет генерал А.П. Родзянко, «...целый день бывал в разъездах и показывал молодым офицерам пример энергичной работы и неутомимости»{~9~}.
Фронт дивизии был очень широк. Она с одной стороны обеспечивала правый фланг 1-го стрелкового корпуса генерала графа Палена, находившегося на Гатчинском направлении, а с другой стороны — фланг 2-го корпуса генерала Арсеньева, находившегося в районе Пскова.
К началу июля 1919 г. дивизия на фронте Хилок-Осмино угрожала городу Луге, где оборонялся 49-й стрелковый полк из состава 7-й армии красных. К середине июля Гдовский и Георгиевский полки заняли несколько деревень в районе Озеро Черное к западу от станции Плюсса на Варшавской железной дороге и отбросили, порядком истрепав, 3-ю бригаду 2-й стрелковой дивизии красных, прибывшей с Восточного фронта под командованием бывшего подполковника Генерального штаба А.Г. Кеппена. В конце июля Георгиевский полк занял станцию Новоселье на Варшавской железной дороге.
После того как 26 августа (8 сентября) 1919 г. войска 15-й красной армии вошли в оставленный без боя город Псков, части 1-й стрелковой дивизии Дзерожинского отошли, заняв фронт по обе стороны озера Самро, где в сентябре совместно со сводной бригадой полковника Пермикина отразили в упорных боях наступление 2-й и 19-й стрелковых дивизий красных.
Перед октябрьским наступлением на Петроград генерал Родзянко вызвал на совещание в Гдов командира 2-го корпуса генерала Арсеньева, командира 4-й дивизии генерала князя Долгорукова и командира отдельной 1-й стрелковой дивизии генерала Дзерожинского. На совещании был разработан план нанесения предварительного, отвлекающего красное командование, удара в направлении Струги Красные и Луга.
Наступление на Струги Красные должна была осуществить 4-я дивизия князя Долгорукова (см. его биографию), а занять Лугу и продвигаться дальше на восток в сторону станций Оре-деж и Уторгош на Царскосельской (Витебской) железной дороге должен был со своей дивизией генерал Дзерожинский. 12 октября 1919 г. приказом по армии он был произведен в генерал-лейтенанты. Выполняя свою задачу, полки 1-й дивизии 13 октября с боя заняли Лугу почти одновременно с 12-м Красногорским полком 3-й дивизии, посланным генералом Ветренко со станции Преображенской (Толмачево), захваченной им ранее.
Продолжая наступление на восток, генерал Дзерожинский дошел до Витебской (Царскосельской) железной дороги и занял на ней станции Оредеж и Батецкая{~10~}.
После неудачных попыток 2-й и 3-й дивизий вернуть Царское Село и Павловск, Главнокомандующий генерал Юденич, стремясь во что бы то ни стало удержать предместья Петрограда в расчете на восстание в городе, приказал 26 октября перебросить 1-ю дивизию генерала Дзерожинского из района Луги в Гатчину для усиления 2-й и 3-й дивизий. Но когда дивизия прибыла, ей пришлось оборонять Гатчину от красных войск, наступавших с востока.
На ослабленном лужском участке фронта оставшаяся одна бригада 4-й дивизии под командованием полковника Григорьева не смогла удержать Лугу. 2 ноября она сдала город, не выдержав яростных атак превосходящих сил красных.
Наступление войск 15-й армии красных (11-я и 19-я стрелковые дивизии) на Гдов и от Луги на Мшинскую создало угрозу окружения всей Северо-Западной армии и 3 ноября она вынуждена была начать общее отступление к Нарве.
Вместе с другими войсками 1-я дивизия генерала Дзерожинского была разоружена эстонцами при переходе границы, оказавшись без крова в декабрьский мороз на дороге, ведущей от Нарвы к Юрьеву.