Правительство предпринимает отчаянные усилия для получения займов, кредитов, пожертвований иностранных государств и взывает к благородству диаспоры. В стране острая нехватка денег, продовольственные склады пусты. Случается, что снабжение продовольствием зависит от прихода судна, груженного зерном или мукой; еще немного, и в стране начнется голод.
Для сокращения расходов государство ужесточило налоговую политику, была введена строгая карточная система. Безденежье и нищета способствуют процветанию черного рынка. Для борьбы со спекулянтами Бен-Гурион создает и возглавляет специальную службу с привлечением полиции, органов внутренней безопасности и региональных властей. Впоследствии он заявит, что четыре первых года существования Израиля были «самыми тяжелыми в нашей истории с момента победы Маккавеев над греками, то есть в течение 2113 лет до возрождения государства в наши дни».
За эти «тяжелые годы» происходит немало событий. В результате выборов в законодательные органы власти, состоявшихся 25 января 1949 года, Рабочая партия Израиля получает 46 из 120 мест; Объединенная Рабочая партия, которая отстаивает свое право на гегемонию, набирает 19; Религиозному фронту достаются 16 мест, а партии ревизионистов только 14. Бен-Гурион надеется возглавить широкую коалицию, но терпит поражение, в частности из-за враждебно настроенной Объединенной Рабочей партии, которая занимает, безусловно, просоветскую позицию и сурово критикует политическую линию Рабочей партии Израиля. Таким образом, он вынужден осуществлять управление государством в узком и разнородном большинстве, в состав которого входят его партия, Религиозный фронт и Партия прогресса. Сменяющие друг друга кризисные ситуации в 1951 году приведут к роспуску Кнессета, что потребует проведения новых выборов. Второй легислатуре (новому составу парламента) также не удастся избежать ряда правительственных кризисов.
Находясь из-за нестабильности парламента в крайне затруднительном положении, премьер-министр вынужден не только противостоять чрезвычайным сложностям внутри страны, вызванным притоком иммигрантов, но и приступить к разработке недвусмысленной внешней политики. Первое столкновение с международным сообществом случается в 1949 году, когда Генеральная Ассамблея ООН внезапно решает внести в повестку дня вопрос об интернационализации Иерусалима. Текст проекта резолюции полностью совпадает с ноябрьской резолюцией 1947 года о разделе Палестины. Но война изменила ситуацию, и Иерусалим оказался де-факто разделен между Израилем и Иорданией. 5 декабря министр иностранных дел Израиля Моше Шарет звонит Бен-Гуриону в Нью-Йорк и предупреждает его о том, что, вероятно, предложение об интернационализации Иерусалима будет принято большинством голосов. Тогда Израиль выдвигает контрпредложение, согласно которому город останется под суверенитетом двух занимающих его государств и Святые места будут находиться под международным контролем. Но израильская делегация телеграфирует в Тель-Авив, что «наше предложение… получит только один голос, да и то наш собственный». Сидя в кабинете, Бен-Гурион с упоением читает Библию, когда вошедший без стука секретарь докладывает ему содержание телеграммы. Ничуть не смутившись и не оторвав взгляда от книги, премьер-министр бросает: «Да, но голос этот дорогого стоит!». Такая реакция в полной мере отражает состояние его духа.
9 декабря Генассамблея высказывается за интернационализацию Иерусалима, что ставит правительство Израиля в довольно щекотливое положение: отсутствие с его стороны какой-либо реакции дает основания думать, что Израиль не возражает против решения ООН. И на этот раз Бен-Гурион применяет политику свершившегося факта. 10 декабря он предлагает Совету министров незамедлительно перенести столицу государства в Иерусалим. Обсуждение проходит бурно. Большинство министров поддерживают его предложение, но кое-кто явно колеблется. Из Нью-Йорка Шарет телеграфирует о своей отставке. Ничего не сообщая министрам, Бен-Гурион его отставку не принимает. Через три дня он обращается к Кнессету и объясняет депутатам, что во время войны за независимость, когда Иерусалим был осажден, правительство было вынуждено временно находиться в Тель-Авиве.