16 апреля он отправил очередной рапорт на увольнение и выступил из Дрездена. 24-го числа армия прибыла в Веймар. Этот короткий поход показал, что саксонцы были не так уж и плохи, но 20 апреля, когда саксонцы были в Гере, Понте-Корво всё равно написал ещё один рапорт, но отправить его не успел, потому что пришло наконец письмо от Наполеона, датированное 19 апреля. Император находился в Ингольштадте и писал: "Дорогой месье свояк! Все Ваши письма получил. Начавшуюся войну мне предстоит вести при согласовании с Россией. В этой комбинации Вы играете особую роль. Найдите в этом доказательство моего к Вам уважения и оценки Вас в том назначении, которое я Вам дал". И всё: ни слова о жалобах маршала, ни единого упоминания о его возможной отставке и о третировании маршала со стороны Бертье. Какую особую роль должен был сыграть Понте-Корво в этой кампании, император тоже не пояснил. Т. Хёйер считает, что Наполеон сделал намёк на то, что с помощью русских Бернадот мог бы стать герцогом Варшавским. Поняв этот намёк именно таким образом, Бернадот якобы смирился со своим положением и о своей отставке уже больше не помышлял.
В письме наконец прояснялись статус саксонской армии и её ближайшие задачи. Армию преобразовывали в 9-й корпус, который, по данным Генштаба, должен был включать три дивизии (на самом деле дивизий было две). Корпусу придавались всё те же две мистические польские дивизии и гарнизоны Данцига и Глогау, так что у Понте-Корво набиралось — на бумаге — до 50 000 человек. Но поляки стояли под Варшавой и идти пополнять 9-й корпус пока не собирались. Гарнизоны упомянутых городов тоже оставались на своих местах, так что на деле маршалу приходилось рассчитывать только на саксонцев, которых едва набиралось на две дивизии — 16 302 человека при 26 орудиях. Наполеон только что прибыл к армии и в обстановке ещё не разобрался, а начштаба армии Бертье делал вид, что с 9-м корпусом всё в порядке.
Наполеон приказал идти корпусу в Богемию, но уже на другой день изменил приказ и направил его вдоль баварско-богемской границы к Регенсбургу, где он должен был соединиться с главной французской армией. Приказы и контрприказы, отменявшие первые, следовали от Бертье один за другим. В конце концов, обогнув Регенсбург, Понте-Корво 13 мая появился под Линцем. Здесь он соединился с вюртембергским миникорпусом генерала Вандамма и вместе с ним вступил в бои с противником, в которых саксонцы проявили и храбрость, и стойкость.
Согласно первоначальному замыслу Наполеона, Бернадот должен был войти в южную часть Богемии (Чехии), но 21–22 мая под Асперном-Эсслингом произошли кровавые столкновения с австрийцами, и Наполеон впервые потерпел здесь поражение. Исход кампании находился под вопросом, и вместо Богемии 9-й корпус был передвинут для прикрытия переправы через Дунай на линии Линц — Эннс — Штейер. Бернадот, оставив Вандамма, должен был пойти в направлении Будвейса, но, ввиду тяжёлых горных условий, этот приказ выполнить отказался, о чём 28 мая и доложил Наполеону. Бертье при этом полагал, что князь располагал силами, насчитывавшими до 32 000 человек, хотя у него не было и половины этой цифры.
У Линца Бернадот простоял до конца мая, а потом, передав позиции баварскому корпусу Лефевра, переместился на восток к Санкт-Пёльтену, где простоял до 27 июня. 6 июня 1809 года император вызвал Бернадота в замок Шёнбрунн (Вена) и обласкал его. Наполеон находился в прекрасном настроении — с ним находилась Мария Валевская! Император сочувственно отнёсся к положению 9-го корпуса и предложил реорганизовать его по французскому уставу. Саксонцев свели в усиленные батальоны, избавились от непригодных старых и больных солдат и офицеров, отправив их домой, а для усиления корпуса придали изрядно потрёпанную французскую дивизию генерала Дюпа, которую Бернадот усилил тремя саксонскими батальонами.
В середине июня австрийская армия вторглась в беззащитную Саксонию, и это самым тяжёлым образом сказалось на настроениях и боевом духе саксонцев в 9-м корпусе. В то время как они без дела стояли на Дунае, их страна подверглась грабежам и насилию. Бернадот предложил передислоцировать корпус в Саксонию, но Наполеон попросил его подождать до решающих событий.
Решающее событие произошло 5–6 июля под деревней Ваграм. В жизни маршала оно тоже сыграло немалую роль, а потому остановимся на нём более подробно. Согласно полученной от Бертье диспозиции, 9-й корпус 4 июля должен был выдвинуться в район укреплённого французами в рукаве Дуная о-ва Лёбау. Вечером того же дня Бернадот вместе со всей французской армией стал переправляться с Лёбау на северный берег реки, оставив на острове два своих батальона. Это было первое ослабление корпуса, но далеко не последнее. Переправа осуществлялась по нескольким понтонным мостам, построенным по проекту самого императора, продемонстрировавшему, как пишет Хёйер, высокое инженерное искусство и полководческую основательность автора.