Оставшись за бортом Рейнского союза и оскорблённая передачей Ганновера под крыло английского короля Георга III, Пруссия мобилизовала армию, а король Фридрих Вильгельм III издал враждебный Франции манифест. Роман Франции с Пруссией закончился, и уже к осени 1806 года образовалась четвёртая антифранцузская коалиция. У Наполеона, для которого война служила источником величия и добывания средств, вихлянье Пруссии вызвало особое презрение, и он решил её наказать. 10 сентября 1806 года он записал в дневнике: "Пруссия желает получить урок". К осени 1806 года война с Пруссией стала фактом.
29 сентября князь Понте-Корво со своим корпусом спешно покинул Ансбах в направлении Бамберга, 8 октября вошёл в Пруссию и разгромил передовые части генерала Тауэнтциена при Шлейце, которые отступили к Наумбургу. Но там их ждал уже Даву. Кстати, штабной офицер, размножавший приказ по корпусу, спутал Бамберг с Нюрнбергом, и корпус потерял на исправление ошибки целый день! В результате самым неудачным образом пересеклись пути следования корпуса Бернадота с корпусом Даву, и на дорогах возникли пробки, сумятица и скандалы. Педантичного Даву такой беспорядок выводил из себя, и в возникший между обоими маршалами спор пришлось вмешиваться самому императору.
Части под командованием престарелого герцога Брауншвейгского, дислоцированные между Эрфуртом и Веймаром, чтобы не попасть в клещи, оставили сзади себя армейский корпус принца Хоэнлоэ и части генерала Рюхеля и выступили в направлении Магдебурга. Наполеон, полагая, что имеет перед собой всю армию герцога, немедленно передвинул корпус Бернадота и кавалерию Мюрата к Дорнбургу, ближе к Йене. В то же время двусмысленный приказ Бертье — Наполеона предполагал движение 1-гo корпуса на Наумбург. Приказ этот, кстати, был адресован… лишь Даву, а Бернадот довольствовался его копией, которую ему "любезно" предоставил Даву.
В результате Даву со своим корпусом остался под Ауэрштедтом один на один с герцогом Брауншвейгским, т. е. с главными силами противника, и, по всей видимости, с некоторой тревогой следил за тем, как от него уходит корпус Бернадота. Впрочем, он вряд ли ещё осознавал угрожавшую ему опасность и не знал, что перед двукратным превосходством прусской армии его 3-й корпус скоро окажется на грани полного поражения. А Бернадот, в точности выполнив приказ гениального императора, в конечном итоге был сделан им козлом отпущения за собственный просчёт. Наполеон выругал его за слишком долгий марш к месту назначения и отсутствие на обоих полях сражения (Йена и Ауэрштадт), а заодно обвинил его в том, что тот, согласно его приказу, не пришёл на помощь Даву. Бернадот попытался было оправдаться и сослаться на трудности при преодолении горного перевала при Дорнбурге (что соответствовало действительности), на нечёткие и запоздалые указания начальника Генштаба Бертье — ведь никакого приказа о том, чтобы вернуться к Даву, он не получал (что тоже верно), но всё было напрасно. Бертье был вне критики. Наполеон же, понявший, что сам допустил ошибку, задним числом в армейском бюллетене утверждал, что Бернадоту накануне якобы было дано недвусмысленное указание идти на помощь Даву. История гениальных полководцев должна быть безупречной, без единого пятнышка!
Слишком зацентрализована была система управления во французской армии, и слишком много взял на себя Наполеон, не предоставляя своим маршалам никакой свободы действий и инициативы. В своих приказах, не всегда чётких в изложении Бертье, Наполеон давал своим маршалам лишь географические ориентиры, нисколько не вводя их в курс своих тактических или стратегических замыслов и превращая их в бездумных исполнителей-автоматов. "Император не нуждается в советах или планировании походов; никто не знает его мыслей, и наш долг только в том, чтобы ему повиноваться", — с назиданием сообщил Бертье маршалу Нею во время этой же кампании.
…Отступавшие части принца Хоэнлоэ буквально смяли войска, находившиеся под командованием самого короля Пруссии, и на всём участке фронта от Эрфурта до Вайсензее распространилась паника. Корпус Бернадота между тем продолжал играть роль шахматной фигуры, которую Наполеон передвигал из одного конца в другой, чтобы создавать на том или ином направлении угрозу пруссакам. До настоящего сражения дело не доходило. 14 октября под Йеной и Ауэрштадтом между воюющими сторонами произошло решительное сражение, в котором победа досталась французам.