Главный удар против союзников Наполеон направил во фланг и уже одним только маневром под Ульмом создал своей армии стратегическое преимущество, оказавшись чуть ли не в тылу у противника. Макк не ожидал этого, и в октябре 1805 года капитулировал, и 80-тысячная австрийская армия практически перестала существовать. Армии эрцгерцогов Йохана в Тироле и Карла — в Адидже, вместо того чтобы прийти на помощь Макку, отходили в Венгрию, преследуемые Неем и Массена. Путь на Вену практически был свободным, и 13 ноября Йоаким Мюрат занял австрийскую столицу.
Во время битвы под Ульмом Бернадот со своим корпусом находился в Мюнхене. Здесь он нанёс поражение австрийскому генералу Кинмайеру и продолжил движение на восток, обеспечивая безопасность правого фланга французской армии. 29 октября он вошёл в Зальцбург, а в начале ноября повернул на северо-восток, чтобы принять участие в окружении 40-тысячной русской армии М.И. Кутузова. Но русским 9 ноября удалось ловко уйти от Мюрата, и к ним на соединение из Моравии шёл ещё один русский корпус. Этого было довольно, чтобы армия Кутузова спокойно перешла Дунай у Маутерна, вышла из готовящейся ей западни и попутно нанесла Мортье чувствительный удар при Дюрнштайне. Наполеон, находившийся в Линце и утративший живой контакт с вырвавшимися вперёд корпусами, стал искать виновных. Ими оказались Мюрат и Бернадот. Последний оправдывался и клялся в будущем исправиться.
11 ноября Наполеон приказал 1-му корпусу спешно форсировать Дунай, чтобы ещё раз попытаться отрезать Кутузову пути к отступлению. 15 ноября Бернадот с корпусом с большим трудом форсировал в районе Кремса Дунай и вышел к границам Богемии, собираясь парировать продвижение оттуда корпуса эрцгерцога Фердинанда. Форсирование Дуная без понтонных средств было не простым делом, и Бернадот выполнил приказ императора с опозданием на два дня. Выступить наперерез русской армии он не смог, поскольку в его наличии на левом берегу Дуная оказалось всего 6 пехотных полков, несколько эскадронов кавалерии и немного артиллерии. А Кутузов своим маневром под Холабрунном снова поставил в тупик Мюрата и ушёл от него, перечеркнув, таким образом, план Наполеона. Т. Хёйер утверждает, что критика императором Бернадота была несправедливой и что при тех средствах и дефиците времени, которыми располагал маршал, выполнить приказ Наполеона не представлялось возможным. К тому же начштаба Бертье постоянно менял свои указания и довольно поздно ставил Бернадота в известность об их постоянных изменениях. Привычка сваливать свою вину на других станет у Наполеона теперь постоянной.
Новый приказ Наполеона предусматривал преследование остатков австрийских войск, уходивших из-под Ульма под командованием молодого эрцгерцога Фердинанда. Для русско-австрийской коалиции далеко не всё было потеряно: положение занявшего Вену маршала Мюрата скоро стало довольно щекотливым, а то, что Наполеон сделал с Макком под Ульмом, могла теперь австро-русская армия сделать с ним самим. И если бы не везение, которое спасло Наполеона в своё время под Маренго, то гениальный стратег и полководец оказался бы в плачевном состоянии. Союзникам нужно было, считают А. Блумберг и Т. Хёйер, всего-навсего выждать, подождать подхода из Италии армии эрцгерцога Карла, заручиться присоединением к коалиции Пруссии и вообще не торопиться проявлять инициативу. Спас Наполеона русский царь. Молодой, горячий и тщеславный Александр 1 жаждал славы и рвался в бой. К тому же его адъютант князь Долгоруков, посланный к Наполеону, получил "достоверные" сведения от адъютанта Наполеона Савари, согласно которым французская армия была плохо подготовлена к сражению. В результате австрийский генерал Ф. Вейротер составил самый неудачный план предстоящего сражения.
На подходе к богемско-моравской границе в Иглау Бернадот 25 ноября встретил министра иностранных дел Пруссии Хаугвитца, который вёз Наполеону ультиматум своего короля. Наполеон знал, о чём будет идти речь, — Пруссия решила выступить посредником для прекращения военных действий между воюющими сторонами, — и дал указание Бернадоту задержать Хаугвитца в Иглау на целый день, что маршал с успехом выполнил, уговаривая пруссака подождать прибытия в Иглау самого императора. Убедившись, что его обманули, Хаугвитц на следующий день продолжил свой путь.
Вечером 28 ноября Бернадот получил приказ отходить к Брно, и, совершив 36-часовой марш-бросок, соединился с главными французскими силами в Моравии, чтобы 2 декабря 1805 года успеть принять участие в знаменитом Аустерлицком сражении. Немецкий биограф Бернадота А.-Э. Имхоф считает роль 1-го корпуса при Аустерлице (Славкове) недостаточно ясной. С ним соглашаются многие другие историки, включая шведских, которые пишут, что его вклад в успех французской армии оказался недостаточным.