Как и предполагалось, Бернадот оказался слишком честным и самостоятельным для Сиейеса: когда Сиейес стал предпринимать попытки сделать военного министра орудием исполнения своих личных планов, терпение Бернадота лопнуло, и он подал в отставку.
Отставка была оформлена в лучших иезуитских традициях. 14 сентября 1799 года, во время беседы с Бернадотом по поводу организации т. н. Северной армии, Сиейес, наградив его лицемерными комплиментами о заслугах на посту военного министра, сказал с масляной улыбочкой на губах:
— Нас не удивит, что человек с вашими полководческими талантами сохранил желание при уходе из министерства принять командование над какой-либо армией, которое воодушевит вас…
Бернадетт ответил, что после того как он привёл министерство в надлежащий порядок, его лучшей наградой будет возвращение к своим братьям по оружию. Он и понятия не имел, что этот ответ послужил его ходатайством об отставке. Уже на следующее утро он получил от Сиейеса следующее послание:
"Гражданин министр!
В связи с вашим так часто высказываемым пожеланием вернуться к военной деятельности исполнительная Директория решила назначить на ваше место другого военного министра. Портфель военного министра подлежит временной передаче дивизионному генералу Миле-Мюро. Сдайте ему все дела. Директория с удовольствием примет вас в то время, пока вы будете находиться в Париже, чтобы обсудить с вами всё, что касается командования армией, вам определённой. Сивиес, президент".
Самое удивительное было в том, что на письме была сделана резолюция: "Ходатайство гражданина генерала Бернадота об отставке с поста военного министра настоящим удовлетворяется".
В своём ответном письме Сиейесу он так и написал: "Вы удовлетворили ходатайство об отставке, которое я не подавал". Письмо заключалось прошением о предоставлении военной пенсии, в которой он, как и в поправлении здоровья, сильно нуждался. Ответ Сиейеса был сформулирован ещё более издевательски: "В связи с письмом дивизионного генерала гражданина Бернадота от 29 фрюктидора, в котором он ходатайствует об уходе на пенсию по сокращению штатов, сообщаем о том, что гражданину Бернадоту назначается полагающаяся ему пенсия". Оказывается, Бернадот попросил уволить его с работы по сокращению штатов! В полемику с Сиейесом и Директорией он больше не ввязывался.
В один день республика лишилась способного министра и талантливого военачальника. Обратимся теперь к собственному отчёту Бернадота, который он представил правительству перед своим уходом с поста. Он начинает его с изложения своего кредо: "Обязанность отчитываться перед нацией издавна тяжело давалась слугам государства, но она становится наградой для того чиновника, который является гражданином". После изложения всех трудностей, которые переживала страна и армия в момент его прихода в министерство, Бернадот переходит к перечислению своих скромных "результатов, которые наши враги назвали чудом, которому мы, однако, нисколько не удивляемся", потому что "рождённый, так сказать, в горниле сражений и воспитанный освободительными войнами, я только чувствовал, как мои силы растут вместе с опасностями и победами".
В первую очередь он уделил внимание вопросам снабжения армий продовольствием, амуницией и вооружением. В этих целях он обратился непосредственно к гражданам, апеллируя к их сердцам и патриотизму. "Власти, которые в начале так усердно эксплуатировали моральные средства, со временем забыли о них", — пишет Бернадот с горечью. Прославленному генералу, на собственной шкуре испытавшему и разделившему вместе с солдатами все тяготы войны, люди поверили, в результате, пишет министр, в армию влились около 90 тысяч новобранцев, из которых половина людей сразу была экипирована, накормлена и хорошо вооружена. Он добился набора 40 тысяч лошадей, из которых 15 тысяч попали в ремонт, т. е. поступили непосредственно в кавалерию.
Результаты, пишет Бернадот, не замедлили сказаться: Голландию удалось спасти, левый берег Рейна защитили от нападения противника, русских из Гельвеции прогнали, Дунайская армия стала одерживать победы, европейская коалиция стала распадаться.