Заявленной целью AMSAC было приобщение афроамериканцев к их африканскому наследию, и организация была "явно антикоммунистической, хотя и аполитичной". Помимо офисов в Париже и Нью-Йорке, у организации была квартира на Пятой авеню для приема гостей. Она предоставляла стипендии африканским студентам и издавала свой собственный журнал "Африканский форум". У организации также была амбициозная культурная и образовательная программа; в 1961 году она организовала музыкальный фестиваль в Лагосе, Нигерия, который длился два дня и ночь и на котором выступали сливки афроамериканских музыкальных талантов, включая Нину Симоне. Из-за своих богатых ресурсов AMSAC некоторые называли "Дядюшкой Денежным Мешком". Но артисты, пользовавшиеся щедростью AMSAC, в то время не знали, что это было тайное прикрытие ЦРУ.
AMSAC направил трех представителей в AAPC. Одним из них был ее президент Гораций Манн Бонд, который также представлял ААИ. Другим представителем был Уилл Мерсер Кук, исследователь франкофонной литературы; он был преподавателем Университета Говарда, но жил в Париже. Третьим делегатом от AMSAC был Джон Обри Дэвис, исполнительный директор AMSAC и политолог из Городского колледжа Нью-Йорка (CUNY); он также был комиссаром в Комиссии штата Нью-Йорк по борьбе с дискриминацией. Все трое входили в группу из пяти афроамериканцев, основавших AMSAC.
Дэвис отправил в AMSAC как минимум два подробных отчета о докладчиках и событиях на AAPC с тщательным анализом. В них рассказывалось не только об африканских делегатах, но и о других американцах, присутствовавших на конференции. К одному из отчетов он приложил различные ганские газеты, в которых перечислялись имена делегатов конференции с их фотографиями.
Эти отчеты были отправлены Джеймсу Теодору "Теду" Харрису-младшему, который был помощником исполнительного директора AMSAC и вторым президентом Национальной студенческой ассоциации в конце 1940-х годов. В 1967 году стало известно, что Национальная студенческая ассоциация тайно использовалась ЦРУ; Харрис действовал как внедренный агент ЦРУ. Как пишет New Yorker, Национальная студенческая ассоциация "функционировала как перчатка, которая скрывала руки американского правительства и позволяла ему вести дела с людьми, которые никогда бы не стали вести дела с американским правительством. Эти люди думали, что имеют дело со студенческой группой, которая не зависит от правительства. Они и понятия не имели, что АНБ - это прикрытие".
После разоблачения тайного финансирования со стороны ЦРУ финансовый аппарат AMSAC был ликвидирован. В результате организация оказалась в поисках денег. Число членов резко сократилось; люди считали, что их кормили ложью и что их доброй волей злоупотребляли.
Руководители AMSAC утверждали, что стали жертвами официального обмана, но это опровергается доказательствами, проанализированными Хью Уилфордом в книге "Могучий Вурлитцер: Как ЦРУ играло с Америкой".Уилфорд пишет, что Аделаида М Кромвель, социолог Бостонского университета и соучредитель его Центра африканских исследований, была членом исполнительного совета AMSAC. В феврале 1967 года она написала меморандум другим членам, который, как отмечает Уилфорд, свидетельствует о "широко распространенном состоянии остроумия в AMSAC". В меморандуме говорилось: "Я помню точное время и место почти восемь лет назад, когда мне впервые сообщили о такой возможности и кто именно". Несколько лет спустя другой друг дал мне более подробное подтверждение". По краям были частые намеки и отступления. Ничего из этого не было задокументировано, что вполне понятно".
Уилфорд также ссылается на освещающий отчет Ивонн Уокер, управляющего директора AMSAC. Однажды, согласно этому отчету, два сотрудника ЦРУ "явились на прием к доктору Дэвису. Я тогда не знал, кто они, но они... позвали меня в кабинет и объяснили, что происходит, и что они потребуют от меня присяги".
Впоследствии Уокер и другие офицеры AMSAC встречались с сотрудниками ЦРУ в гостиничных номерах, обычно в Нью-Йорке, но также и в Вашингтоне. Они [сотрудники ЦРУ] были полностью информированы... доктором Дэвисом обо всем, что происходило, - вспоминала она, - и я уверена, что они помогали направлять некоторые планы".
Уэйн Урбан, биограф Хораса Манна Бонда, обращается к вопросу о том, был ли его подопечный вольным или невольным - знал ли он, что AAI и AMSAC были прикрытием ЦРУ. "Есть достаточно доказательств, - пишет он, - чтобы сделать вывод, что если он не знал, то и не хотел знать". А если Бонд не знал об этих связях, добавляет он, то "он должен был знать". Урбан также указывает на письмо Бонда к Нкруме, в котором Бонд просит пригласить членов AMSAC в AAPC и описывает эту организацию как "занимающуюся интеллектуальными исследованиями и художественными достижениями. Это не политическая организация". По мнению Урбана, это было не совсем честно, поскольку "отдельной частью повестки дня AMSAC было преследование политических целей американской внешней политики".