Когда в конце разговора посланник захотел оставить свои предложения на просмотр Бестужеву, тот ответил, что в этом нет никакой надобности: во-первых, он знает об их содержании, а, во-вторых, он не пожертвовал бы ради них своим слабым зрением. После этого обескураженный австриец поспешил удалиться.
К управлению государством пришли новые люди, и попытки бывшего канцлера вмешаться в дела успеха ему не принесли. Он по-прежнему возлагал надежды на то, что восторжествует его антипрусская и антифранцузская «система», но Н.И. Панин, его ученик, пришедший в КИД, разделяя его оценку в отношении Франции, уже думал о другом — о северном союзе или северном аккорде, о союзе России с Пруссией, Англией и Скандинавией в противовес союзу южных государств — Франции, Австрии и Испании.
«Я рассчитался с графом Бестужевым, — говорил Панин прусскому посланнику Сольмсу, — я заплатил ему за все прежние обязательства, я ему не должен ничего, и он не в числе моих друзей». Соловьёв пишет, что Панин, по всей вероятности, имел в виду свои хлопоты по реабилитации бывшего учителя.
Между учителем и учеником наметилась борьба, и Панин даже жаловался Екатерине, что вмешательство Бестужева в государственные дела заставит просить его об отставке. Конечно же, Екатерина предпочла Бестужеву Панина, но это решение доставило ей чувство неловкости. Она очень ценила и уважала старика Бестужева и не могла просто так выбросить его на обочину дороги. Бестужев, кстати, в отличие от Панина, не страдал конституционалистскими «замашками» и не предлагал учредить при Екатерине так называемый Имперский совет — орган, ограничивающий её полномочия как самодержавной императрицы. Она яростно защищала Бестужева от клеветы, выставлявшей его человеком продажным: «Это ложь. Бестужев обладал упорной твёрдостию, и никто никогда не мог подкупить его». Совершенно противоположного мнения она была о сопернике Бестужева графе Воронцове: «Гипокрит[102], какого не бывало; вот кто продавался первому покупщику; не было двора, который бы не содержал его на жалованье».
Так что Екатерина некоторое время должна была терпеть бывшего великого канцлера, а он, не привыкший жертвовать своими убеждениями, понимая, что своим упрямством досаждает императрице и создаёт для неё дополнительные трудности, должен был прибегать к старому испытанному средству всех царедворцев — к лести и угодничеству.
Сильное раздражение у Екатерины вызвало вмешательство Бестужева-Рюмина в церковные дела, в частности, в так называемое дело Арсения Мацеевича (1697—1772). Ростовский архиерей Арсений Мацеевич был своеобразным протопопом Аввакумом XVIII века. При Петре III монастырские и некоторые церковные земли были секвестрированы, но при Екатерине они снова стали возвращаться церкви. Но Екатерина была вынуждена признать справедливость указа бывшего супруга и всячески стала тормозить процесс возвращения церкви секвестрированных земель. Для упорядочения этого вопроса императрица назначила специальную комиссию, которая снова занялась переписью возвращённого церкви достояния, что вызвало со стороны воинственного Арсения естественные подозрения и резкие выпады против новой «неправильной», по его мнению, императрицы. Синод вместе с Екатериной, усмотревшей в этом выпаде оскорбление её чести и достоинства, решил наказать строптивого архиерея, лишить его архиерейского сана и сослать в отдалённый монастырь. Перепуганный Арсений Мацеевич, и ранее, при Елизавете, обращавшийся к Бестужеву-Рюмину за помощью, написал ему письмо.
Справедливости ради следует отметить, что граф Алексей Петрович, к старости благоволивший православной церкви, ни в коей мере не заступаясь за бедного Мацеевича, написал Екатерине вполне мягкое письмо с рекомендациями затушевать это дело и оставить старика в покое, чтобы, как он выразился, не разворошить весь церковный муравейник. Он просто «рабски просил о показании ему монаршего и матерного милосердия», дабы предупредить «разных о сем и без того в публике происходящих толкований». Между тем императрица была явно уязвлена тем, что Мацеевич в своих филиппиках намекнул, что она, как немка, никакого права на русский трон не имела, и в своём отзыве на обращение Бестужева утверждала, что ни один государь не потерпел бы такого оскорбительного поступка, который совершил Мацеевич по отношению к ней, а без всякой церемонии отрубил бы ему голову.