Отношения Бетховена с Альбрехтсбергером тоже складывались отнюдь не просто. Обвинить Бетховена в каком-либо манкировании занятиями возможно: эти материалы, как и тетрадки с упражнениями, выполненными для Гайдна, сохранились, и их количество внушает уважение. Трудился он усердно, но, как заметил исследовавший его работы Мартин Густав Ноттебом, ни одной безупречной фуги он без помощи Альбрехтсбергера так и не написал. А потом вдруг, когда они дошли до канона, занятия прервались. Произошло это примерно в начале 1795 года.
Почему так случилось, мы не знаем. Может быть, учитель и ученик пришли к обоюдному согласию, что продолжать занятия нет смысла. В разговорной тетради от мая 1824 года Антон Шиндлер напоминал Бетховену об «аттестате артиста», который когда-то ему выдал Альбрехтсбергер. Документ не сохранился, но вообще в то время подобные «аттестаты» были в ходу. Они заменяли нынешние официальные дипломы. Так, 8 июня 1790 года Гайдн подписал свидетельство, удостоверявшее профессиональную компетентность композитора и пианиста Йозефа Эйблера. Сам Бетховен выдал 7 мая 1805 года рекомендацию Карлу Черни, где значилось, что тот достиг выдающихся успехов в игре на фортепиано. Такие свидетельства могли быть полезными при гастрольных поездках или при соискании официальных должностей.
Ни в письмах Бетховена, ни в мемуарной литературе нет ни малейших намёков на какой-либо конфликт с Альбрехтсбергером. О мнимой «зависти», как в случае с Гайдном, речь идти не могла: Альбрехтсбергер не претендовал на место в ряду великих творцов. Зато заслужить его одобрение было совсем нелегко, и это как раз могло втайне мучить честолюбивого Бетховена. Обучение у Альбрехтсбергера принесло очень заметные результаты: ранние произведения юного гения, написанные после 1794 года, вдруг запестрели образцово сделанными контрапунктами и фугато, как если бы Бетховен всем демонстрировал, что он мастерски умеет писать и «учёную» музыку, и старик Альбрехтсбергер совершенно не прав, полагая, будто «этот ничему не научился и никогда не создаст ничего путного».
Столь обидную для Бетховена фразу донёс в своих воспоминаниях другой ученик Альбрехтсбергера, композитор и пианист Иоганн Эмануэль Долецалек. Не совсем понятно, стоит ли ему верить. У Долецалека были причины смотреть на Бетховена как на соперника, а свои воспоминания он обнародовал после смерти и Альбрехтсбергера, и самого Бетховена. Может быть, Альбрехтсбергер и изрёк нечто язвительное в адрес бывшего ученика, однако сохранились его вполне благожелательные письма Бетховену, относящиеся к 15 декабря 1796 года (там содержатся поздравление с днём рождения и приглашение в гости для совместного музицирования) и к 20 февраля 1797 года (с предложением давать уроки молодому барону фон Глейхенштейну — впоследствии близкому другу Бетховена). Видимо, учитель и ученик продолжали общаться, хотя некоторая взаимная неудовлетворённость, скорее всего, между ними осталась. Об этом говорит прежде всего тот факт, что Бетховен почему-то «забыл» посвятить Альбрехтсбергеру какое-либо из своих сочинений. Этого требовал тогдашний музыкантский этикет, и если уж ему следовать полностью, то на титульном листе «дебютного» опуса полагалось писать: имярек, ученик такого-то. Бетховен, как мы знаем, этими правилами пренебрёг: его первый опус посвящён не Гайдну, а князю Лихновскому; Гайдну же он посвятил три сонаты ор. 2, но категорически отказался от сакраментальной надписи: «ученик Гайдна». Объяснил он это тоже не слишком деликатным образом, обронив — я, дескать, ничему у него не научился (об этом вспоминал ученик Бетховена, Фердинанд Рис). Это, разумеется, было глубоко несправедливо, поскольку уроки Гайдна не сводились только к рутинным учебным задачам; Бетховен на самом деле научился у него очень многому и продолжал учиться в последующие годы. Но и Гайдн, и Сальери, наставлявший Бетховена в области вокальной композиции, свои посвящения всё-таки получили. Альбрехтсбергер же этого так и не дождался. Однако Бетховен всё же постарался отдать ему давний долг: в 1816–1817 годах он взялся бесплатно обучать композиции внука своего покойного учителя, Карла Хирша — именно из благодарности к Альбрехтсбергеру. Композитором Хирш не стал, зато оставил интересные воспоминания об этих уроках, которые велись, между прочим, строго по «дедушкиной» методе.