Після того як Самойловича оголосили у Москві «зрадником», Апостол позбувся полковницького уряду, але вже у 1693 році гетьман Мазепа вдруге призначив його командувати Миргородським полком. Данило Апостол неодноразово відзначався під час Північної війни. Був відомий як однодумець Івана Мазепи. За участь в опозиції Петру І його ув'язнили разом з Павлом Полуботком.
На початку 1728 року Данило Апостол у супроводі старшини Запорозького Війська вирушив до Москви на коронацію Петра II. Зауважимо, що у столиці (цей статус повернувся до Москви тільки на час правління Петра II. — Ю. С.) козаків прийняли досить добре. Вони були запрошені на урочистий прийом до царя та вельмож, отримували прозорі натяки на швидке вирішення питань, задля яких і прибули до столиці.
Головною метою подорожі Данила Апостола до Москви було бажання здобути так звані «гетьманські статті», які завжди, коли обирали нового гетьмана, затверджував цар. Винятком стало лише гетьманування Скоропадського, під час призначення якого на гетьманство взагалі не було укладено жодних договірних пунктів. Втім, не дивлячись на гарний прийом і натяки, Данилові Апостолу так і не вдалося повною мірою досягти мети візиту до Москви. 22 серпня 1728 року московські можновладці вручили його депутації так звані «Решительные пункты», якими Москва мала на меті замінити звичайну форму договору з Україною. Це, власне, був не договір, а радше царський указ. І якщо у статтях, підготованих для розгляду канцелярією Данила Апостола, було закладено принципи автономності Гетьманщини у складі Російської імперії, то документ, підписаний Петром II, накладав стільки обмежень на будь — які заклики до автономії, що ставало зрозумілим — Російська імперія ні в якому разі не піде на те, щоб послабити свій вплив на Україну. Можемо навіть стверджувати, що у деяких питаннях становище гетьмана Данила Апостола стало гіршим аж за позицію, яку займав покійний Скоропадський.
У військовому відношенні гетьман тепер був підпорядкований князеві М. Голіцину, тоді як раніше — тільки імператору особисто. Обрання гетьмана могло проводитися лише за згодою царя; Генеральний суд перетворено на колегіальну установу, в якій засідали троє українців та троє росіян, а головним суддею став не гетьман, а імператор. Особливо важким ударом для козацького війська було заснування окремого фінансового управління — «канцелярії зборів» з двома підскарбіями, росіянином і українцем. Таке становище значно послаблювало фінансові можливості гетьмана. Полковників та генеральну старшину також призначав царський уряд. За гетьманом, утім, як і раніше, стежили, а про кожний його крок одразу ж доносили у Москву. Данило Апостол був фактично позбавлений права вести приватну кореспонденцію із закордонними країнами. Як оповідають історичні джерела, численні заборони царської влади іноді доходили до абсурду; так, наприклад, особливим імператорським наказом гетьманові було заборонено без згоди російської влади відвідувати свої маєтки Великі Сорочинці і Хомутець.
Варто сказати, що нетривале гетьманування Данила Апостола було досить плідним у плані реформування держави й у цілому корисним для України. У 1730 році гетьман провів судову реформу, яка відобразилась в «Інструкції українським судам». Також до заслуг Данила Апостола можна віднести те, що він упорядкував реєстри землеволодінь, провів податкову та бюджетну реформи, сприяв розвиткові просвітництва. За його клопотанням з Олешківської Січі в Україну повернулися запорожці. 31 березня 1734 року з дозволу російського уряду і під його наглядом кошовий отаман І. Малашевич заснував нову Січ, яка отримала назву Підпільненська. Вона розташувалась на правому березі Дніпра у Великій плавні, що охоплювала територію у 26 тисяч десятин.
За визначенням істориків, царський уряд заснував Підпільненську Січ з показною метою — допомогти запорожцям у їхній війні з турками. Але багато хто із сучасних дослідників дотримується тієї думки, що насправді у спорудженні укріплень нової Січі була й прихована мета — тримати запорожців під постійним контролем. Щоправда, самі запорожці добре розуміли причину зведення російської цитаделі. Як наголошує Д. Яворницький в «Історії запорізьких козаків», вони висловлювали своє невдоволення владою словами: «Засіла нам московська болячка на печінках». Однак далі мовчазного невдоволення реакція запорозьких козаків не сягала. Можливо, тут відіграв свою роль досвід перебування козаків під владою Кримського ханства, а може, якісь інші процеси, але, з огляду на події, що сталися під час існування нової Січі, маємо визнати: царський уряд досягнув своєї мети, усунувши січовиків від участі в загальнонародній боротьбі українців проти панування Російської імперії.