Военные контрразведчики рисковали жизнью не меньше находящихся на передовой бойцов и командиров Красной Армии. Фактически рядовые сотрудники (оперуполномоченные, обслуживающие воинские подразделения) действовали автономно. Вместе с бойцами они сначала сражались на границе, а потом стремительно отступали. В случаи гибели или тяжелого ранения командира подразделения контрразведчик должен был не только заменить военачальника, но и при необходимости поднять бойцов в атаку. При этом они продолжали выполнять свой профессиональный долг — боролись с дезертирами, паникерами, вражеской агентурой, стремительно заполнявший прифронтовую зону.
Воевать им пришлось с первых часов войны, рассчитывая только на себя. Если их коллеги из других подразделений НКВД смогли получить указания от начальства — что делать в «особых условиях», то военные контрразведчики действовали автономно. Сложно сказать, знали ли они о принятой 22 июня 1941 года директиве 3-го Управления НКО СССР № 34794. В ней главной задачей чекистов в действующей армии и военных контрразведчиков Дальневосточного фронта (ДВФ) определялось выявление агентуры немецких разведорганов и антисоветских элементов в РККА. Предписывалось «форсировать работу по созданию резидентур и обеспечению их запасными резидентами», не допускать разглашения военнослужащими военной тайны, причем особое внимание следовало обращать на работников штабов и узлов связи. Может, им ее все же смогли сообщить.
А вот о другом руководящем документе 3-го Управления НКО СССР — Директиве № 35523 от 27 июня 1941 года «О работе органов 3-го Управления НКО в военное время», скорее всего, нет. В первые сутки войны отсутствовала связь Ставки со штабами отдельных армий.
В этом документе были определены основные функции военной контрразведки:
«1) агентурно-оперативная работа:
а) в частях Красной Армии;
б) в тылах, обеспечивающих действующие на фронте части;
в) среди гражданского окружения;
2) борьба с дезертирством (сотрудники особых отделов входили в состав заградительных отрядов РККА, которые, вопреки распространенному мнению, не имели прямого отношения к органам госбезопасности. — Авт.);
3) работа на территории противника» (первоначально в районе до 100 км от линии фронта, в контакте с органами Разведывательного управления НКО СССР. — Авт.).
«Особисты» должны были находиться как в штабах, обеспечивая режим секретности, так и в первых эшелонах при командных пунктах. Тогда же военные контрразведчики получили право вести следственные действия в отношении военнослужащих и связанных с ними гражданских лиц, при этом санкцию на аресты среднего командного состава они должны были получать от Военного совета армии или фронта, а старшего и высшего начальствующего состава — от наркома обороны.
Началась организация контрразведывательных отделений 3-х отделов военных округов, армий и фронтов, их структура предусматривала наличие трех отделений — по борьбе со шпионажем, националистическими и антисоветскими организациями и антисоветчиками-одиночками.
«Особистами» были взяты под контроль военные сообщения, доставка военного снаряжения, вооружений и боеприпасов в действующую армию, для чего на железных дорогах были учреждены третьи отделения, деятельность которых переплеталась (и, видимо, в чем-то дублировала) с органами госбезопасности на транспорте.
В начале июля 1941 года начальник 3-го управления НКО А. Н. Михеев приказом наркома Тимошенко получил право самостоятельно назначать на должности в структуре особых отделов вплоть до заместителей начальников окружных и фронтовых третьих отделов.
Совместным приказом НКО и НКВМФ 15 июля 1941 года третьи отделы были организованы при ставках главнокомандующих Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений. Уже через два дня сменилось подчинение армейских органов военной контрразведки, вернувшихся в систему госбезопасности.
Постановлением Государственного Комитета Обороны СССР № 187/сс от 17 июля 1941 года, подписанным И. Сталиным, органы 3-го управления НКО СССР были реорганизованы в Особые отделы НКВД СССР. В их функции входила борьба со шпионажем и предательством в РККА и с дезертирством в прифронтовой полосе (с правом ареста и расстрела на месте дезертиров). Изменился порядок подчинения. Теперь уполномоченный особого отдела в полку и в дивизии кроме своего непосредственного начальства в НКВД подчинялся комиссару полка и дивизии (после введения в октябре 1942 года в армии и на флоте института единоначалия — соответственно командиру полка и соединения).