Война с местными крестьянами главным образом развернулась по левому берегу Луары, в Анжу, и по берегам Пуату. Революция, кроме бед и оскорблений обычаев, ничего не дала этому дикому краю, в котором издавна господствовали патриархально-феодальные порядки. Священник и помещик в глазах безграмотных крестьян были наместниками Бога и Короля на земле, и другого начальства никто из них знать не хотел. Вандея жила изолированно от всей Франции, и её нисколько не трогало, что там происходит в Париже. Вандейцы лишь знали, что их любимого короля убили, и теперь они воевали против тех, кто это сделал. Война приняла затяжной характер, потому что мятежников поддерживало всё население.
18 марта был подписан приказ о назначении Бернадота командующим Западной армией, а 17 апреля 1800 года он приступил к исполне-нию своих обязанностей, сменив на этом посту Брюна. Начальником штаба у него стал генерал Тилли. К этому времени первый консул провёл с руководителями инсургентов переговоры, в результате которых в провинции в обмен на прекращение военных действий всем мятежникам была объявлена амнистия. В лесах остались лишь самые заядлые бандиты, для которых война, грабежи и беззаконие стали уже способом жизни. Их банды подлежали уничтожению. Эта задача и была возложена на боевого генерала Бернадота.
Самый опасный, фанатичный и жестокий вождь шуанов Жорж Кадудаль, крестьянский сын, весной 1800 года сбежал в Англию и договорился там с графом Артуа, будущим королём Карлом X, о том, чтобы поднять в Вандее новое восстание, скомбинированное с роялистским переворотом в Париже. В начале июня он появился в Вандее. Наполеон проинструктировал Бернадота о необходимости проведения в отношении населения умеренной политики и по возможности избегать репрессивных мер, особенно в отношении священников.
Наполеон в ночь на 6 мая отправился в Дижон в т. н. резервную армию, которую после подготовки он намеревался ввести в потерянную — благодаря суворовским войскам — Италию. "Я снова хочу подвергнуть себя батальным опасностям, — сказал он перед отъездом Бернадоту, — и кто знает, что может случиться со мной. Если погибну, вы с сорока тысячами окажетесь у ворот Парижа… в ваших руках будет находиться судьба республики". Был ли искренен первый консул, признавая соперника своим преемником у кормила власти? В искусстве лицемерия у него не было равных! Но как бы то ни было, отношения между обоими соперниками с этого момента стали улучшаться — во всяком случае, внешне.
Армия, в которую приехал Бернадот, вместо 40 едва насчитывала 18 тысяч и находилась в жалком состоянии. Солдаты месяцами не получали жалованья, голодали, ходили оборванные и грязные и в стремлении выжить добывали себе средства пропитания у местного населения, что приводило к нежелательным эксцессам. Вандейцы снова стали собираться на тайные сборища и доставать из тайников припрятанное оружие. Результаты перемирия и амнистии сводились на "нет", и в провинции вот-вот должна была опять вспыхнуть война. Особенно упорно сопротивлялись пасификации служители церкви, и Бернадот уже приходил к мнению о том, чтобы вместо амнистии применять к ним более суровые меры, например — трибуналы.
Основные свои усилия Бернадот направил на то, чтобы искоренить причины недовольства как среди солдат, так и населения. Там, где можно, он вёл переговоры с местными предводителями, там же, где считал необходимым, применял силу, а в отдельных районах ввёл трибуналы. Он разъезжал по провинции и беседовал с населением, уговаривал крестьян, обещал им помощь и справедливость. Он пришёл к выводу, что карательные экспедиции и конфискация оружия были мало эффективны, и добился от правительства того, чтобы за добровольную сдачу крестьянами оружия выплачивались деньги. К концу августа 1800 года появились первые, хотя и скромные, позитивные результаты.
Одновременно с этим Бернадоту приходилось заниматься борьбой с английскими десантами и охраной всего северо-западного побережья Франции. В нюне 1800 года, после разгрома датского флота и расстрела Копенгагена, здесь появился флот Англии с 18-тысячным десантом. Подразделения Западной армии метались по берегу и пытались помешать высадке противника. Решающий бой произошёл под Кибероном, там французы не дали высадиться англичанам на сушу и заставили их вернуться на корабли. Только близ о-ва Нуармутье англичанам удалось высадить большую группу французских эмигрантов во главе с Кадудалем. К счастью, боевой дух мятежников к тому времени уже иссяк, и зажечь пламя нового восстания шуанов Кадудалю не удавалось. Попытки англичан закрепиться на французском побережье тоже потерпели неудачу.