«Нарушение перемирия с Сирией было очень большой ошибкой, — пишет он. — Нам не нужны были Голанские высоты, поскольку оставаться там не собирались. Но наша главная ошибка в теми, что мы без необходимости нарушили приказ Совета Безопасности. Нам следовало сражаться за более важные цели, и ни к чему нашим врагам знать, что мы не держим своего слова».
Он просто забыл, что точно так же действовал в период войны за независимость и во время Синайской кампании. На следующий день он возобновляет свои нападки. «Боюсь, как бы мы не потеряли немаловажную часть расположения и дружбы, которую завоевали в мире (по крайней мере, демократическом) благодаря ударам, нанесенным; нашей армией. А ради чего?» После сообщения по радио о том, что СССР прервал дипломатические отношения с Израилем, он пишет: «Это следствие бесполезного продолжения боев в Сирии. Весь мир не обманешь». В тот же вечер израильская армия окончательно оккупирует Голанские высоты. Шестидневная война закончена.
За время конфликта Бен-Гурион понял, что его активное участие в политической жизни подошло к концу. Мужественный человек и реалист, он девает из этого свои выводы. Как только боевые действия прекращаются, он удаляется с политической сцены. Он решает наконец отказаться от выдвинутого им требования провести судебное разбирательство по «делу» и допускает, что «отказ в правосудии» может остаться безнаказанным. Он больше не препятствует переговорам о воссоединении, которые ведут «Список трудящихся Израиля» и Рабочая партия Израиля, но, верный своим принципам, не вступает в лейбористскую партию, возникшую в результате их слияния. В 1969 году он еще будет главой маленькой депутатской группы в Кнессете («Государственный список»), но постарается избежать столкновений со своими бывшими товарищами. Через год он вернет мандат и окончательно отойдет от общественной жизни.
Бен-Гурион неохотно говорит о внешней политике и погружается в редактирование своих мемуаров. Не обращая никакого внимания на текущие события, он мысленно возвращается к далекому прошлому, к делу первопоселенцев, к своим замыслам и поступкам того времени, когда он был молодым иммигрантом в Сежере или студентом-зубрилой в Константинополе. Он вспоминает, как кипела работа в «Гистадрут» и того активиста, который привел рабочее движение к победе над Сионистской организацией. Бесшумно, почти тайком «задира и ворчун» умирает. Он протягивает руку бывшим врагам, забывает старые обиды, скрывает еще открытые раны. Теперь он в прекрасных отношениях со своим давним врагом Менахемом Бегином и пишет ему: «Моя Паула всегда была вашей почитательницей». Он начинает дружить с Лаковом Шанирой, который его самого клеймил за «подлость», а его сторонников называл «неофашистами». Он даже сделал его исполнителем своего завещания. После стольких скандалов он мирится с Голдой Меир, хотя раны, которые они нанесли друг другу, еще не зарубцевались. Он не держит зла на Иесера Хареля, который, вольно или невольно, способствовал его отставке в 1963 году. Напротив, он состоит в одной с ним группе «Государственный список» и целый год до своего ухода от общественной жизни заседает рядом с ним в парламенте. Он даже проявляет терпимость к Лавону.
В последние годы своей жизни Бен-Гурион, живущий в Сде Бокер, уже не лев в клетке, не разгневанный пророк, не военачальник. Это просто старый, приветливый, очень мирный и снисходительный человек. Став «Отцом нации», он уже не критикует и не отчитывает своих последователей, а наблюдает за их поступками, подбадривает и вдохновляет. Разрушительное действие времени становится все заметнее. Изо всех сил он пытается отсрочить его проявления, но это война арьергарда, грустная и болезненная. Он страдает частыми провалами памяти, путает имена, события и даты. Здоровье его становится все хуже, он принимает физиотерапевтические процедуры и все чаще обращается к врачам. Готовясь к скорому концу, он распоряжается выстроить себе могильный памятник перед зданием академии в Сде Бокере. Паула уходит из жизни раньше него, в январе 1968 года: «Я всегда думал, что умру первым, но внезапно Паула умерла и оставила меня». В 70-х годах его мучают сильные боли в правой руке, что не только не дает ему возможности писать, но и просто пожать руку посетителям.
Вся страна праздновала 85-летие Бен-Гуриона. Правительство, возглавляемое Голдой Меир, приезжает в Сде Бокер, а Кнессет принимает постановление, разрешающее Старику выступить еще раз: он говорит о будущем израильского народа на обретенной земле и представители всех партий стоя аплодируют ему. Многие из присутствующих отметили, что он часто упоминал религию и совесть. На закате жизни он стал искренне верить в существование Бога.