Несмотря на трудности, связанные с первыми месяцами войны, особые отделы действовали решительно и эффективно. Один из первых итогов работы военной контрразведки был подведен 10 октября 1941 года заместителем начальника Управления особых отделов Соломоном Мильштейном: «Особыми отделами НКВД и заградительными отрядами НКВД по охране тыла задержано 657 364 военнослужащих, отставших от своих частей и бежавших с фронта. Из них оперативными заслонами особых отделов задержано 249 969 человек и заградительными отрядами войск НКВД по охране тыла — 407 395 военнослужащих…
Из числа задержанных особыми отделами арестовано 25 878 человек, остальные 632 486 человек сформированы в части и вновь направлены на фронт…
Шпионов — 1505; диверсантов — 308; изменников — 2621; трусов и паникеров — 2643; распространителей провокационных слухов — 3987; самострельщиков — 1671; других — 4371».
В декабре 1941 года по представлению НКВД ГКО принял решение об обязательной «фильтрации» военнослужащих, бежавших из плена или вышедших из окружения. Их направляли в специальные сборно-пересыльные пункты, созданные в каждой армии.
В июле 1941 года ГКО предоставил особым отделам право внесудебного расстрела изменников и дезертиров. Мера эта была вынужденная. Однако в октябре 1942 года, после стабилизации фронта, ГКО отменил внесудебные расстрелы и обязал особые отделы передавать дела об изменниках и дезертирах в суды военных трибуналов.
В качестве особой меры укрепления дисциплины при исключительных обстоятельствах допускался расстрел перед строем осужденных трибуналами дезертиров, уличенных в бандитизме и вооруженном грабеже. Хотя во фронтовых частях эта мера применялась крайне редко. К борьбе с дезертирством привлекались агентурно-осведомительные кадры как в действующих, так и в запасных частях. Осведомители сообщали в особые отделы о военнослужащих, которые, по их мнению, могли стать изменниками или дезертирами. Если данных для ареста было недостаточно, то подозреваемые лица не допускались в наряды, выполнявшие задания на переднем крае, или переводились в тыл. Заградительные отряды и воинские подразделения, приданные особым отделам для поиска дезертиров, прочесывали в прифронтовой полосе местность, выставляли заслоны.
О результативности работы особых отделов НКВД СССР можно судить по докладам НКВД СССР в ЦК КВП(б) и ГКО 8 августа 1942 года, согласно которым чекистами было задержано 11 765 вражеских агентов.
Эти агенты немецкой разведки и диверсанты, действовавшие на фронте и в тылу Красной Армии, в первый период войны, в основном были белоэмигрантами, мечтавшими о реванше; вербовались и попавшие в плен красноармейцы. Еще 15 июня 1941 года германское командование приступило к переброске на территорию СССР разведывательно-диверсионных групп и отдельных разведчиков, переодетых в советскую военную форму, владеющих русским языком, с заданиями после начала военных действий проводить диверсионные акты — разрушать линии телеграфно-телефонной связи, взрывать мосты и железнодорожные коммуникации, уничтожать воинские склады и другие важные объекты, захватывать в тылу Красной Армии мосты и удерживать их до подхода передовых частей вермахта.
Значительная часть немецких агентов, которых спецслужбы Третьего рейха вербовали из военнопленных и жителей оккупированных районов, добровольно сдавались сразу же после перехода линии фронта органам НКВД и военному командованию. Те же, кто собирался выполнять задание немцев, почти всегда попадали в руки «особистов» или сотрудников органов госбезопасности.
Чекисты в роли связистов
В первые часы войны система правительственной ВЧ-связи была частично парализована. Понятно, что произошло это в западной части Советского Союза.
Отступление советских войск привело к потере большинства узлов связи, расположенных на западе страны. Времени на развертывание новых стационарных станций не было, а мобильные еще не были созданы. Другой уязвимый элемент — связь осуществлялась по проводам. Поэтому во многих местах кабель был поврежден во время авианалетов или стараниями диверсантов.
Поэтому не вызывает удивление тот факт, что к вечеру 22 июня 1941 года Генштаб не смог получить от штабов фронтов, армий и ВВС точных данных о местоположение войск РККА и вермахта. Достаточно сказать, что штаб Западного фронта 24 июня 1941 года не сумел установить никакую связь с двумя (3-й и 10-й) из трех своих армий.