Наибольшее влияние на формирование философских взглядов мыслителя оказало учение Лейбница. Многие идеи своей онтологии, или метафизики, Больцано заимствует из «Монадологии». Близок ему Лейбниц и как математик и логик. В то же время Больцано строго отделяет свои позиции, критикуя некоторые положения Лейбница. В архиве чешского мыслителя хранится рукопись работы, специально посвященной анализу различия воззрений его и Лейбница.
Ф. Бэкон привлек Больцано попыткой создания логики для отыскания истины и практической направленностью философского учения. Декартова идея создания метода теоретического исследования и обоснования научного знания была родственна задаче самого Больцано. Высоко оценивал пражский философ вышедшую в 1764 г. книгу И. Г. Ламберта «Новый Органон…», в которой он нашел близкие ему положения, касающиеся анализа языка и логики.
Сложившиеся у Больцано в основном к 1820 г. взгляды в дальнейшем его творчестве резких изменений не претерпели. Отдельные логические и метафизические идеи совершенствовались, уточнялись и исправлялись им. Ко второму изданию книги «Атаназия, или Мысли о бессмертии души» (1838, первое издание вышло анонимно в 1824 г.) Больцано делает добавления и примечания. После каждого возвращения рукописи его главного произведения «Наукоучение» из разных издательств (которые не соглашались ее публиковать) он исправляет отдельные параграфы, а также стилистически совершенствует работу. Со временем отчасти изменяется отношение Больцано к немецкому идеализму, особенно к Гегелю, в учении которого он начинает находить и положительные стороны, хотя в целом отношение к немецкому идеализму и к Гегелю остается у чешского мыслителя негативным. Больцано не принял диалектики, не увидел за ложной формой истинного содержания.
Что же Больцано понимает под философией и какие задачи ставит перед нею? Для ответа на эти вопросы рассмотрим в первую очередь небольшую, но крайне важную статью мыслителя «Что такое философия?», изданную через год после его смерти. Вначале автор разбирает множество нередко исключающих друг друга определений философии. Ни одно из них его не удовлетворяет. Рассматривая определение Гегеля, Больцано иронически замечает, что последний умер с верой в то, что благодаря своей философии он привел к законченному самосознанию уважаемого нм бога (см. 20, 6). Шеллинг, по мнению Больцано, утверждает, что определение философии возможно лишь как результат ее развития. В определение, таким образом, включается вся философская система. Но, указывает Больцано, если в определении философии еще достижимо согласие, то в отношении всей системы оно почти невозможно. Учитывая, что всякое определение недостаточно, чешский философ высказывает мнение, что от определения не требуется выражения всего содержания предмета. Прежде всего с самим словом «философия» должно связываться вполне конкретное значение, и это значение должно сохраняться неизменным в продолжение всего поиска определения понятия; в противном случае нельзя будет сказать, что ищут или что искали (см. там же, 7). С этим можно согласиться. В процессе исследования или в его итоге мы можем отбросить предварительное определение понятия, но мы должны знать, что мы ищем, что хотим определить. В качестве предварительного, полагает Больцано, нужно взять не то понятие философии, которое выработано философами, а то, которое возникло в результате обыденного, повседневного употребления слова «философия». Философствуют в науке, философствуют в жизни. Публика сразу отличает философское произведение, например, от исторического или нравоучительного. Чешский мыслитель намеренно подчеркивает апелляцию к обыденному здравому смыслу, столь презираемому немецкими идеалистами. Так, говорит он, если кто-то размышляет над тем, сколько времени идет свет от луны до наших глаз, или хочет узнать, имеет ли численное уравнение реальные корни, то никто, конечно, не назовет подобные размышления или вопросы философскими. Но если кто-либо размышляет о происхождении Земли или Вселенной, а также о последнем основании всех обязанностей и прав, о следствиях, которые из этого вытекают, то такие размышления, очевидно, будут философскими (см. 20, 9).