По окончании Московской консерватории Бориса Эммануиловича как лучшего ученика и первого дипломированного дирижера тогдашний ее директор К. Н. Игумнов порекомендовал К. С. Станиславскому, возглавлявшему вновь открытый музыкальный театр его имени. Музыкальным руководителем театра был крупнейший оперный дирижер своего времени В. И. Сук. Это было ответственным испытанием в жизни начинающего дирижера, определившим его дальнейшую судьбу, а творческое сотрудничество с прославленными мастерами явилось для него поистине большой школой.
Вот как пишет об этом сам Б. Э. Хайкин: «Это были, без всякого преувеличения, мои музыкальные университеты, время моего становления и возмужания как художника.
Работая рядом с такими корифеями, я познавал театр с его азов до вершин искусства. Процесс рождения оперного спектакля, поиск гармоничного соотношения в нем музыки и сценического действия всегда нов, необычен в каждой новой постановке. Каждый спектакль требовал иного подхода, открывался всякий раз другим „ключом“. Я, как губка, впитывал все, что видел и слышал в театре, проводил там дни и ночи, дорожа каждой минутой общения со Станиславским и Суком.
Сук учил меня: власть дирижера в опере — не безгранична; основа основ — предельное уважение к композитору, к авторскому тексту; важно в каждом отдельном сценическом моменте, в каждом такте музыки чувствовать целостность произведения, его звуковую перспективу; все это даст возможность дирижеру соотносить динамику и общий уровень звучания музыки в пределах всего спектакля.
Поразительно интересны были репетиции Станиславского, особенно его „показы“ актерам того или иного эпизода. Он виртуозно, с удивительной фантазией ставил мизансцены, во всем чутко следуя музыке. Здесь он был неподражаем! Станиславский говорил: нельзя сегодняшний спектакль играть так же, как вчера. А дирижеру и актерам нужно научиться импровизировать в рамках заданного постановочного плана, постоянно искать в нем новое, играть каждый спектакль, как в первый раз… Подлинное искусство — всегда единственно, неповторимо. Любая копия убивает его. Вот почему так важна в нашем деле свежесть, первичность творения. Это азбука театра».
В обстановке таких требований Б. Э. Хайкин рос как художник и вскоре, став главным дирижером, самостоятельно ставит ряд классических и советских оперных спектаклей под руководством Станиславского.
В 1936 году Хайкин назначается главным дирижером Малого оперного театра в Ленинграде, а с 1944 года — он главный дирижер Театра оперы и балета им. С. М. Кирова. В эти годы талант Б. Э. Хайкина достигает поры наивысшего расцвета.
В Малеготе — в свое время заслуженно названном «лабораторией советской оперы» — он успешно продолжает творческую линию, намеченную его замечательным предшественником — С. А. Самосудом, много и успешно работает с советскими авторами. Среди его работ нужно назвать «Кола Брюньон» Кабалевского, «Мятеж» Ходжа-Эйнатова, «Поднятая целина» Дзержинского, «Мать» Желобинского и ряд других.
Перейдя в качестве главного дирижера в Кировский театр, Хайкин не изменяет своим творческим принципам, продолжая активно работать над новым советским репертуаром. Результатом его творческого содружества с советскими композиторами явились блестящая постановка «Дуэньи» и «Повести о настоящем человеке» Прокофьева, премьера опер «Семья Тараса» Кабалевского и «Декабристы» Шапорина.
В те же годы он успешно ставит ряд классических опер: «Иоланту», отмеченную Государственной премией 1945 года, «Орлеанскую деву» (Государственная премия 1946 года), «Бориса Годунова», «Хованщину», «Мазепу» и «Пиковую даму».
С 1954 года Б. Э. Хайкин — дирижер Большого театра СССР. Под его управлением идет практически почти весь репертуар Большого театра, но он по-прежнему с особой увлеченностью готовит новые спектакли: «Свадьба Фигаро», «Фауст», «Севильский цирюльник», «Царская невеста», «Летучий голландец», «Фра-Дьяволо», «Спящая красавица», «Мать» Хренникова, «Джалиль» Жиганова, «Неизвестный солдат» Молчанова, балет «Лесная песня» Жуковского. Он все так же удивительно энергичен и неутомим: много выступает в симфонических концертах, записывается на пластинках, много спектаклей ставит за рубежом (в Италии, Германии, Чехословакии и других странах).