Гетьман Іван Скоропадський, обраний, як було сказано, 6 листопада 1708 року, вже не мав навіть тієї нестійкої ілюзії незалежності від Петра І, яку мав Мазепа, перебуваючи на посаді лівобережного гетьмана. Полтавська перемога Росії цілковито розв'язала руки Петру І щодо Гетьманщини. Країна, спустошена спочатку війною, а пізніше епідемією чуми, стала територією російської військової окупації. Росія не тільки постійно тримала тут своє військо, яке складалося з десяти драгунських полків, коштом місцевого народонаселення. Вона дедалі настирливіше втручалася у внутрішні справи України, які досі були в компетенції гетьманського уряду. Козацьке військо цілковито було передане під командування російських генералів і значно ослаблене. Таким кроком Петро І убезпечував себе від діянь наступників Мазепи, у появі яких, судячи з усього, не мав сумнівів. Тож, якщо він не міг вплинути на симпатії непокірних «малоросів», то ослабити їх з військової точки зору вважав тепер за необхідне, що й успішно втілював у життя. Відомо, наприклад, що вся належна українському гетьману артилерія була вивезена на початку 1709 року до Московського царства. Крім того, усі ключові старшинські посади в козацькому війську обіймали люди, у лояльності яких особисто пересвідчилися московські воєводи. Цар не просто залишив за собою виключне право призначати генеральну старшину й полковників — іноді це були навіть сотники. Петро І призначав на ці уряди зовсім чужих для України людей, наприклад росіян, молдаван, сербів або поляків. У Глухові, куди, за наполяганням Петра І, була перенесена столиця Гетьманщини у 1709 році, московські ставленики прискіпливо наглядали за діяльністю гетьмана, який мусив радитися з ними в усіх, навіть найдрібніших, справах.
Торкнулися зміни, викликані помстою царя українському народу, й економічної ситуації, розпочався перерозподіл. Майно, яке під час репресій над прихильниками Мазепи втратило своїх господарів, швидко переходило до інших рук. І, звичайно, теж не українських. Самі лише належні Олександру Меншикову землі зайняли колосальні території у центрі та на сході України. Швидко стали українськими поміщиками й такі поплічники Петра І, як Шереметев, Головін, Шафіров, Долгоруков і багато інших.
Проте навіть такого приниження гетьманської влади і народу України Петру І, здається, було замало. Адже якщо на Лівобережжі він домігся цілковитого контролю, то залишалося бунтівне Правобережжя, яке знову й знову робило спроби позбутися панування союзної Петру І Польщі. Царю і майбутньому імператору не давало спокою й Запорозьке Низове військо.
Помста Петра І запорожцям
за підтримку Мазепи
Гетьманування Пилипа Орлика
і його конституція
Прутська угода
Як відомо, запорожці на чолі зі своїм кошовим отаманом Костем Гордієнком не залишились осторонь від доленосних подій, що відбулися під час Полтавської битви. Вони активно підтримали гетьмана Мазепу, створивши чи не найбільш боєздатний підрозділ його війська. Проте перемога не була цього разу на боці січових відчайдухів, тож, зазнавши нищівної поразки, Запорозька Січ потрапила у немилість російського монарха. Відомий дослідник історії Запорозької Січі Д. Яворницький зазначає: «Спокушені Мазепою, захоплені Гордієнком, отримавши надію від Карла ХП, запорожці після страшної і кровопролитної поразки їх росіянами у самому гнізді, Чортомлицькій Січі, вимушені були покинути все, що було дорого кожному запорожцю: і рідну колиску, матку — Січу, і шумовиті пороги, що багато казали розуму і серцю кожного запорожця, і Великий Луг, який був „батьком“ для всякого „сіромахи“, і заповітну річку Самару з її священною для набожного запорожця обителлю, і, нарешті, усі могили, що приховували у своїх безмовних і таємничих надрах усю попередню історію запорозького війська».