В XVIII и даже XIX столетиях многие разделы конкретных дисциплин и некоторые науки считались философскими. Под философией нередко понималось любое научное, теоретическое исследование. Тесная связь и даже переплетение науки и философии в эпоху формирования теоретического естествознания были необходимыми и плодотворными. Отделение конкретных наук от философии осуществлялось в процессе развития каждой из них. И тем не менее для времени Больцано включение в философию любого причинноследственного исследования было не совсем оправданным. Другое дело, что принцип детерминизма всегда был и будет одним из главных принципов научного, в том числе и философского, анализа; в этом Больцано, конечно, прав.
Итак, по мнению Больцано, философию характеризует выявление причин и следствий, а также, как указывалось, отыскание логических оснований и следствий. Как рационалист, Больцано говорит о соответствии реальных связей логическим в отличие от Спинозы, который отдает приоритет реальным связям, и от Лейбница, для которого реальные связи тождественны логическим и в конечном счете растворяются в последних. Больцано утверждает, что логическая связь определяет реальную, правда, только в познании, хотя иногда философ выражается таким образом, как если бы полагал, что логическая связь обусловливает причинно-следственную в самой действительности. Как будет показано ниже, это объясняется его дуалистическими и идеалистическими представлениями. Во всяком случае (и это особенно важно) Больцано пытается строго разделить логическое и реальное, эмпирическое.
Чешский философ говорит еще о двух особенностях философии, а именно об анализе структуры понятий и исследовании первичных понятий, посылок, из которых мы бессознательно выводим заключения. Больцано верно отмечает одну из особенностей философии — исследование последних оснований и не тематизируемых в других науках процедур. В каждой научной области, в любой сфере интеллектуальной деятельности имеются некоторые положения, принципы, на которые фактически опирается исследователь, но которые остаются часто вне его специального внимания: они «само собой разумеются» и не осознаются достаточно ясно. Речь идет не о любых понятиях и положениях, остающихся вне внимания исследователя, хотя и предполагаемых им, как, например, знание таблицы умножения или символов математики. Положения, которые имеет в виду Больцано, являются основными, «последними» для определенного исторического момента развития науки и культуры. Таков, например, бессознательно примененный Менделеевым закон перехода количественных изменений в качественные в отношении химических элементов при открытии им периодического закона.
Далее, рассматривая понятия «философствование» и «мудрец», чешский мыслитель пытается выяснить роль философии в общественной жизни, ее нравственную ценность. В замечаниях и добавлениях к «Наукоучению» Больцано критически анализирует известное положение Канта о том, что нельзя научиться философии, но можно — философствованию. Это верно в том смысле, полагает Больцано, что нет какой-либо одной общепризнанной философии, как, например, математики или истории, но существует несколько систем, противоречащих друг другу. У Канта имеется в виду нечто совсем другое, говорит он. Учитель должен учить не мыслям, а мышлению, не вести, а руководить. Но это, как правильно считает Больцано, применимо не только к преподаванию философии. Мыслить, философствовать нельзя научить без научения тому, о чем можно мыслить и философствовать (см. 11, 12, 160–161).
Философ, мудрец, полагает Больцано, не просто философствует. Философствовать можно, и не будучи философом. Философ всегда размышляет о важных для людей вещах: о боге, о природе, об обязанностях. С именем философа связано представление о человеке, знающем истины, благодаря которым он живет счастливо и учит жить счастливо других. Больцано опять приводит примеры, обращаясь к обыденному словоупотреблению. Часто говорят: «Он ведет себя недостойно философа, он лжефилософ» и т. п. Мало знать истину — нужно поступать в согласии с ней. Философ — это человек, который не только знает истины, способствующие нашему счастью и добродетели, но и живет в соответствии с этими истинами. Было бы, утверждает Больцано, нецелесообразно и даже вредно отказаться от понимания философа как мудрого и доброго человека. Кто умело находит причины и основания, тот, может быть, философски талантлив, но его нельзя назвать философом, если он не постиг тех понятий, из которых вытекает нравственность (см. 20, 16–17). Жизнь самого мыслителя была реальным воплощением того представления о философе, которое дано в статье «Что такое философия?».