Одночасно з успіхами гетьман зазнав і багатьох невдач. Попри всі намагання, Данилу Апостолу не вдалося домогтись від Росії поступок у політичному керуванні Україною. До того ж гетьман, виконуючи вимоги російського уряду, змушений був поновити розпочату за Петра І практику залучення козаків та українських селян до будівельних і земляних робіт зі спорудження укріплень. Тепер це були споруди, що мали розташуватись від Дніпра до Сіверського Дінця.
Цей оборонний ланцюг, так звана «Українська лінія», мав стати для свого часу справді грандіозним проектом. З України вислали на роботу тридцять тисяч чоловік. Серед них було двадцять тисяч козаків та десять тисяч посполитих. Уже 1732 року на зміну їм знову вислали тридцять тисяч чоловік, а 1733 року — додатково ще десять тисяч. Так, як і раніше, ці роботи коштували життя і здоров'я багатьом українцям.
До переліку невдач гетьмана Данила Апостола можна віднести й значний економічний занепад України у роки його гетьманування. Хоча навряд чи буде правильно звинувачувати у цьому самого Апостола. Він, безумовно, був добрим господарем і робив усе від нього залежне, аби надати Україні можливість економічного зростання. Але, попри намагання Апостола, тут свою роль зіграло те, що промисловість України вже давно була в руках росіян. Рудні, млини, заводи, а також відому суконну мануфактуру Глушковська з 1726 року було взято в «казну», великі полотняні підприємства — Стародубське, Шептаківське та Топальське — теж перейшли у власність росіян. Подібна ситуація склалась і в інших галузях промисловості — тютюновій, шовківницькій тощо. Відомо, що гетьман Данило Апостол не мав можливості боротися з цією політикою Росії. Великі мануфактури ставали підприємствами російського уряду чи окремих росіян, натомість у руках української старшини, яка не мала капіталів та відповідних умов, залишались лише дрібні промислові підприємства. Розбудові великих мануфактур в Україні перешкоджала також загальна економічна політика Петра І та його наступників.
Гетьманування Данила Апостола не було надто довгим — воно тривало лише шість з половиною років, а фактично ще менше, якщо зважити на те, що протягом останнього року гетьман хворів. Якщо підбити підсумок його гетьманування, можна сказати, що, незважаючи на перешкоди з боку російського уряду, за Данила Апостола в Україні був наведений лад, а життя українців стало значно кращим, аніж за часів роботи Малоросійської колегії. Про такі здобутки гетьмана свідчить хоча б той факт, що зменшився рух селян за Дніпро і, навпаки, збільшилося повернення втікачів на Лівобережжя.
Данило Петрович Апостол помер і похований у селі Великі Сорочинці (тепер Великі Сорочинці Миргородського району Полтавської області) у зведеній його коштом церкві Преображення Господнього. Після смерті гетьмана, на яку в Санкт — Петербурзі давно очікували, російська влада продовжила своє утвердження на теренах України.
Правління гетьманського уряду
та останній гетьман України
Кирило Розумовський
Як і очікувалось, після смерті Данила Апостола влада Російської імперії не наважилася дозволити українцям обирати нового гетьмана. І хоч росіяни не мали можливості звично звинуватити Апостола у зраді задля зміцнення свого становища, тепер, очевидно, потреба в такій демагогії відпала. Російська імперія мала змогу чинити в Україні так, як їй заманеться. Тож після смерті Данила Апостола російський уряд доручив управління Україною колегії, яка складалася з шести осіб — трьох росіян і трьох цілком лояльних до Російської імперії українців. На чолі колегії стояли царський резидент на прізвище Шаховський і генеральний обозний Запорозького Війська Лизогуб.
Щоб зайвий раз не збурювати козаків, представники російської влади заявили, що таке правління запроваджено лише тимчасово, задля підготовки до обрання нового гетьмана, але разом з тим, як зауважує М. Грушевський, Шаховський отримав інструкції російського уряду, у яких було зазначено, що про обрання гетьмана не може йтися. Україна, яка за часів правління Данила Апостола перебувала під юрисдикцією російського Міністерства закордонних справ, знову повернулась у відомство Сенату, а Лизогубу ще до початку роботи гетьманського уряду дали зрозуміти — фактичним головою уряду є князь Шаховський. Саме на нього Петербург поклав обов'язок не лише пильно стежити за настроями й поведінкою козацької старшини, а й, у разі потреби, зміщувати й замінювати членів української частини уряду. У відповідних інструкціях уряду Шаховського були пункти, які вказували, що князь має право арештовувати тих представників української військової старшини, яких підозрювали у «противностях», а на їхнє місце призначати кандидатів на власний вибір, «усматривая во всяких обхождениях, кто из старшины и из казаков к нам и к стороне нашей доброжелательны».