Старший брат, Сергей, имел большое влияние на Николая. Разница в четырнадцать с лишним лет помешала им стать по-настоящему близкими, но семейная жизнь во многом определялась присутствием этого красивого и одаренного, но нервнобольного и ощущавшего себя глубоко несчастным человека. Сергей был наилучшей иллюстрацией фразы, которую время от времени произносила Алина Сергеевна: «Во всех Бердяевых есть что-то ненормальное». У Сергея бывали нервные припадки, во время которых он мог даже потерять сознание. Атмосфера дома напоминала романы Достоевского: брат, будучи талантливым юношей, не мог найти должного применения своим дарованиям (в том числе из-за собственной бесхарактерности и неспособности упорно добиваться поставленной цели), часто конфликтовал с родителями. Сергей учился сначала в киевской Коллегии Павла Галагана, затем за рубежом. После возвращения из-за границы, получив диплом врача, он оставил медицинскую практику, вышел в отставку и полностью посвятил себя литературно-публицистической и журналистской деятельности. За революционную деятельность он был арестован, осужден и даже провел некоторое время в сылке — Ни тогда было всего десять лет. Сергей женился на Елене Григорьевне Гродзкой, и это окончательно испортило его отношения с родителями: речь шла о «неравном браке», с точки зрения старших Бердяевых, так как Елена была «не из их круга». Елена писала новеллы и рассказы о жизни евреев в черте оседлости, поэтому борьба с юдофобством и антисемитизмом стала одной из основных тем творчества и ее мужа. Говорят, Елена Григорьевна была умной и красивой женщиной, — недаром в возрасте 25 лет Николай некоторое время был увлечен женой брата, о чем узнали и другие члены семьи. Это стало темой для тяжелых разговоров Николая с матерью.
В 1890–1893 годах Сергей и его жена редактировали и издавали в Киеве еженедельный журнал «По морю и суше», который стал продолжением петербургского журнала, издававшегося Еленой Гродзкой до замужества. Издание не было коммерчески успешным, к тому же у Сергея и Елены не раз возникали трения с цензурой, и в конце концов журнал был продан и перенесен новым владельцем в Одессу, где несколько лет выполнял функции печатного органа для моряков. На Николая литературные занятия Сергея, его демократические взгляды, критическое отношение к буржуазному образу жизни и морали оказали чрезвычайно большое воздействие. Более того, Сергей впоследствии снабжал своего младшего брата-студента нелегальной литературой. Кроме того, Николай испытывал восхищение от того, что брат обладает способностями, которые ему самому не даны, — помимо того что Сергей был полиглотом, он писал стихи, увлекался математикой.
В тринадцать лет, согласно семейной традиции, Николай был определен во Владимирский Киевский кадетский корпус — сразу во второй класс. Около шести сотен воспитанников корпуса жили в нем на полном пансионе, носили специальную форму, а окончившие кадетский корпус могли без экзаменов поступать в высшие учебные заведения — не только военные, но и университеты. Впрочем, с точки зрения родителей Николая, после кадетского корпуса следовало поступать в Пажеский и делать военную карьеру. Получилось же совсем иначе. Казарменная жизнь с жесткой дисциплиной, несмотря на данное Бердяеву в виде исключения разрешение возвращаться по вечерам домой, была непростым испытанием для необычного юноши, не знавшего раньше насилия над собой ни в чем и уже в подростковом возрасте читавшего серьезные философские и исторические книги, романы Толстого и Достоевского и труды Гегеля и Шопенгауэра. Но эти таланты вряд ли были востребованы в кадетском корпусе. Да и особого расположения к себе со стороны других кадетов он не почувствовал: разрешение не ночевать в корпусе, нелюбовь к совместным играм, великосветское происхождение, которым большинство кадетов похвастаться не могли, болезненность — все это не способствовало его популярности. У него не появилось в корпусе друзей. Единственным другом в это время был его тезка — Мукалов, с которым он познакомился еще до своей кадетской жизни. Судя по всему, Мукалов был старше Ни, ему благоволил и отец Бердяева (возможно, как потенциальному защитнику своего позднего сына), который даже оплачивал какую-то часть его образования. Мукалов, ставший затем моряком советского коммерческого флота, остался другом Бердяева на долгие годы: уже находясь в ссылке, Николай Константинович Мукалов навещал Бердяева в Париже, а Бердяев ездил в Лондон, чтобы увидеться с ним.