Ещё в середине июля Апраксин с основными силами армии не переступил границы. 15 июля Бестужев был снова вынужден напомнить Апраксину о том негативном впечатлении, которое фельдмаршал оказывал на Петербург своим бездействием. «Совершенное моё к вашему превосходительству усердие побуждает меня и то не утаить, что в день конференции… её императ. Величество… за отсутствием других ко мне, к князь Никиту Юрьевичу (Трубецкому), к Александру Борисовичу (Бутурлину) и к князь Михаилу Михайловичу (Голицыну) с великим неудовольствием отзываться изволила, что ваше превосходительство так долго в Польше мешкает».
Через три дня канцлер пишет ещё одно письмо, призывая Апраксина ускорить вступление русской армии в пределы Пруссии. Но это произошло только 20 июля.
Потом была одержана нечаянная, а потому ещё более желанная победа над пруссаками под Грос-Егерсдорфом. Нужно было бы развивать успех и преследовать отступавшего противника, чтобы добить его окончательно. Но не тут-то было: Апраксин не только остановил движение, а повернул вспять. Зимнее отступление русской армии после победы при Грос-Егерсдорфе, о которой главнокомандующий к тому же долго не доносил, привело канцлера в отчаяние. «Я крайне сожалею, — писал он 13 сентября 1757 года, — что армия Вашего Превосходительства почти во всё лето недостаток провианта имея, наконец, хотя и победу одержала, однако ж принуждена, будучи победительницею, ретироваться. Я собственному Вашего Превосходительства глубокому проницанию представляю, какое от этого произойти может безславие, как армии, так и Вашему Превосходительству, особливо-ж когда вы неприятельския земли совсем оставите».
Как и ожидал Бестужев, по России поползли слухи о том, что отступление Апраксина — плод бестужевских интриг по делу о престолонаследии и что главнокомандующий в связи с возможностью смены власти в России отводил армию ближе к своим границам. Слухи на самом деле соответствовали реальному положению вещей лишь наполовину: Апраксин принял решение о временном отводе армии 27 августа на военном совете, ссылаясь на отсутствие провианта, а вот приказ об отступлении был отдан лишь 14—15 сентября, когда до фельдмаршала могли дойти известия о болезни Елизаветы Петровны (государыня заболела 8 сентября). Но в любом случае вины Бестужева в этом не было никакой — в этом сходятся практически все русские авторитетные историки.
Н.И. Костомаров пишет, что Бестужев мог принять свои меры предосторожности на будущее, заключавшиеся в том, чтобы русским не стать слишком ярыми врагами прусского короля в глазах Петра Фёдоровича. Было совершенно очевидно, что если наследник станет править Россией, то его первым союзником окажется старый враг России Фридрих II. Н.Г. Устрялов тоже считает, что канцлер вместе с Апраксиным, приняв во внимание тяжёлую болезнь Елизаветы, решили угодить будущему царю Петру III, преклонявшемуся перед Фридрихом II и тем самым обеспечить себе будущее при новом императоре. Возможно, что так оно и было в действительности, но никаких доказательств на сей счёт не существует. На наш взгляд, маловероятно, чтобы канцлер стал бы действовать в угоду великому князю, не говоря уж Фридриху II. Личные расчёты канцлера могли брать верх над государственными, но только, как нам кажется, не в этом случае.
А вот приятель Бестужева фельдмаршал Апраксин так рассуждать мог. На случай кончины Елизаветы Петровны он мог ублажить наследника престола и решиться на то, чтобы пощадить пруссаков. И отступил. При этом нет совершенно никаких намёков на доказательство того, что отступление было подсказано канцлером. Бестужев, убедившись в том, что Елизавета стала выздоравливать, предпринял попытку исправить эту «ошибку», но было уже поздно. Русская армия уходила на зимние квартиры.
Как бы то ни было, этим сразу воспользовались противники Бестужева.
Апраксина сняли с поста главнокомандующего и приказали возвращаться в Санкт-Петербург. В Нарве его арестовали и отобрали всю переписку, в которой находились письма Бестужева и Екатерины Алексеевны. Защитником Апраксина — возможно, для видимости — выступил граф И.И. Шувалов, а главным обвинителем главнокомандующего стал… его приятель Бестужев. С.Ф. Апраксин скончался во время следствия и избавил следователей от всякого рода неприятностей, причём никаких доказательств его измены в ходе расследования получено не было.
Но положение канцлера ещё более пошатнулось.
Валишевский сообщает, что, отправляя Апраксину письма великой княгини, Бестужев некоторые из них показал пребывавшему в то время в Петербурге австрийскому генералу Буккову, чтобы убедить венский двор в том, что великая княгиня отнюдь не сочувствует Пруссии. В письмах канцлера и Екатерины на самом деле не было ничего предосудительного, но посол Эстергази донёс о них Елизавете Петровне, придав им характер противотронной интриги, а Шуваловы решили воспользоваться этим случаем, чтобы свалить Бестужева с должности. Кроме Эстергази, против дальнейшего нахождения у внешних дел Бестужева выступил новый французский посланник маркиз Поль Галлюцио Лопиталь, бывший до этого послом в Неаполе (1740—1751). Последний заявил Воронцову, что если Бестужев через две недели не будет уволен, то он прервёт с ним всякие отношения и будет обращаться только к Бестужевым. Михаил Илларионович дрогнул и вместе с И.И. Шуваловым стал вести дело к падению канцлера.