Невзирая на всю свою благосклонность к талантливым подчинённым, Макс Франц поначалу отнёсся к этой затее скептически. Князя отчасти можно было понять. Времена наступали неясные и чреватые политическими и военными потрясениями, и любой правитель, даже столь просвещённый и либеральный, как Макс Франц, не мог не думать о собственном будущем. Летом 1792 года Австрия и Россия заключили оборонительный союз против Франции, что было чревато неизбежной войной. Во Франции же события развивались чрезвычайно стремительно: в августе в Париже вспыхнуло очередное восстание, в результате которого была арестована королевская семья; в сентябре монархия во Франции была упразднена и начались массовые казни «контрреволюционеров». В этих условиях было некогда думать о будущем молодого придворного органиста, а выделять государственные деньги на его длительное обучение в Вене казалось слишком непрактичным вложением средств. Однако Макс Франц на это пошёл. Разрешение на поездку в Вену с сохранением должности и жалованья было Бетховену всё-таки дано. Впрочем, удерживать Бетховена в Бонне у курфюрста в тот момент причин не было: к осени 1792 года внешнеполитическая ситуация стала настолько угрожающей, что заботы о капелле отошли на совсем дальний план.
Французская республиканская армия под звонким лозунгом «Отечество в опасности!» и под звуки только что созданной Руже де Лилем «Марсельезы» двинулась в наступление, перейдя границы Франции и заняв ряд прирейнских земель. В октябре 1792 года почти весь левый берег Рейна оказался во власти французов. Они заняли Майнц, не встретив особого сопротивления. Напротив, некоторые горячие головы приветствовали приход французов, надеясь, что новые власти покончат с феодальными порядками, сословными предрассудками и засильем церкви. В Бонне начали готовиться к эвакуации двора и государственных архивов. Курфюрст Макс Франц отбыл из города 22 октября, но вскоре вернулся назад, когда прусские войска овладели Кобленцем и угроза французской оккупации Бонна временно миновала. К декабрю ситуация вновь обострилась, и курфюрст вторично покинул Бонн — до весны 1793 года. Третье его бегство, в октябре 1794 года, оказалось окончательным: город на 20 лет попал под власть французов.
В октябре Бетховен готовился к отъезду, откладывать который стало уже просто опасно. В Бонне он оставлял двух братьев, в ту пору юношей восемнадцати и шестнадцати лет, и совершенно спившегося отца, дни которого, похоже, были сочтены. Некоторые биографы даже отваживались упрекать Бетховена в том, что его отъезд мог убить несчастного Иоганна. Однако мы не знаем, каковы были их отношения на самом деле. Иоганн всегда мечтал увидеть Людвига знаменитым человеком и потому вряд ли мог возражать против его обучения у самого Гайдна. Не исключено, что, даже предчувствуя свой скорый конец, Иоганн в минуты просветления духа сам побуждал старшего сына не мешкать с отъездом. Болезненное состояние Иоганна могло тянуться долго, а задержись Людвиг ещё на какое-то время, пропали бы втуне и усилия Вальдштейна, и деньги курфюрста, выданные на дорогу до Вены. Третьего шанса уехать в столицу Бетховену никто бы уже не предоставил.
Прощание с боннскими друзьями длилось три дня, с 29 октября по 1 ноября 1792 года. Об этом свидетельствуют записи в сохранившемся альбоме Бетховена. Как ни странно, никто из членов капеллы своих напутствий Людвигу не оставил. Либо их просто не было в те дни в Бонне, либо этот альбом предназначался только для личных друзей. Почти все записи делались по одному шаблону: выбиралась небольшая цитата из любимых стихов или некий афоризм, затем шло дружеское напутствие — и дата.
Запись графа Вальдштейна существенно отклонялась от этого образца. Она цитируется в любой биографии Бетховена, поскольку звучит совершенно пророчески, хотя и неоднозначно:
«Дорогой Бетховен!
Вы отправляетесь в Вену, осуществляя Ваши давние желания. Гений Моцарта скорбит и оплакивает смерть своего питомца; у неистощимого Гайдна он нашёл себе прибежище, но не самоосуществление, и через него он ищет, в ком бы ещё воплотиться. Трудясь с непрестанным усилием, Вы получите дух Моцарта из рук Гайдна.