31 марта Наполеон предложил эрцгерцогу Карлу заключить перемирие. 7 апреля в Юденбурге французские эмиссары встретились с уполномоченными представителями императора Франца и заключили предварительный мир, который через десять дней был продлён в Лобене. 28-летний генерал Бонапарт стал героем дня, он поселился в роскошном миланском дворце Момбелло и повёл себя как суверенный правитель Италии. Когда итальянский патриот Мельци д’Эриль обратился к нему с предложением учредить на завоёванной французами территории республику, Бонапарт иронично ответил:
— Уж не полагаете ли вы, что я торжествую в Италии, чтобы придать дополнительное величие адвокатам Директории — всем этим Карно, Баррасу и прочим? Или вы думаете, что я озабочен основанием республики?…Это химера, о которой лепечут французы, но которая, как всё остальное, исчезнет… Народу нужен правитель, обожествлённый славой и победой, а не какие-то там теории правления, фразы и болтовня идеологов — об этом французы не имеют никакого представления.
До мира в Кампо-Формио нужно было ждать ещё полгода (17 октября), а пока — 7 апреля — воюющие стороны заключили перемирие.
Под самый конец военных действий Бернадоту пришлось принять участие в одном финансовом мероприятии, которое позже вошло в его личные записи под названием "Ртутный рудник". Инициатором оказался поставщик продовольствия для Итальянской армии Коллот (Collot). Обнаруженный в Идрии знаменитый рудник, стоимость которого была оценена в 5 млн франков, было решено конфисковать в пользу Республики. Французские генералы особой щепетильности к имуществу Республики не испытывали, и Наполеон не был в этом отношении исключением. Коллот попросил Бернадота помочь людьми и транспортом, а потом вместе с Наполеоном стал делить казённые деньги. По распоряжению Наполеона примерно лишь половина денег была передана в кассу Республики, а половину он поделил между своими генералами, причём 800 тысяч он оставил в своём распоряжении, 100 тысяч получил Бертье, а Бернадоту, Фриану и Мюрату дал по 50 тысяч франков. Таких денег ни Бернадот, ни его родители никогда в жизни не видели. "Ртутные" деньги заложили основу его будущего солидного состояния. Сарразэн в своих мемуарах утверждает, что Бернадот принял также какую-то сумму от Мюрата, которому тоже удалось найти в Альпах кое-какую для себя поживу.
От Бертье Бернадоту скоро пришло замечание, что его дивизия оказалась причастной к грабежам и поборам среди гражданского населения. Обвинение было абсолютно голословным, потому что Бернадот, как никто другой в Итальянской армии, строго следил за соблюдением дисциплины и порядка во вверенной ему дивизии и нещадно наказывал провинившихся мародёров. Головную боль представляли для него участившиеся в период перемирия драки и дуэли между "якобинцами" и "месьё". Участвовавшие с обеих сторон в переговорах по устранению противоречий генерал Брюн и Сарразэн из-за престижных соображений упорно не хотели уступать друг другу, отчего обстановка вокруг Бернадота лишь ещё больше накалялась.
Генерал устал от конфликтов и обвинений в недостаточном республиканизме и 10 мая подал Наполеону рапорт с просьбой предоставить ему трёхмесячный отпуск в Париж, где он снова хотел поставить вопрос о командировке в Индию. В случае возобновления военных действий он обещал сразу стать в строй. Наполеон выразил удивление тем, что заслуженный генерал республики подвергается нападкам, и спросил, кто его третирует. Вопрос был, конечно, сугубо риторическим — Наполеон отлично знал, кто.
В это время из штаба пришёл приказ о новом назначении Бернадота: он должен был стать административным начальником Фриауля, а в его подчинение Бертье давал две дополнительные "якобинские" дивизии Дюгюа и Виктора. Наполеон заверил Бернадота в своём к нему расположении и по заключении мира с Австрией пообещал высокую должность. Бернадот сделал вид, что полностью удовлетворён назначением, и написал Наполеону письмо с изъявлением благодарности.
Из Парижа пришло письмо от Л. Карно, в котором Бернадоту давались самые высокие оценки и сообщалось, что в ближайшее время экспедиция в Индию Директорией не планируется. Бернадот переехал в Удине и стал управлять целым краем. Это был его первый опыт работы с гражданским населением на оккупированных территориях (потом будут Ганновер, Ансбах, Гамбург), и опыт вполне удачный. Бернадот, получив командование над тремя дивизиями, в ожидании мира стал управлять провинцией Фриауль и Монфальконе, главным городом которой был Удине (тогда это была территория Венеции, а ныне — Словении). В состав провинции входили также Градиска и Триест.