К октябрю обстановка в районе действия Западной армии стабилизировалась и Бернадот вернулся в Париж, откуда управление армией осуществлял до апреля 1801 года. Пребывание в Париже Бернадот пытался использовать для получения назначения в Италию, предложив на своё место Й. Мюрата, но Мюрат, зять Наполеона, наотрез отказался рокироваться с ним и сам отправился командовать Итальянской армией. Это сильно ударило по самолюбию беарнца: получалось, что первый консул при назначениях на важные посты руководствовался не заслугами генералов и пользой дела, а исключительно родственными соображениями.
Бернадот попытался заручиться поддержкой Наполеона, чтобы получить назначение в Сан-Доминго, но неожиданно туда за какие-то провинности, вместо обещанной Португалии, послали Леклерка. В ноябре Леклерк, отправляясь за границу, по пути в Брест посетил Бернадота в Ренне. Встреча была холодной, Бернадот не мог простить Леклерку, что тот перешёл ему дорогу. А зря! Осенью 1802 года Леклерк умрёт от жёлтой лихорадки, а вся вест-индская затея Наполеона закончится полным фиаско.
10 октября 1800 года на первого консула в опере должно было произойти покушение, исполнителем которого стал корсиканец Жозеф Арена. В числе сообщников Арены был заподозрен итальянский скульптор Джузеппе Черакки (Ceracchi), знакомый Бернадота. Дело было, по мнению Хёйера, сфабриковано полицией Фуше, который использовал в этих целях агента-провокатора Хареля. Провокатор сделал донос на многих видных якобинцев, включая Массена, Ланна, Саличетти и Бернадота. Поскольку заговор был раскрыт сразу после высылки из страны активных якобинцев, подозрение пало на Бернадота. Его имя внесли в т. н. проскрипционные списки, и он должен был, по всей видимости, разделить судьбу своих многих коллег-генералов. После ареста Черакки полиция Футе вплотную занялась Бернадотом, пытаясь инкриминировать ему соучастие в покушении и финансировании террористов. Когда Бернадот подъезжал к Парижу, подчинённые Фуше допрашивали Дезире.
Какая же связь существовала у Черакки с Бернадотом? Дело в том, что генерал прошлой зимой заказал у скульптора свой бюст и дал ему задаток! В конце концов следствие было прекращено за неимением улик. С помощью свояка Жозефа имя Бернадота из списков неблагонадёжных было вычеркнуто, но не из памяти первого консула.
24 декабря 1800 года на диктатора было совершено второе и тоже неудачное покушение. Во время проезда кортежа первого консула на одной из улиц Парижа взорвалась бомба. Когда Наполеона спросили, кто в случае его смерти должен будет сменить его на посту первого консула, он ответил:
— Генерал Бернадот. Он, как и Антоний, продемонстрировал бы возбуждённой толпе окровавленную тогу Цезаря.
Пожалуй, первый консул был прав: Бернадот продемонстрировал бы французам не только кровавый мундир Наполеона, но, возможно, и его голову.
В апреле 1801 года, после того как удалось помочь освободить из тюрьмы арестованного ранее отца известной содержательницы парижского салона мадам Жюльетт Рекамье, генерал Бернадот вернулся в Западную армию. На восточных фронтах дело шло к миру, и единственным неспокойным местом во Франции оставался район дислокации Западной армии. Бернадот всё ещё надеялся, что в ближайшее время состоится высадка в Англии. Наполеон собирался назначить во главе экспедиции Бернадота, Массена и Ожеро, и в Париже мрачно шутили, что главная цель всей затеи первого консула заключалась в том, чтобы все три якобинца нашли наконец свою смерть.
Супруга Дезире, вероятно уставшая от роли ревнивой львицы, стоящей на защите своего льва-героя, сразу окунулась с головой в светскую жизнь. Её всё время видели в салонах Парижа в сопровождении 49-летнего холостяка адмирала Лорана Трюге и Чиаппе.
21 мая 1802 года в связи с заключением мира с Англией Наполеон дал указание упразднить Западную армию за ненадобностью. 9 августа Западная армия была распущена, и Бернадот 10 октября снова вернулся в Париж, ожидая получить хоть какое-то новое назначение, но время шло, и, казалось, никто в его услугах больше не нуждался. Впрочем, одно предложение поступило: поехать генерал-капитаном на о-в Гваделупу, но Бернадот, естественно, от такой "чести" отказался. Отверг он также и предложение занять пост посла в Константинополе — с него хватило венского опыта! По приказу Наполеона Бертье начал в армии чистку, чтобы изгнать из её рядов всех республиканцев. Вероятно, для защиты республики первый консул в её сторонниках не нуждался, а собирался найти опору в её противниках. Бернадот ждал, когда Бертье доберётся и до него. Чистки от "неблагонадёжных элементов" полным ходом шли в государственном аппарате, в судах, в представительных учреждениях. Первый консул расчищал себе путь для пожизненного консульства и готовил базу для примирения с Ватиканом.