Начало педагогической и серьезной научной деятельности Лобачевского совпало с неблагоприятными для Казанского университета веяниями. Безграничное самовластие ректора Яковкина не шло во благо возглавляемому им университету. В одночасье возвысившись из директора гимназии в профессоры, человек этот заботился не столько о нуждах университета, сколько об удовлетворении своих собственных непомерно возросших потребностей. Постепенно слухи о беспорядках, творившихся в университете, дошли до Петербурга. Из столицы полетели запросы. Яковкин со своими приближенными все свалили на иностранцев, вследствие чего уже с 1815 года министерство народного просвещения стало хуже относиться к немцам-профессорам. Знавший жизнь и людей Броннер почувствовал приближающуюся реакцию и, взяв шестимесячный отпуск, навсегда уехал в Швейцарию. Деятельность иллюмината-просветителя в России продолжалась около пяти лет. Другие иностранцы также поспешили оставить Казанский университет. Бартельс взял профессуру в Дерпте. Литтров переехал в Пражский университет. Беспорядки и казнокрадство не прекратились, а, наоборот, только усилились. Яковкин был снят. Государь отправил в Казань М.Л. Магницкого с инспекцией. Ревизор начал с осмотра университетских зданий и посещения лекций, а кончил донесением, имевшим важные последствия для Казанского университета. Магницкий нашел, что студенты не имеют должного понятия о заповедях Божьих, и писал, что для отечественного просвещения должна настать эпоха благочестия. Именно в благочестии ревизор видел единственное спасение от распущенности, привнесенной Яковкиным.
Так как кафедры после быстрого отъезда иностранцев остались без руководства, Лобачевский был назначен экстраординарным профессором. Казанский университет к этому времени так опустел, что профессора вынуждены были возглавлять по несколько кафедр. Лобачевскому приходилось в буквальном смысле рваться на части, воплощая в своем лице преподавательский состав всего математического факультета.
Вскоре государев ревизор был назначен ректором и принялся за исправление как студентов, так и профессоров. Для студентов Магницкий составил такие правила поведения, что они больше напоминали монастырский устав, чем обычный распорядок учебного заведения. Провинившихся называли грешниками, а карцер носил название «комнаты уединения», на стенах которой можно было видеть изображения сцен Страшного суда. Об этих «грешниках» молились в церквах, к ним посылали духовника. По торжественным дням приготовлялись в университетском дворе обеденные столы для нищих и за столами этими должны были прислуживать студенты – дабы смирялась гордыня и воспитывалось послушание.
Молодого профессора Лобачевского студенты слушали неохотно. Они предпочитали ему некоего Никольского, который учил математике гораздо веселее, в духе дня, каждый раз повторяя: «С помощью Божьей эти два треугольника равны».
В эту странную эпоху торжествующего благочестия даже деловые бумаги писались особым слогом, сильно напоминавшим богословский. Но вера и благочестие не помешали Магницкому воровать так же, как и его предшественник.
Грянула новая ревизия. 6 мая 1826 года Магницкого отстранили, и попечителем был назначен граф М.Н. Мусин-Пушкин. А 3 мая 1827 года совет университета избрал профессора Лобачевского ректором, не взирая на его молодость (ему тогда было всего тридцать три года).
Однако эпоха «благочестия» Магницкого сыграла-таки свою положительную роль в жизни великого математика. Не имея возможности активно участвовать в работе университета, еще в 1823 году Лобачевский начал свои исследования в области неевклидовой геометрии. В должности ректора у него уже не было такой свободы действий и такого большого количества праздного времени, без чего никакая серьезная научная и творческая деятельность невозможны.
15 сентября 1845 года совет университета единогласно подтвердил назначение Лобачевского ректором на очередной четырехлетний период, но в следующем году его отстраняют от должности под благовидным предлогом повышения по службе: ученого назначают помощником попечителя Казанского учебного округа. Вынужденный уход из университета обидел и опечалил Лобачевского. Теперь он занимался только училищами и гимназиями. Материальное положение его ухудшилось.
В 1852 году умирает от туберкулеза старший любимый сын Лобачевского Алексей, студент университета. В следующем году бросает университет и уходит на военную службу второй сын – Николай. Брат жены оказался картежником. Пришлось заложить дом. Над семьей нависло разорение. Здоровье самого Лобачевского было подорвано, слабело зрение. Кто-то, пользуясь его слепотой, украл все заслуженные им ордена. Слуга Лобачевского дал следующие показания: «Во время дня, когда происходила перестройка в доме, украдено платье, принадлежащее помещику моему, а именно: черный и синий форменный фрак и бывшие на оном ордена св. Анны 1-й степени со звездою и орден св. Станислава без звезды и двое брюк, черные и синие». Ученый просит единовременного пособия для поездки на лечение в Москву. Извещение о выделении ему 1 500 рублей лечебных денег приходит за 12 дней до его смерти.