Из Маннхейма армия, в которой одним из командиров дивизий был Мишель Ней (1769–1815) и Гюдэи, выступила в направлении Филиппсбурга и Хейльбронна. У Бернадота сразу сложились напряжённые отношения и с командующим Швейцарской армией Массена, и с командующим Майнцской, а позже Дунайской армией Журданом. Шла настоящая драка за ресурсы и подкрепления, источником которых, по задумке Директории, должна была служить Обзервационная армия Бернадота. На самостоятельные оперативные действия она, таким образом, рассчитывать не могла. Журдан постоянно требовал подкреплений от Бернадота, тот нервничал, потому что Журдан не информировал его об общей картине, складывавшейся на восточных фронтах, и призывал Журдана вникнуть в его положение и избавиться от некомпетентных советников и интриганов. Журдан настаивал на немедленном присоединении армии Бернадота к своей, но тот, остановившись у Хейльбронна, ссылался на невозможность выполнения этого требования ввиду слабости своих сил. Между генералами возникла распря, в которую был вынужден вмешаться военный министр и решить её в пользу Журдана. Поскольку австрийцы 21 и 25 марта под Острахом и Штокахом нанесли поражение слабой и малочисленной Дунайской армии и Журдан был вынужден отдать приказ к отступлению, так и не дождавшись подкрепления, то обиженный в своих лучших чувствах Бернадот снял осаду Филиппсбурга и, оставив небольшой гарнизон в Манхейме, снова вернулся за Рейн.
Скоро Обзервационная и Швейцарская армии были всё-таки влиты в состав Дунайской, и в начале марта 1799 года Бернадот с Массена стали командовать флангами Журдана.
Война в Германии была проиграна. Та же участь выпала и на долю армии в Италии. Там А.В. Суворов по всем статьям переигрывал французов. Журдан подал в отставку, и всё командование в этом районе взял на себя сначала Эрнуф, а потом Массена. Примеру Журдана 9 апреля 1799 года последовал и Бернадот — у него снова заболела грудь и открылся кашель с кровохарканьем. В Париж он не вернулся, да его туда пока и не отпускали, а пока он написал военному министру письмо, в котором, в частности, не скрывая горечи и обиды, сообщал: "Я далёк от того, чтобы пытаться предугадать последствия мер, принятых Директорией. Я уважаю все власти, в том числе когда они даже ошибаются…" Оставив свое соединение на Колода, он уехал лечиться на воды в Симмерн, где стал гостем тестя своего помощника полковника Мэдона.
Между тем он узнал, что был избран от своего родного департамента Нижние Пиренеи в Совет пятисот. Напомнив о себе несколько раз военному министру и ссылаясь на некомпетентность местных немецких врачей, но, тем не менее, отдохнув и окрепнув в Симмерне, он с нетерпением ринулся в Париж.
Францией сверху донизу овладела апатия. Все критиковали правительство — Директорию, но никто ничего не хотел делать. Сама власть тоже была полностью парализована, и высшие чиновники с безразличием наблюдали за тем, как страна катится в пропасть. Недовольство властью было всеобщим. У всех на устах были новости о перевороте, даже Жозеф и Люсьен Бонапарты высказывались за это. В Париже Бернадот присоединился к неформальной группе оппозиционных генералов, в которую входили Жубер, Журдан, Брюн и др. Генералы критиковали некомпетентные действия правительства, головотяпство ее комиссаров в армиях и требовали смену руководства страной.
В итоге произошёл военный переворот от 30 прериаля (18 июня). В перевороте приняли участие политические силы самых разных оттенков и толков, объединённые ненавистью к прогнившей власти. По воспоминаниям Барраса, не последнюю роль в перевороте сыграл и Бернадот как командир 17-й (парижской) дивизии, хотя первую скрипку играл Жубер. Бернадот предпочёл остаться в тени.
Директория кооптировала в свой состав деятельного и способного аббата Эммануэля Жозефа Сиейеса (1748–1836), бывшего жирондиста и посла в Берлине, сумевшего избежать в эти бурные годы и ареста, и гильотины. Сиейес энергично взялся за реформу правительства, уволил Талейрана (двое честолюбцев-расстриг в одном правительстве вряд ли могли ужиться), который стал брать взятки почти открыто, дал пост министра полиции "мяснику из Лиона" Жозефу Фуше и ввёл в состав Директории трёх новых членов — Гохье, Рожера Дюко и генерала Мулена, усилив таким образом в ней якобинское влияние. Совершилась т. н. малая революция.