Вже за чотири дні після смерті Івана Скоропадського Павло Полуботок, добре розуміючи, яким буде наступний крок російської влади стосовно України, скликав у Глухові раду козацької старшини. Генеральна старшина і полковники зібралися 7 липня й ухвалили універсал до мешканців краю, у якому закликали зберігати спокій і не йти на конфронтацію з представниками російської влади. Після цього Павло Полуботок негайно відрядив до Санкт — Петербурга своїх посланців С. Рубця і В. Биховського. їм наказний гетьман доручив добиватись від Петра І дозволу на обрання нового гетьмана.
Але, як можемо здогадатися, ця місія не мала жодної надії на успіх. Із Санкт — Петербурга Рубця і Биховського відрядили до Астрахані, куди мав прибути Петро І, після чого козацькі посли мусили тривалий час очікувати там на аудієнцію в імператора. Коли ж посланці Полуботка дочекалися прийому, цар Петро І після довгих і туманних розмов про долю імперії не подав ніякої надії на виконання прохання наказного гетьмана. Натомість пообіцяв розглянути питання виборів гетьмана після повернення з чергового походу до Персії, вочевидь сподіваючись на допомогу козацьких полків у цій кампанії. Такий «м'який» прийом Петром І Рубця і Биховського можна пояснити лише небажанням налаштовувати проти себе козаків напередодні військової кампанії. Одразу після розмови з посланцями Полуботка Петро І надіслав до Глухова листа. Його зміст викладений в «Історії Росії» С. Соловйова: «Наше императорское величество указали Малую Россию, до избрания другого гетмана, по прошению вашему, ведать и все той Малой России управление чинить по правам Малороссийского народа вам и генеральной старшины обще, токмо во всех делах и советах и в посылках в Малую Россию универсалов иметь вам сношение и сообщение со определенным для охранения народа Малороссийского бригадиром нашим Вельяминовим». Іншими словами, Петро І наказав козакам коритися Вельямінову і Малоросійській колегії, незважаючи на те, що вони воліли обрати нового гетьмана. Тут, очевидно, зіграв свою роль і той факт, що, хоч Іван Скоропадський і призначив Полуботка наказним гетьманом Лівобережжя, російська влада офіційно не визнала його призначення і ставилася до наступника Скоропадського з підозрою, вважаючи його черговим претендентом на те, щоб очолити боротьбу проти російського панування в Україні. Так, наприклад, відомо, що обер — прокурор сенату Г. Скорняков — Писарев з цього приводу писав кабінет — секретарю О. Макарову: «Изволишь старание приложить, чтоб кого в Малороссию его величество приказал отправить для правления гетманского из знатных, понеже от Полуботка правлению надлежащему быть я не надеюсь, ибо он совести худой». Що ж, російська влада мала своє уявлення про совість козацької старшини. І це уявлення навряд чи колись збігалося з суто українськими інтересами.
Павло Полуботок і сам розумів такий стан справ. Як, утім, усвідомлював, на який ризик наражає себе, очолюючи опозицію російській владі. Але це не зупинило наказного гетьмана, не примусило вчинити так, як у той час вже цілком відкрито чинили десятки представників генеральної та полкової старшини, — схиливши голову, мовчати або годуватися з рук Росії, відстоюючи її інтереси.
Тим часом російська диктатура активно «загвинчувала гайки» у командуванні козацького війська. Таке явище, як призначення на посади полковників російських офіцерів, набуло масового характеру. Малоросійська колегія приймала закони, які були властиві суспільному ладу царської Росії і що їх аж ніяк не могла сприймати козацька чернь, яка звикла до перевіреного часом демократичного устрою. Бригадир Вельямінов командував генеральною старшиною Запорозького Війська, як своїми підлеглими, чим укотре вказував на статус — кво Малоросійської колеги. Значно поширилася практика використання українського козацтва на роботах, які велись на території Російської імперії, що порушувало вікові звичаї українського козацтва, звиклого вважати себе воїнами й лицарями, але аж ніяк не робочим бидлом. Як зазначає М. Грушевський, українські козаки тисячами гинули на теренах Російської імперії.
Ось лише один з виявів піклування Росії і її дітища — Малоросійської колегії — про український народ. Це відбувалось на будівництві Ладозького каналу, на будівництві фортеці Святого Хреста, закладеної неподалік Дербента, а також на багатьох інших ключових для імперії об'єктах. Лише будівництво фортеці Святого Хреста, як пише М. Грушевський, коштувало Україні близько п'яти тисяч смертей найкращих її синів, які загинули від південної лихоманки та інших хвороб. Загалом же будівельні роботи в Російській імперії за час функціонування Малоросійської колегії, за підрахунками М. Грушевського, забрали життя у двадцяти тисяч українців. І хоча для більш пізнього часу така цифра не надто приголомшлива, вдумавшись, можемо бачити тотальну картину знищення Запорозького Війська. Двадцять тисяч — особовий склад не менш аніж п'яти — шести козацьких полків. Попередня історія козацьких війн не знала таких втрат навіть у найлютіших баталіях.