Утром 5 июля 9-й корпус, оставив на острове половину артиллерии, завершил переправу и вместе с Итальянской армией занял позиции во второй линии за корпусами Массена, Удино (1767–1847) и Даву. Когда войска стали двигаться по равнине и веером расходиться в стороны, корпус Бернадота оказался впереди корпуса Массена, образовавшего левый фланг всей армии. В образовавшийся между Удино и Бернадо-том промежуток вошли Итальянская армия короля Евгения и корпус Макдональда. В распоряжении Бернадота осталось 12 батальонов, а у Дюпа — 7, но Дюпа так и не появился — его дивизию Наполеон передал на другой участок. Из 20 эскадронов кавалерии в 9-м корпусе осталось 16 — 4 были переданы Удино. Напомним, что саксонские дивизии только что были переформированы и в таком составе в бой шли первый раз.
Эрцгерцог Карл построил свои боевые порядки недалеко от Дуная у деревни Ваграм, прикрывшись естественным водным препятствием — каналом Руссбах. Наполеон оставил Массена против правого австрийского фланга, на котором у них было тройное превосходство, зато против левого фланга Наполеон сосредоточил все остальные силы. 9-й корпус оказался напротив Ваграма прямо у стыка двух австрийских группировок, что предвещало жаркие схватки (Хёйер называет этот участок самым важным в сражении).
На подходе к Ваграму саксонцы прогнали австрийский заслон в деревне Раасдорф и продолжили марш в северо-западном направлении к деревне Адерклаа. Именно в этот момент дивизия Дюпа по распоряжению императора ушла на север к Руссбаху. С левого фланга на корпус напала австрийская кавалерия, но французы под командой Жерара повернули её вспять. К семи часам вечера в расположении корпуса неожиданно появился адъютант Наполеона и будущий министр полиции генерал Савари и объявил, что император принял решение покончить с противником уже сейчас, в связи с чем корпуса Евгения и Удино атакуют левый фланг эрцгерцога Карла, а Бернадот должен был поддержать наступление взятием Ваграма. Импровизированная фронтальная атака была чревата тяжёлыми последствиями. Бернадот это хорошо понял, но приказ есть приказ, и он повиновался.
Бернадот взял с ходу Ваграм, но продержаться там долго не смог. Противник подтянул к Ваграму дополнительные дивизии, и саксонцам пришлось отступить. Потом атака повторилась, и Ваграм был взят Бернадотом во второй раз, но противник снова навалился на него превосходящими силами, и Бернадот снова отступил — как отступили с большими потерями находившиеся справа от него части Удино, Макдональда и дивизия Дюпа. К 23.00 корпус отступил к Адерклаа и на рассвете 6 июля с трудом восстановил свои порядки.
Бернадот и его подчинённые находились в подавленном состоянии. Наполеон бросил саксонцев в самое пекло, нисколько не учитывая их состояние и численность. Он видел в этом доказательство очередной интриги Бертье, который снова молчал, а между тем потрёпанный 9-й корпус, потерявший около половины своего состава, находился на опасном острие, образуемом позицией корпуса Массена, обращённой на запад, и позициями Удино, Евгения и Даву, обращёнными на север, и в любой момент мог подвергнуться атаке противника. Соседи Массена и Евгений находились от него на расстоянии 4 км. Под влиянием всех этих чувств и опасений маршал к утру отдал приказ уйти из Адерклаа и занять позиции в 1,5 километрах к востоку от деревни.
Маршальский жезл Ж.-Б. Бернадота
Утром 6 июля эрцгерцог Карл принял решение направить удар почти всех своих сил против левого фланга французов, т. е. против Массена и Бернадота. Австрийцы быстро заняли Адерклаа и нанесли по 9-му корпусу тяжёлый удар. К половине восьмого утра у Адерклаа с основными своими силами появился Массена. Вместе с Бернадотом он попытался вернуть деревню, но силы были слишком неравными, и атака захлебнулась. В этот критический момент на левом фланге появился Наполеон, и между ним и Бернадотом произошёл горячий разговор. Появился наконец Дюпа, но от его дивизии осталось всего 700 человек. Бернадот попытался на месте выяснить, кому он был обязан потерей целой дивизии в самый критический момент боя, но ни Дюпа, ни Наполеон не могли сказать на этот счёт ничего определённого. (Позже выяснилось, что почти всю дивизию Дюпа "увели" адъютанты Бертье.)