О дальнейшей роли 9-го корпуса в битве под Ваграмом ясности не существует. Судя по всему, пишет Хёйер, он был отведен в ближайший тыл к деревне Раасдорф и отражал атаки противника на линии, принадлежавшей Массена, а его позиции у Адерклаа занял Макдональд.
К вечеру, когда кровавое побоище закончилось победой французов, корпус находился в дер. Леопольдау. Хёйер пишет, что Наполеон, не обвиняя прямо Бернадота в неудачном участии 9-го корпуса в Ваграмском сражении, тем не менее дал волю своему неудовольствию его слабым вкладом в победу.
8 июля Бернадот, огорчённый неудачным участием саксонцев в Ваграмском сражении, издал приказ, в котором в высокопарных и не совсем точных выражениях похвалил саксонцев за их вклад в общую победу и за храбрость в боях 5 и 6 июля. Это был как бы ответ на все несправедливости и унижения, которые он, как командующий корпусом, претерпел за последние дни от императора и начальника Генштаба. Перед саксонскими генералами маршал выразил пожелание, чтобы приказ был опубликован в газетах, что они с удовольствием сделали.
Реакция Наполеона последовала не сразу. 9 июля Бернадот занимался участью многочисленных раненых в корпусе, а на следующий день от Бертье пришло уведомление о том, что 9-й корпус подлежит расформированию. Остатки корпуса формировались в дивизию, которая при командире Рейнье поступала в распоряжение короля Италии Евгения. Это был настоящий удар по самолюбию и Бернадота, и его саксонских подчинённых. Хёйер пишет, что роспуску корпуса предшествовала подача его командующим рапорта об отставке, но сам Бернадот в своих мемуарах пишет на этот счёт весьма невнятно. Скорее всего, заключает историк, решение императора по этому поводу было для него полной неожиданностью. Бертье, кажется, предлагал Бернадоту новое назначение, но тот от него отказался.
Уехал ли маршал из Вены в Париж по своей воле или был удалён из армии по приказу Наполеона, тоже не ясно. Но история с приказом от 8 июля получила своё продолжение. Французские газеты перепечатали немецкие публикации, и скоро Наполеон узнал о содержании приказа. Рассерженный император написал военному министру А.-Ж.-Г. Кларку (1765–1818): "Если представится возможность увидеть князя Понте-Корво, покажите ему моё недовольство смешным приказом, который он распространил во всех газетах… Ваграм… взял Удино, князь Понте-Корво взять его не смог. Также мало соответствует истине, что саксонцы 5 июля прорвали центр вражеских позиций. Ни один ружейный выстрел не прозвучал с их стороны… Князь Понте-Корво… конченый человек, который гонится за деньгами, удовольствиями и величием, которые он не хочет окупить ни опасностями, ни трудностями войны". Император почему-то забыл, что Бернадот был в Ваграме под пулями, что его саксонцы дважды занимали Ваграм и дважды были вынуждены отступить под напором превосходящего противника.
Этим письмом император не ограничился. В бюллетене армии от 30 июля он объявил о том, что победа под Ваграмом полностью принадлежит маршалу Удино, а в изданном исключительно для маршалов приказе от 5 августа устами Бертье утверждал: "…Приказ князя Понте-Корво, способный посредственным частям дать повод к ложным претензиям, противоречит правде, политике и национальной чести. Победа Его Величества основана исключительно на успехах оружия французских, а не каких-то иностранных частей. Его Величество желает, чтобы это свидетельство недовольства послужило примером для других маршалов, дабы они не приписывали себе славы, которая принадлежит другим". Под "другими" император, естественно, имел в виду Бернадота. Кроме того, в приказе буквально говорилось, что только Его Величество имеет право судить о степени славы каждого солдата и офицера.
Но не пройдёт и двух дней, как императору понадобится этот самый "посредственный" маршал для спасения империи от новой опасности. А пока он отдал приказ Савари и Даву не спускать с Понте-Корво глаз. Наполеон занервничал: в армии и Париже уже прошёл слух о подготовке против него нового заговора, который якобы возглавлял генерал Ренн. В Париже оставшийся на "хозяйстве" Фуше восстановил Национальную гвардию. Зачем? Там в столице, в отсутствие Наполеона, Понте-Корво быстро "снюхается" с первым хитрецом и пройдохой империи, а это чрезвычайно опасно.
После долгих колебаний Наполеон назначил Бернадота командующим армией в Бельгии для отражения десанта англичан.