Уличные бои в городе продолжались ещё два часа, но сопротивление защитников уже шло на убыль, и скоро весь Любек оказался в руках французов. Его жители подверглись жестокому грабежу, имели место и другие неприятные эксцессы. Остановить разгул победителей было трудно, поскольку в городе перемешались подчинённые трёх командиров. К князю Понте-Корво явилась депутация любекских властей с просьбой навести порядок в городе, тот ответил, что это входит и в его намерения, но пока солдат не разместят на постой, сделать что-либо будет трудно. Тем не менее, пишет Хёйер, он принял меры по ограждению любекцев от разгула своих солдат и предал нескольких мародёров трибуналу. Наполеон, приняв полковника Морио с отчётом маршала о завершении операции, недовольно буркнул: "Князь молодец, что заботится об этом. Город взят штурмом и принадлежит солдатам". А Любекцы не остались в долгу перед князем и сделали ему и его помощникам "положенные" приношения.
Блюхер, вошедший в Любек с 14 000—15 000 солдат и вырвавшийся из кольца всего с 9000, намеревался пробиться к Травемюнде и организовать оборону там. Но всё это было напрасно, разрозненные прусские части были полностью окружены, а сам Травемюнде скоро был взят французскими войсками. Остатки прусской армии попали в отчаянное положение, и, казалось, никакого спасения для них уже не было. Князь Понте-Корво предложил им капитулировать на условиях, при которых все пленные сохранят своё имущество. Блюхер, известный в своей армии по прозвищу "Старая шпага", был вынужден признать безысходность ситуации. На церемонии подписания условий капитуляции он заявил: "Я капитулирую, потому что у меня не остаюсь ни хлеба, ни амуниции". Успех Любекской операции, с удовлетворением пишет Хёйер, полностью обязан командованию Бернадота и действиям его 1-го корпуса.
Здесь, на севере Германии, маршал Бернадот стал участником одного знаменательного эпизода, на котором стоит остановиться подробнее. В Лауэнбурге дислоцировались около 1500 шведских пехотинцев и кавалеристов, которых шведский король Густав IV Адольф выставил против наполеоновских войск в соответствии с договором от 3 декабря 1804 года с Англией и от 14 января 1805 года — с Россией. Командовал ими полковник и генерал-адъютант фон Мориан — возможно, неплохой офицер, но неспособный к решению крупных оперативных задач. 1 ноября Мориан узнал о приближении французов и получил приказ отступать к морю. Он намеревался в Травемюнде сесть на корабли и перебраться по морю в Померанию.
3 ноября полковник Мориан постучался в закрытые ворота ганзейского города Любека, но власти впустить шведов в город отказались. Тогда они вошли в город без разрешения. Далее полковник Мориан отослал ротмистра Тройли в Травемюнде с приказом конфисковать все стоящие на рейде суда и ждать прихода шведского корпуса, но потом вдруг, не дожидаясь вестей от Тройли, принял решение посадить своих людей на корабли прямо в Любеке.
Утром 5 ноября шведы, не торопясь, заканчивали посадку на любекские суда. Отсутствие спешки объяснялось вполне просто — с моря дул противный ветер, так что первый транспорт со шведами к утру 6 ноября всё ещё болтался в Мекленбургской бухте и находился где-то на полпути к Травемюнде. Кроме того, возникли проблемы с прусскими пограничниками и таможенниками, и прошло некоторое время, прежде чем Мориан получил от Блюхера "добро" на выход в море.
Между тем Бернадот, получив 5 ноября сведения о нахождении шведов в Любеке, отдал приказ перехватить их. Когда погруженные на суда шведы утром протёрли глаза, то увидели, что попали в переплёт: с одной стороны на них смотрели жерла французских, а с противоположной — жерла прусских пушек. Полковника Мориана на месте не оказалось — он предпочёл ранним утром отправиться в Травемюнде по суше. Впрочем, его подчинённые скоро получили от него приказ выходить немедленно в море, но было уже поздно — над головами шведов засвистели пули. Экипажи судов бросились на берег спасать свои жизни.
Шведы приняли меры для того, чтобы самим, без их помощи, поскорее отойти от берега. Офицеры, загнав солдат в трюмы и переодевшись в костюмы любекских моряков, стали сниматься с якорей. Но навигаторов из них за такое короткое время не получилось, и скоро все корабли, один за другим, благополучно сели на мель. Французы сделали несколько предупредительных выстрелов картечью. Сопротивление в таком положении было бесполезным. После коротких переговоров шведы в количестве 1050 человек, б пушек и нескольких сотен лошадей сдались в плен. Уплыть в море и спастись от плена, благодаря мужеству и храбрости лейтенанта Клеркера, удалось только одному кораблю.