4 сентября 1797 года Директория дала наконец Ожеро отмашку, и тот немедленно приступил к выполнению давно подготовленного предприятия. Его солдаты легко окружили нужные здания — в основном правительственные, в которых сидели заговорщики, и всех их, как покорных кроликов, арестовали. Л.Карно успели предупредить, и ему удалось бежать. 17 руководителей заговора отправили "на сухую гильотину" — в ссылку во Французскую Гвиану, "вредные" партии запретили, а выборы в 48 департаментах отменили. Первый военный переворот прошёл быстро и бескровно. Благодаря поддержке Наполеона Директория усидела у власти.
Бернадот на три дня предусмотрительно удалился из столицы и в неизвестном месте пережидал события. В письме Наполеону он написал: "Если бы делу республики угрожала опасность, я конечно бы принял участие, но поскольку не было и намёка на такую катастрофу, я не думал, что мой долг махать ещё одним мечом в этом скоротечном деле, и так слишком военном по своему характеру". В этих словах чувствуется ирония и некоторая доля обиды. На кого? На Наполеона, который сделал ставку на Ожеро, а его использовал как простого курьера? На Директорию, не предложившую ему никакой роли в перевороте 18 фрюктидора? Или на себя и свою нерешительность?
Между тем члены Директории по отношению к Ожеро большого восторга не испытывали и искали ему замену. Вероятно, разобравшись в характере и поведении Бернадота, они стали обращать свои взоры в его сторону. Сам Баррас нанёс генералу несколько визитов и перед его выездом из Парижа вручил подарок от Директории — несколько коней, 2 инкрустированных пистолета, изготовленных на Версальсом заводе, и саблю. К генералу явилась также делегация ветеранов и многозначительно попросила остаться. Директория начала перетасовку своих генералов, и Наполеон, очевидно не желая возвращения Бернадота в Италию, предложил Директории сделать его командующим корпусом в Марселе. Бернадот отказывался, говорил, что на этом посту потребуются глубокие знания человеческой натуры и твёрдый примиренческий характер, в то время как он — простой солдат и привык воевать. В Марселе, сообщает швед Хёйер, ему бы пришлось заниматься чисткой скомпрометировавших себя сторонников Пишегрю, а это было мало приятным занятием. Уж лучше он вернётся на своё старое место. Директория настаивала, и тогда он обставил своё назначение целым рядом требований: гарантия выплаты солдатам и офицерам жалованья, ограничение полномочий комиссаров Директории, выделение секретных сумм денег, необходимых ему для ведения гражданской войны в округе и др. Требования показались Директории неприемлемыми, и вопрос с назначением отпал.
Прежде чем покинуть Париж, Бернадот снова сделал запрос о возможности перевода его на службу в Индию. Согласно воспоминаниям Барраса, генерал представил ему подробный и обстоятельный план изгнания англичан из Индии. Бернадот действовал отнюдь не с кондачка, а изучал культуру и географию Индии. Ему в этом помогал некто Жаклен, морской офицер-энтузиаст, также горевший идеей повоевать в Индии. В качестве альтернативного плана Бернадот предлагал план высадки в Канаде и открытия там фронта против англичан. На сей раз, как и раньше, ничего из этих планов генерала не вышло, и он получил назначение в свою итальянскую дивизию. Бернадот торопился, потому что из Италии пришли слухи, что Наполеон планирует расформировать его дивизию и вручить ему новую.
13 октября 1797 года Бернадот появился в Удине и в замке Пассериано встретился со своим главнокомандующим. Наполеон сделал вид, что ничего особенного не произошло, и стал посвящать его в некоторые детали начавшихся в Кампо-Формио мирных переговоров с австрийцами. Бернадот тоже сделал вид, что не заметил дурной игры и стал настаивать на идее скорейшего заключения с Австрией мира. Далее Бернадот сказал, что и роялисты знают о том, что Наполеон сыграл свою роль в подавлении заговора, что республиканцы тоже относятся к нему с недоверием и что самым лучшим выходом в этой ситуации был бы для всех мир с австрийцами.
Оценка ситуации Бернадотом сильно противоречила точке зрения на неё членов Директории. Директора пребывали на верху блаженства и праздновали победу, которая окончательно свихнула им головы. О мире они и не помышляли, поскольку нисколько не желали появления в Париже кузнеца их счастья — генерала Наполеона. Его они боялись, поэтому были заинтересованы держать его подальше от столицы как можно дольше. Получалось, что совет Бернадота был продиктован вполне искренним пожеланием Наполеону добра.