Летом 1800 года к генералу приехала супруга с сыном и поселилась в епископском дворце в Ренне. Здесь на неё сильное впечатление произвели местные обычаи и постоянная опасность. По сообщению Изарна, Дезире иногда переодевалась в офицерский мундир и сопровождала мужа на конных прогулках. Уезжая в Париж, она договорилась с адъютантами мужа о том, чтобы они хорошенько присматривали за ним. Потом Жерар и Морэн писали ей письма и докладывали, как они остерегают своего шефа: в комнате рядом со спальней Бернадота всегда ночевал адъютант, во время поездок вместе с генералом всегда спал Жерар, а на лестницах и под окнами спальни стояли часовые; на прогулках генерала сопровождали 5–6 самых верных людей, одетых в такие же мундиры, что и сам объект охраны, — чтобы террористы и бандиты не сразу узнали, кто из них Бернадот. Аналогичные меры безопасности принимались на приёмах посетителей, во время завтрака, обеда и ужина и купания в ванне. Морэн успокаивал генеральшу, что жизни её супруга ничто не угрожает, потому что он пользуется в Вандее огромной популярностью.
Супруги находились в постоянной переписке друг с другом. Их письма, по свидетельству Хёйера, демонстрируют тёплые сердечные отношения. Бернадот советует Дезире не засиживаться дома и больше выходить в свет — ведь жизнь так скоротечна, и нужно сполна воспользоваться её благами. Он призывает её развивать свои музыкальные и танцевальные способности. Супруги живо обсуждают сына, которого настала пора отнимать от груди и вакцинировать от оспы. Много строк занимают советы супруга обратиться к зубному врачу и вытащить у Оскара больной зуб: лучше пострадать один раз, чем долго мучиться. К тому же больной зуб так портит внешний вид! Это замечание подвигло-таки трусиху Дезире пойти к дантисту. Правда, окончательно убедить её в этом помог корсиканец Чиаппе, общий друг супружеской четы Бернадотов. Генерал благодарит Чиаппе за помощь, а супруге пишет, что тот слишком часто стал у неё бывать.
В этот период Бернадот продолжал заниматься самообразованием и пополнять свои знания. Осенью 1800 года он составил записку о возможной ликвидации крепости Филиппсбург, в которой цитировал Морица Саксонского, Ллойда и др. авторитетов в области фортификации и военного искусства. Швейцарский публицист Этьен Дюмон в 1801 году после обеда, на котором присутствовал Бернадот, сказал, что был впечатлён его деятельностью и огромным влиянием на солдатскую массу и что его беседа за столом выдавала в нём вполне образованного человека. Приятное признание для бывшего гренадера полка Рояль-Марин!
Между тем к лету отношения между первым консулом и командующим Западной армией стали снова заметно портиться. Если раньше Бонапарт заканчивал свои письма к нему дружеской фразой "Je Vous salue et Vous aime" и приветами Дезире, то уже в письме от 18 июля он ограничился коротким "Je Vous salue", а потом тексты посланий и вовсе становились всё суше и холодней, пока к концу года переписка не прекратилась вовсе.
Одной из причин этого могли служить напряжённые отношения Бернадота с военным министром Л. Карно и постоянные жалобы на него первому консулу, который к этому времени уже, вероятно, задумал Западную армию упразднить, а также доклады полиции о причастности генерала к интригам против первого лица Консульства.
В сношениях с Карно Бернадот избрал весьма резкий и вызывающий тон, напоминая ему о том, что он, член Государственного совета и генерал-аншеф, а тот — всего лишь какой-то кабинетный генерал, который плохо понимает запросы простых солдат и к тому же в прошлом был на хорошем счету у якобинцев, а после 18 брюмера попал в опалу. Явно недозволенный приём критики! Как будто сам генерал не пребывал в точно таком же положении! "Мы более не живём во времена, когда донос или неприязнь могущественного властителя озна чали смертный приговор… Во всяком случае, я могу только высказать Вам сожаление, что вы не отдаёте справедливости человеку; участие которого к Вам в Ваших бедах всегда следовало за Вами и который снисходительно относился к Вашей политической карьере". Вот такой залп красноречия выдал генерал-аншеф в адрес своего коллеги, пытавшегося высказать своё мнение.
Долго испытывать терпение Карно не пришлось — его скоро "ушли" в отставку. Но перед уходом он "хлопнул дверью" и, со своей стороны, успел лягнуть Бернадота, доложив первому консулу о том, что в районе действия Западной армии против Наполеона плетутся интриги и что "генерал-аншеф" смотрит на это более чем снисходительно. Всё это нервировало Бернадота и вносило дополнительные трения в отношения с Парижем. 6 сентября 1800 года он попросил Наполеона перевести его на открывавшийся португальский фронт, но тот решил отправить туда своего зятя, мужа сестры Полины, генерала Леклерка.