Другу Малоросійську колегію, яка й стала головним органом управління на землях України, на чолі з генерал — губернатором Малоросії графом Петром Румянцевим було створено указом імператриці Катерини II від 15 листопада 1764 року. В руках генерал — губернатора зосередилася вся влада, тож передусім російський уряд ставив перед ним завдання остаточно ліквідувати автономію Гетьманщини та повністю підпорядкувати українські землі загально — російським державним органам. Малоросійська колегія складалась із чотирьох представників Росії, чотирьох українських старшин, прокурора, а також двох секретарів — росіянина та українця. Метою створення цієї колегії було прагнення Катерини II до централізації та уніфікації державного управління, ліквідації залишків державної автономії українських земель і до розповсюдження загально—імперських звичаїв на українських теренах. В адміністративному відношенні колегія була підпорядкована канцелярії малоросійського генерал — губернатора, яка існувала до 1796 року.
У «Секретній інструкції генерал — губернатору президенту Малоросійської колегії Румянцеву», яка побачила світ у листопаді 1764 року, Катерина II в доволі темних фарбах описала становище українських земель. І, як наголошувала цариця, цим важким становищем, а також прагненням до його виправлення і була обґрунтована зміна влади в Україні. Щоправда, імператриця додавала, що від родючих і багатих на ресурси українських земель царський уряд не отримує майже ніяких прибутків і це треба виправити. В інструкції також були порушені питання про перепис українського населення, про заборону міграцій українців, яку по—іншому можна назвати покріпаченням, тощо.
Із доповіді генерал — губернатора Румянцева «О разных мероприятиях по управлению Малороссией» від 18 травня 1765 року видно, наскільки широкою була сфера повноважень Другої Малоросійської колегії. В цій доповіді Румянцев говорив про становище українських земель та пропонував ідеї щодо вирішення українських проблем. В ній описані, а пізніше й затверджені Катериною II заходи, яких слід було вжити в Малоросії. А саме:
— Міста і містечка, які не були пожалувані царським указом, повинні бути вилучені із приватної власності і передані у власність держави.
— Ратушні села також повертаються у власність держави.
— У всякому місті «…из числа бургомейстеров именовать одного полиции бургомистр, с определением ему некоторых полицейских слуг», тобто створити поліцію, підконтрольну Санкт — Петербургу.
— На території Малоросії мають бути створені заводи з переробки селітри на порох, щоб зменшити витрати на перевезення сировини. А щоб уникнути небезпеки «…в месте, где оный делан может быть, по способности надежный гарнизон расположить».
— Створити щотижневу пошту у всій Малоросії.
— Ліси, що знаходяться у монастирській та іншій власності, намагатися забрати «в казенное смотрение», а також виписати людей, які б навчали місцевих жителів лісовій справі.
— Створити митниці, забезпечити утримання митних робітників, караул доріг. Ввести акциз.
Отже, до повноважень російської влади відходило управління всіма без винятку галузями суспільного життя України. Залишається додати, що, відповідно до указу Сенату «Про продовження чинності Другої Малоросійської колегії до 1785 року» від 13 грудня 1783 року, юрисдикція Другої Малоросійської колегії була продовжена до 1785 року, а в 1786 році вона припинила своє існування. Процес цілковитого влиття колись непокірної України до складу Російської імперії був завершений.