Хёйер определённо говорит о причинной связи между якобинскими симпатиями Бернадота и его отставкой. 13 сентября Журдан в Совете пятисот предложил объявить отечество в опасности. Это означало роспуск парламента и возвращение к образцам якобинской диктатуры 1792 года. И прозорливый (или проинформированный Сарразэном) Сиейес первый удар нанёс по военному министру. Был ли Бернадот членом якобинской партии? Вряд ли, он был скорее её попутчиком, мечтавшим о восстановлении режима первых дней революции и о замене "ожиревших котов", поправших её идеалы. "Наше внутреннее положение не становится лучше, — писал он за 5 дней до своей отставки Брюну в Голландию. — Созданы партии, предвестники лиг. Какой лабиринт преступлений, дорогой Брюн, и какое загнивание! Меня поддерживает моё мужество, хотя я по уши плаваю в самой гадкой коррупции. Завидую тебе, несмотря на окружающие тебя опасности".
Аббат Сиейес, склонявшийся к аристократическому правлению, избавившись от Бернадота, мечтал о генерале, который навёл бы порядок на фронтах. Его выбор пал наконец на генерала Жубера, которого послали командовать армией в Италии, но, к несчастью, генерал скоро погиб в бою под Нови. Генерал Моро занимать его пост отказывался — он опасался за свою жизнь. Наполеон ненавидел Сиейеса, потому что видел в нём соперника, и первое время стал склоняться к партии якобинцев, но когда узнал, что члены Директории Гохье и Мулэн собирались отправить его командовать какой-нибудь армией на фронт, корсиканец смекнул, что дружба с якобинцами ему ничего не сулит, и предоставил себя в распоряжение расстриги-аббата. Два паука оказались в одной банке и пока с недоверием смотрели друг на друга.
На пышный приём по случаю прибытия Наполеона Бернадот не пошёл. "Я не желаю сидеть за одним столом с заразным человеком", — сказал он. Когда он узнал о высадке Наполеона во Фреюсе, он связался с генералом Дебелем, бывшим военным министром, и просил передать Директории, чтобы она, не теряя времени, отдала приказ об аресте генерала-дезертира и учреждении над ним трибунала. Дебель, поддержанный артиллерийским полковником Сен-Мартэном, отправился к Баррасу. Тот выслушал Дебеля и сказал:
— Мы недостаточно сильны для этого.
Бернадот продолжал настаивать на аресте Наполеона, но Баррас, верный своей выжидательной тактике, ответил:
— Давайте подождём.
Комментируя поведение Бернадота, А.Блумберг справедливо пишет, что оно было мотивировано не только его приверженностью к конституции и верностью присяге, но и тем, что в Наполеоне он видел соперника и хотел его нейтрализовать. Бернадот, как и Наполеон, тоже мечтал о том, чтобы сыграть свою роль в наведении порядка в стране, например в составе триумвирата, наделённого правами диктатуры и переизбиравшегося каждые три года.
Но и Бонапарт тоже подозревал Бернадота в том, что тот не исключал возможности войти в высшие эшелоны власти. Уже на другой день Бонапарт сказал своему секретарю Бурьену: "Бернадот странный парень. Когда он был военным министром, к нему пришли генералы Ожеро, Саличетти и некоторые другие и сказали, что конституция находится в опасности, что следовало освободиться от Сиейеса и Барраса… и что они стояли во главе заговора. Что же сделал Бернадот? Ничего. Он потребовал доказательств (вероятно, доказательств своего большого ума), но ему их не дали; он потребовал полномочий, но кто их мог ему дать? Никто. Их нужно было взять самому. Он не решился, ссылался на обстоятельства, он ответил, что он не согласен с их планами и обещал сохранить молчание, если его оставят в покое. Бернадот — не инструмент, он — помеха".
Тем не менее Наполеон, согласно Сарразэну, вёл с Бернадотом переговоры о составе будущего органа власти — о триумвирате консулов, одним из которых должен был стать Наполеон, а другим — Бернадот.
Третьим консулом Бернадот предложил Моро, в то время как Наполеон хотел иметь гражданского человека.