Интерес к философии пробудился у Больцано еще в юности. В «Автобиографии» он следующим образом пишет о своем любимом предмете — математике: «Мое особое расположение к математике основывалось, собственно, только на ее чисто спекулятивной части, иначе говоря, я ценю в ней только то, что одновременно является и философией» (13, 62). Там же он говорит, с каким трудом давалось ему вначале понимание математики, и замечает, что в развитии последней есть и его заслуга, что, как он надеется, покажет будущее.
В конце XVIII — начале XIX столетия официальной философией в университетах Австро-Венгрии была философия X. Вольфа, но постепенно распространяется и начинает занимать прочное положение система Канта. Последняя проникает даже в католические учебные заведения Австрийской монархии, в которых (в противоположность протестантским в Германии) была сильна антикантианская направленность. Бывший иезуит Б. Штаттлер написал даже получившую известность книгу «Анти-Кант». Неприятие кантовского учения объясняется тем, что Кант выдвинул так называемые моральные доказательства существования бога, оказавшись тем самым одним из философов, теоретически оформивших постулаты протестантской религии. Таким образом, в учебных заведениях Чехии в это время преподаются две философские системы с преобладанием лейбнице-вольфианской. Поэтому и Больцано в университете изучает прежде всего теории Вольфа, Лейбница и Канта. Последователя вольфианской школы, основателя идеалистической эстетики А. Г. Баумгартена он читает уже в 16-летнем возрасте. В 18 лет он основательно штудирует «Критику чистого разума» Канта, при этом прочитывает почти все, что пишут о немецком философе. Серьезно занимается Больцано также изучением взглядов Аристотеля, Платона, схоластов. Из философов Нового времени читает Бэкона, Локка, Декарта. Знакомится он и с произведениями французских и немецких просветителей. Одними из первых купленных Больцано в студенческие годы книг были четыре тома сочинения выдающегося идеолога и теоретика немецкого Просвещения И. Г. Гердера «Идеи к истории философии человечества».
Больцано скрупулезно, основательно изучал произведения философов. Вот что он пишет (в третьем лице) о своем духовном развитии до 23-летнего возраста: «Никогда в жизни Больцано не было даже самого короткого периода, в который какая-либо философская система казалась бы ему единственно истинной и была бы предметом его восхищения. Даже при первом знакомстве в каждой находил он немало сомнительных мест, хотя и не мог их оспорить с достаточной ясностью, всегда опасаясь, что вина, может быть, лежит в нем самом, в недостаточном их понимании. Так было с системами Канта, Гербарта, Фихте, Шеллинга, Гегеля. Проходили годы и десятилетия изучения, прежде чем Больцано осмелился допустить, хотя бы с некоторой уверенностью в себе, что ошибается не он, а они» (29, 22–23).
Больцано был убежден в истинности и оригинальности своей философии, поэтому большинство его произведений остро полемично. Философ излагает и критикует множество точек зрения, не согласующихся, по его мнению, с его собственной по тому или другому вопросу. Острие его критики направлено в первую очередь против господствовавшего в ту эпоху немецкого идеализма. Непопулярность философии Больцано частично объясняется непопулярностью этой критики. Достаточно сильная и острая критика имела эффект, обратный ожидаемому: до противника критика не доходила, а Больцано прибавляла врагов. Рационалисту Больцано особенно чужды были мистика и иррационализм. В его дневниковых записях мы находим замечания на только что вышедшую книгу иррационалиста Шопенгауэра «Мир как воля и представление»: «Автор был когда-то приверженцем Канта, а затем опровергал его, но, очевидно, сошел с ума». Через некоторое время, после вторичного чтения книги, Больцано заключает: «Бред, который содержит законченную систему философии» (82, 29).
Основой, на которой формировались и развивались взгляды Больцано, была одна из главных идей эпохи Просвещения — идея всеобщего блага. Как и остальные просветители, Больцано был глубоко убежден в прогрессе человечества, ведущего ко всеобщему счастью людей. Именно поэтому этическая проблематика определяет у чешского мыслителя все его творчество и деятельность как педагога и социального реформатора. (В 18-летнем возрасте он основывает моральное общество с целью самовоспитания и самоусовершенствования. Правда, это общество состояло помимо Больцано еще лишь из трех человек. В него входили двоюродный брат философа Райхл и двое его друзей, Стопани и Яндера.) И критику философии Канта Больцано начинает с критики учения о нравственности. В 1835 г. он записывает (говоря о себе в третьем лице): «Первый пункт, в котором он с определенностью увидел ошибку Канта, был его высший принцип нравственности…» (82, 20). И религия для Больцано имеет значение лишь как определенное учение о нравственности. Поэтому догматы откровения он рассматривает не как истины, а символически, как положения, способствующие достижению и пониманию всеобщего блага. Занятия Больцано логикой и философией диктовались в первую очередь необходимостью найти строгое логическое и онтологическое обоснование этике, высшему нравственному закону; поиски истины, по его мнению, должны быть полностью подчинены принципу блага и пользы человека. Если, говорит мыслитель, открытие, которое предстоит сделать ученому или у порога которого он находится, не принесет пользы человечеству, то необходимо воздержаться от такого открытия. Высшее основоположение науки, по Больцано, гласит: «При разделении общей области истины на отдельные науки и при изложении этих наук в учебниках нужно делать так, как этого требуют законы нравственности, т. е. чтобы из этого получилась по возможности наибольшая сумма благ» (21, 4, 26). Требование общественной пользы, практической значимости науки своим пафосом было направлено против бесплодной схоластики богословов и спекуляций философов — представителей немецкого идеализма.