Лаврентий Берия решительно вторгся в «святая святых» партийного аппарата — кадровую политику. В апреле он направляет в Президиум ЦК несколько записок, в которых говорит о недостатках в работе партийных органов Украины, Белоруссии, Литвы и Латвии. Записки эти были обсуждены на заседании Президиума ЦК 20 мая 1953 года. Так, после обсуждения записки о недостатках в работе органов МВД Литвы по борьбе с националистическим подпольем Президиум ЦК принимает постановления «О политическом и хозяйственном положении в Западных областях Украины» и «О положении в Литовской ССР». В нем работа ЦК КПЛ и правительства республики признавалась неудовлетворительной, главной задачей литовской парторганизации определялась «подготовка, выращивание и широкое выдвижение литовских кадров во все звенья партийного, советского и хозяйственного руководства». На посты зампредов Совмина республики, вторыми секретарями райкомов и горкомов, зампредами исполкомов, директорами совхозов, МТС, промышленных предприятий должны были выдвигаться литовцы. Номенклатурные работники, не знающие литовского языка, отзывались в распоряжение ЦК КПСС. Отменялось «ведение делопроизводства во всех партийных, государственных и общественных организациях Литовской ССР на не литовском языке» (т. е. в переводе с бюрократического на русский, литовский должен был стать официальным языком республики). Для районов с преобладанием польского населения таким языком должен был стать, соответственно, польский (после ареста Берии эти решения были отменены как способствовавшие «активизации буржуазно-националистических элементов», а записка изъята из протоколов Президиума ЦК). Все это, и в особенности расследование деятельности органов МГБ на Украине, не могло не встревожить бывшего секретаря ЦК КП Украины Н.Хрущева, ответственного за многие совершенные там преступления.
Берия широко смотрел и на международные отношения, решив уладить отношения с Югославией, испортившиеся в последние годы правления Сталина. Что же касается ГДР, то он стоял за объединение Германии, считая, что СССР «нужна только мирная Германия, а будет там социализм или не будет, нам все равно». При этом он исходил из того, что строительство социализма в ГДР обойдется Москве в 20 млрд. долларов в течение 10 лет. А раз так, то выгоднее было бы согласиться на объединение Германии, получив от Запада за это согласие 10 млрд. долларов. В мае 1953 г. им были предприняты конкретные шаги в этом направлении. В Берлин вылетела опытная разведчица Зоя Рыбкина, получившая задание выйти на федерального канцлера ФРГ К.Аденауэра и выяснить возможности реализации этих предложений. Однако миссия Рыбкиной закончилась, не успев начаться. 26 июня 1953 года Лаврентий Берия был арестован, и Рыбкиной пришлось срочно возвращаться в Москву.
Ликвидировать смутьяна и его родственников!
Подобные инициативы, а главное, рост влияния Лаврентия Берии пугали других партийных лидеров, в особенности Никиту Хрущева и Председателя Совета Министров СССР Георгия Маленкова, которые и стали инициаторами ареста Лаврентия Берии и вовлекли в заговор остальных членов Президиума ЦК. В заговор вошли заместитель председателя Совмина СССР и министр Вооруженных сил (обороны) СССР Николай Булганин, привлекший своего первого заместителя Георгий Жукова, заместитель председателя Совмина СССР и министр внешней торговли СССР Анастас Микоян, 1-й заместитель председателя Совмина СССР Лазарь Каганович, председатель Верховного Совета СССР Климент Ворошилов, член Президиума ЦК КПСС Михаил Первухин и председатель Госплана Михаил Сабуров.
26 июня 1953 года Лаврентий Берия был арестован на заседании Президиума Совета Министров СССР. При этом главную роль сыграли командующий войсками Московского военного округа генерал-полковник Кирилл Москаленко и маршал Георгий Жуков.
Поздним вечером того же дня арестованный был тайно вывезен на гарнизонную гауптвахту, а на следующий день переведен в бункер штаба Московского военного округа, где содержался под усиленной охраной до суда.
Вечером 26 июня был арестован сын Берии Серго вместе с беременной женой и двумя малолетними детьми. Жена Берии была арестована в начале июля. В заключении она и ее сын находились до декабря 1954 года. 12 сентября 1953 года было принято постановление ЦК КПСС о выселении родственников Берии с территории Грузии.
29 июня 1953 г. Президиум ЦК принял постановление «Об организации следствия по делу о преступных антипартийных и антигосударственных действиях Берии». Следствие было поручено выдвиженцу Никиты Хрущева — Генеральному прокурору СССР Р. Руденко, утвержденному в должности на том же заседаний.