Несостоятельным оказалось и утверждение суда о том, что Думенко не признавал политкомов и противодействовал их работе. Наоборот, в архиве обнаружены документы, свидетельствующие о том, что Думенко добивался направления к нему в корпус политработников, а с теми, кто был у него в корпусе, в основном были нормальные отношения, хотя он резко критиковал некоторых из политработников за то, что они «отсиживались» в штабах и «не умели сидеть на лошади».
Думенко категорически отрицал, что он ругал Советскую власть и подрывал ее авторитет, действительно, суд никакими конкретными уликами на этот счет не располагал, да и само обвинение находилось в противоречии с отношением Ленина к Думенко и с тем, что Думенко добровольно встал на защиту Советской власти и жертвовал за нее своей жизнью…
Второй пункт обвинения гласил: «Не проводили неуклонно в жизнь утвержденные положения о регулярной Красной Армии. Своими действиями поддерживали и развивали дух партизанщины, не всегда беспрекословно и точно выполняли боевые задания, не боролись с достаточной энергией с грабежами, незаконными конфискациями, реквизициями и насилием над населением, пьянствовали сами и поощряли пьянство среди подчиненных». Неопределенные формулировки говорили сами за себя — «не проводили неуклонно», «не всегда», «не боролись с достаточной энергией». Между тем обнаруженные в архиве документы свидетельствовали о том, что было желание и стремление и самого Думенко, и его штаба успешно решить все нелегкие по тому времени задачи. Упрек в недостатках, упущениях, возможно, был справедливым, но он не мог, не должен был перерасти в обвинение, тем более в государственном преступлении…
Наконец, самое тяжкое обвинение: «В целях ограждения себя от политического контроля удаляли лиц, не разделявших их бандитские и антисоветские наклонности. С этой же целью организовали убийство военкома корпуса Микеладзе и покушение на убийство политкома связи штаба 9-й армии Захарова».
Если обстоятельства убийства военкома корпуса Микеладзе остались невыясненными, то относительно покушения на убийство политкома Захарова по материалам предварительного следствия установлено, что он случайно забрел в штаб Думенко и попал на общий завтрак работников штаба корпуса (без присутствия Думенко), где, по его утверждению, велись различные разговоры, направленные против коммунистов и комиссаров.
При проверке дела в архиве были обнаружены материалы, из которых следовало, что прибывший на работу в корпус Микеладзе установил с командиром деловой и политический контакт и поддерживал Думенко в проведении организационных мероприятий в отношении некоторой части непригодных политкомов и работников особого отдела корпуса. В архиве сохранились лично написанные Микеладзе донесения об этом в реввоенсовет 9-й армии. В архиве также были обнаружены приказы Думенко, его воззвания к бойцам корпуса, в которых осуждались имевшие место отдельные факты бесчинства по отношению к населению. К судебному разбирательству Реввоентрибунал подошел примитивно, поверхностно и предвзято. Хотя Реввоентрибунал вызывал в судебное заседание допрошенных на следствии свидетелей Ворошилова, Щаденко, Буденного, Пескарева, Ананьина и др., показания которых отрицались Думенко и другими подсудимыми, никто из свидетелей в суд не явился, а трибунал их явки не добился. Показания этих свидетелей нуждались в объективной проверке, так как были противоречивыми даже по одному и тому же эпизоду, разговору, по-разному интерпретировались, содержали ссылки на источники, которые остались не проверенными.
В деле оказались и стенограммы речей обвинителей и защитников Думенко. Ознакомление с ними убедило, что обвинители Колбановский и Белобородов (первый — работник трибунала, а второй — член реввоенсовета армии) никакими достоверными доказательствами виновности Думенко не располагали и свои речи построили на предположениях и с позиции осуждения вреда партизанщины вообще, «непонимания кое-кем важнейшей роли политработы и комиссаров в формировании Красной Армии, повышении сознательности, и боевого духа ее бойцов».