Херсонес являлся главным опорным пунктом Византийской империи на Крымском полуострове весь Y век и в начале VI века. В связи с увеличением присутствия кочевников в Крыму в 488 году в Херсонесе византийцами были отстроены крепостные стены, разрушенные землетрясением, в городе находился гарнизон византийских войск. Сохранилось очень мало письменных свидетельств Y века, касающихся Крыма. Известно, что византийцы именовали Херсонес – Херсоном, он выполнял посреднические торговые функции по снабжению молодой империи хлебом и продовольствием, которые вывозились из Причерноморья и степного Крыма. Византийские торговые корабли имели в длину 25 метров, в ширину – семь и две палубы. Паруса арабского типа позволяли быстро маневрировать по ветру, и суда не нуждались в веслах. Византийские боевые корабли-дромоны имели в длину до 50 метров, в ширину – семь и могли развивать большую скорость. Суда были снабжены мощным тараном, вооружены катапультами, кидавшими зажигательные снаряды весом в полтонны на расстояние до километра. На дромонах находились огнеметы-сифонофоры, заливавшие корабли противника знаменитым «греческим огнем», состоявшим из гудрона, серы и селитры, растворенных в нефти, который горел даже при соприкосновении с водой. Корабли имели металлическую обшивку, защищавшую от таранов противника. В 527 году императором Византийской империи стал Юстиниан I, мечтавший расширить страну до прежних границ Римской империи. Первыми его известными действиями в Крыму были захват и восстановление Боспорского царства, территория которого была наиболее удобна для наблюдения за процессами, проходившими в Северном Причерноморье. В 529 году Юстиниан II принимал в Константинополе гуннского князя Горда и назначил его управлять Боспором. Горд начал с того, что перелил статуи местных божеств на монеты, за что и был убит взбунтовавшимся населением во главе с его братом Муагером. Позже царем Боспора стал потомок одного из бывших царей Тиберий Юлий Диуптун. В Боспоре расселились союзники византийцев – готы под командованием командора Эвксинского Понта (то есть Черного моря) Иоанна и офицеров-готов Годилы и Вадурия. Впоследствии Боспорское царство становится центром византийского административного округа.
К концу IV века на Крымском полуострове больше не осталось греческих колоний-полисов, кроме Херсонеса. Греческие города-государства были разграблены и уничтожены неоднократными гото-гуннскими вторжениями.
По приказу Юстиниана на Южном берегу Крымского полуострова была создана мощная оборонительная система, включавшая несколько опорных пунктов. Основными узлами обороны были построенные византийцами крепости Алустон (Алушта), Горзувиты (Гурзуф) и укрепленный пункт в Симболоне (Балаклава). В конце VI века у Судака существовало византийское береговое укрепление. Византийский историк Прокопий Кесарийский писал: «Что касается городов Боспора и Херсона, которые являются приморскими городами на том же берегу Эвксинского Понта за Меотидским болотом, за таврами и тавроскифами, и находятся на краю пределов Римской державы, то, застав их стены в совершенно разрушенном состоянии, Юстиниан сделал их замечательно красивыми и крепкими. Он воздвиг там и два укрепления, так называемое Алустон и в Горзувитах. Особенно он укрепил стенами Боспор; с давних времен этот город стал варварским и находился под властью гуннов; император вернул его под власть римлян. Здесь же, на этом побережье, есть страна по имени Дори, где с древних времен живут готы, которые не последовали за Теодорихом, направлявшимся в Италию. Они добровольно остались здесь и в мое еще время были в союзе с римлянами, отправлялись вместе с ними в поход, когда римляне шли на своих врагов всякий раз, когда императору было это угодно. Они достигают численностью населения до трех тысяч бойцов, в военном деле они превосходны, и в земледелии, которым они занимаются собственными руками, они достаточно искусны; гостеприимны они больше всех людей. Сама область Дори лежит на возвышенности, но она не камениста и не суха, напротив, земля очень хороша и приносит самые лучшие плоды. В этой стране император не построил нигде ни города, ни крепости, так как эти люди не терпят быть заключенными в каких бы то ни было стенах, но больше всего любили они жить всегда в полях. Так как казалось, что их местность легко доступна для нападения врагов, то император укрепил все места, где можно врагам вступить, длинными стенами и таким образом отстранил от готов беспокойство о вторжении в их страну врагов». Это и была область Мангупа, ставшего позже столицей православного крымского княжества Феодоро.