Оставаясь в Саксонии, он в 1748 году занимался вопросом о проходе русского вспомогательного корпуса В.Н. Репнина через Польшу.
В 1749 году Бестужев-старший был переведен на не менее ответственный пост в Вену, где он работал вместе с Л.К. Ланчинским. (В Вене фактически действовали два посланника, что подчёркивало внимание Петербурга к своему главному союзнику.) Здесь Михаил Петрович активно вмешивался в дела православных христиан, подвергавшихся преследованиям со стороны австрийских властей, а также способствовал переселению в Россию недовольных сербов. Он вступил в конфликт с Ненадовичем, сербским православным епископом, подыгрывавшим австрийцам, взял в посольство в качестве своего духовника сербского священника Михаила Вани. На этом поприще он заслужил неприязнь австрийских властей, что в конечном итоге и послужило причиной его отзыва из страны. Вклад его в дело защиты православных в Габсбургской империи и особенно в дело переселения сербов в Россию неоценим.
М.П. Бестужев ревностно относился к чести России и своему статусу и, по обыкновению прочих посланников в Вене, завёл себе церемониймейстера, на что Петербургу пришлось раскошелиться на дополнительные 1000 рублей в год на его содержание. Как-то Бестужева не пригласили на бал в императорском дворце. Он расценил это как кровную обиду и доложил об ущемлении его чести в Петербург. КИД ответила, что никаких оснований для предъявления претензий к австрийскому двору у посланника не было, поскольку бал предназначался только для придворных. Урегулировав этот «вопрос чести», Михаил Петрович в 1750 году оказался в центре других протокольных неурядиц: сначала с генуэзским посланником, который нанёс ему визит, не предупредив об этом заранее, а потом — с австрийским кардиналом, потребовавшим на обеде у Михаила Петровича почётное место рядом с хозяином по правую руку и на специальном удалении от соседей по столу. «Разрулить» конфликт помог Бестужеву снова Петербург, посоветовав проявлять больше сдержанности. Уж больно горяч был старший брат Бестужев!
Совет пришёлся ко двору. Когда у наследника французского престола родился сын, французский посол в Вене граф д'Отефор отправил с этим известием своего церемониймейстера во все миссии, кроме русской. Михаил Петрович снова «закусил удила», но решил проявить выдержку. И оказался в выигрышном положении: скоро к нему пожаловал лично сам граф д'Отефор и извинился за забывчивость своего церемониймейстера. Мало того: Бестужев получил по этому поводу одобрение Петербурга и специальный рескрипт, который предписывал «чтобы вы и впредь при таковых с вами чинимых поступках для охранения вверенного от нас вам характера с равномерною осторожностью поступали».
Перед отъездом из Вены Бестужев сделал австрийскому вице-канцлеру Колоредо странное заявление в том смысле, что он не проявлял бы такого усердия в сербских делах, если бы не получил из Петербурга три рескрипта подряд на эту тему и делает это исключительно для того, что «должен у противной партии своего брата притворяться и себя не обижать». Колоредо рассказал об этом разговоре сменившему Бестужева Кайзерлингу, а тот аккуратно доложил в Петербург. Раздражённая Елизавета напомнила Михаилу Петровичу, что инициатором в сербских делах был именно он, а не канцлер Бестужев, который очень не желал, чтобы из сербских дел ухудшились отношения с Веной и потерпела крах его «система».
Но с Михаила Петровича вся ругань как с гуся вода. Главное для него в данном случае было сделать подножку младшему брату. В 1749 году, сразу после отъезда из Вены, строптивый дипломат вторично женится в Германии на вдове австрийского обер-шенка Хаугвитца — Иоханне-Генриетте-Луизе, не оформив развода с первой женой. Брак с австрийкой Елизавета не признала, а второй жене дипломата было запрещено участвовать в официальных церемониях и въезжать в пределы Российской империи. Канцлер А.П. Бестужев брата в этом деле не поддержал, и на этой почве братья рассорились окончательно и стали ярыми врагами. Для ссоры имелись также веские причины принципиального характера: как опытный дипломат, в своё время пострадавший от англичан, Михаил Петрович не одобрял проанглийской политики брата. Так что дело о двоежёнстве Михаила Петровича лишь усугубило эту вражду.
Отозванный с поста посланника в Вене в июле 1752 года, Михаил Петрович возвращаться в Петербург не торопился и жил в Дрездене, откуда родом была его вторая жена и где он сблизился с враждебной брату партией Воронцовых — Шуваловых. Императрица по совету своего фаворита И.И. Шувалова (1727—1797) наконец признала второй брак Михаила Петровича законным и вызвала в Россию, чтобы приблизить его к особе великого князя и наследника Петра Фёдоровича. Михаил Петрович открыто объявил, что возвращается лишь для того, чтобы свергнуть своего брата с поста канцлера. Завязалась страшная борьба интриг и подкопов друг под друга — борьба, в которой партия Шуваловых — Воронцовых всё больше брала верх над канцлером А.П. Бестужевым.