С историко-философской точки зрения пристального внимания заслуживает критика Больцано так называемого психологизма. Эта критика могла бы ускорить созревание и развитие современной логики, будь она известна широким кругам ученых. Только через 50 лет после появления «Наукоучения» Г. Фреге, а затем в 1900 г. Э. Гуссерль (первый самостоятельно, второй — в значительной степени повторяя Больцано и ссылаясь на него) дают критический анализ психологизма в логике и теории познания. Правда, самого термина «психологизм» у Больцано нет и его критика целиком подчинена позитивному изложению логики.
Что же собой представлял психологизм в логике и гносеологии? В начале XIX столетия некоторые философы, опираясь на эмпирические идеи Юма и Локка, пытаются сделать психологию основной философской дисциплиной. Под эмпирическими данными Юм, например, понимает психологические данные, а именно состояния нашего сознания, ощущений и восприятий. С позиций такого эмпиризма современники Больцано Я. Фриз и Ф. Бенеке выступили против рационалистического гегелевского идеализма. И тот и другой рассматривали логику как науку, производную от психологии. Следуя за Юмом, они считали, что путем самонаблюдения за состояниями сознания можно получить основные принципы и законы логики. Логика рассматривалась как ветвь психологии, а ее законы — как обобщения эмпирических данных сознания. Эта точка зрения, в основном опирающаяся на субъективный идеализм, единственным предметом исследования которого оказываются наши восприятия и ощущения, стала тормозом на пути развития логики. Недооценка теоретического знания, его качественного своеобразия по отношению к эмпирическому (последнее при этом не рассматривалось как отражение объективной реальности) мешала созданию логического метода исследования, выявлению форм и способов научного познания. Психологизм в логике получает широкое распространение особенно в середине и конце XIX столетия. Его представителями были такие видные философы и логики, как Д. С. Милль, X. Зигварт, Т. Липпс.
Больцано солидарен с Ф. Э. Бенеке (1798–1854) и Я. Ф. Фризом (1773–1843) в их борьбе против гегельянства, но в гносеологии и логике выступает с иных позиций. Одним из первых, кто критиковал смешение психологических проблем с логическими, был Кант, но он придерживался субъективно-идеалистических позиций. Правда, источником логических форм он уже считал не эмпирический субъект, а чистое, трансцендентальное сознание. Больцано отрицает кантовский субъективизм. В отличие от Канта, утверждавшего полную независимость и самостоятельность логики по отношению к психологии, чешский философ занимает более осторожную и более верную позицию. Он считает, что каждая наука в определенном смысле зависима от других, заимствует у других свои понятия. Логика здесь не исключение: она зависима от эмпирической психологии, так как занимается проблемой лучшего объединения наших знаний в науку, рассматривает вопрос о том, как «человеческий ум приобретает свои представления и знания» (21, 1, 54). Один исследователь творчества Больцано полагает, что это заявление мыслителя относится только к практической логике, на теоретическую же логику оно не распространяется (см. 49, 324). Сближая Больцано с Гуссерлем, этот философ пытается навязать точку зрения основателя феноменологии чешскому мыслителю. Гуссерль действительно видел основание логики как технического, нормативного учения в эмпирической психологии в отличие от логики теоретической, которая, по его мнению, имеет фундамент в трансцендентальном сознании. У Больцано мы ничего подобного не найдем. Он не отделяет столь резко логику как техническое искусство, как нормативную дисциплину от теоретической логики. Другое дело, что он говорит об общей и особенной логике. Для каждой науки имеются свои особенные логические правила, для наук в целом — общие логические законы и правила. Больцано обсуждает в «Наукоучении» только общую логику. В изложении логического учения Больцано придерживается строго антипсихологической позиции. В учении о познании, об искусстве открытия он, правда, преувеличивает значение эмпирической психологии, но тем не менее никогда не смешивает логическое с психологическим, не ищет в психологии основания для логики.