В это время подошёл третий транспорт, и Бернадот смог уже противопоставить десяти тысячам австрийцев около 800 своих гренадеров. Сражение под Бендорфом напоминало сражение спартанцев с персами под Термопилами, но с той лишь разницей, что французы победили! В результате 4-часового боя австрийцы отступили, а в руки к гренадерам Бернадота попали 400 пленных, две тысячи мешков овса, 30 фур с хлебом и 150 тяжеловозов.
Армия Моро в конце июня двинулась на восток и скоро вынудила австрийцев отступать по всему фронту. А дивизия Бернадота, насчитывавшая около 8500 человек, уже 6 июля вступила в жаркое дело под Лимбургом, оттуда пошла на Висбаден и тем самым поставила в шаховое положение австрийский гарнизон в Майнце; к августу она выдвинулась в район Ашаффенбурга, а потом — Вюрцбурга. На реках Майне и Тайбер Бернадот захватил 50 барж с провиантом, имел трудный бой под городом Бург-Эбрах, но заставил противостоящие ему силы противника отступить. За это сражение Директория отметила его именным письмом, в котором писала, что «республика уже привыкла видеть победителями тех своих защитников, которые находятся под вашим командованием». А Бернадот в победоносном марше взял Нюрнберг и продвигался в направлении Ноймаркта, пока наконец не остановился в районе Дейнинга (Тейнинга). Эрцгерцог Карл, отступавший со своей армией в южном направлении, где со своей Итальянской армией находился Вурмсер, увидев для себя благоприятный факт в том, что одна из французских дивизий оторвалась от основных сил, решил её окружить и уничтожить и развернулся обратно на север.
Между тем армия Журдана, глубоко проникшая на территорию противника, обескровленная в боях и вынужденная оставлять в завоёванных городах гарнизоны, насчитывала не больше 40 000 человек. Спасением для неё было то, что армия эрцгерцога Карла слишком медленно поворачивалась. Тем не менее австрийцы наконец появились в Ноймаркте и вошли в соприкосновение с дивизией Бернадота, в составе которой числилось уже всего 6000 человек. Поскольку французы отступать не собирались, в австрийской армии считали малочисленную дивизию Бернадота уже окружённой и уничтоженной. Но результат оказался противоположным: первый натиск противника французы стойко выдержали, а к концу дня отошли на выгодные позиции за Ноймаркт. Было бы разумно под прикрытием темноты вообще сняться с позиций и уйти к Альторфу, но Бернадоту показалось заманчивым попытаться во что бы то ии стало удержать за собой Ноймаркт, прикрыть тем самым правый фланг всей армии и дать возможность Журдану отвести её на заранее подготовленные позиции.
23 августа австрийцы снова навалились на Бернадота, угрожая дивизии окружением. Пришлось отходить к Бергу, там французы приняли ещё один неравный бой, в котором приняла участие и австрийская кавалерия, и снова отступили. Потом дивизия опять останавливалась, отражала атаку и снова отходила — сначала к Альторфу, оттуда к Лауфу, теряя по пути всё новых бойцов. Так Бернадот опять оказался под Нюрнбергом, который уже находился в руках противника. Выход к спасительной долине Пегнитц был перекрыт. И тогда Журдан, долгое время остававшийся в неведении о местонахождении дивизии Бернадота, предпринял отчаянный рывок и по горным тропам бросился на соединение с ней. О том, что переход через горы дался с трудом, говорить не приходится. Нужно было ire растерять артиллерию и то и дело отражать наскоки австрийских гусар. Соединение армии с дивизией произошло в долине Реднитц.
Дальше Бернадот отступал вместе с армией к Вюрцбургу, где его дивизия снова вступила в бои. Сам генерал, будучи ранен саблей в голову ещё в боях в Ноймаркте, участия в бое не принимал, поскольку от боли в голове не смог сидеть на лошади. У Вюрцбурга закрепиться Журдану не удалось, и армия всё дальше откатывалась на запад к Лимбургу, Оффенхейму. С частью своей дивизии Бернадот на оффенхеймских высотах столкнулся с превосходящими силами противника. Он стоял перед дилеммой: либо отступить, поставив в опасное положение соседние части, расположенные близ Рункеля и Вейльбурга, либо принять бой на уничтожение своих подчинённых. Для Бернадота выбора не было: он твёрдо продержался на высотах и отступил только тогда, когда убедился, что соседи тоже отошли из-под удара австрийцев.
Вся Самбр-Маасская армия, с трудом сдерживая натиск австрийцев, собралась под Альтенкирхеном, и дивизия Бернадота снова была назначена прикрывать её отступление у Нойвида. Бернадот участвовал в рукопашном бою и едва не попал в плен к венгерским гусарам.