Когда папа Павел IV предложил ему привести картину «в порядок», то есть «прикрыть срамные части», мастер ответил: «Передайте папе, что это дело пустячное... Пусть он тем временем наведет порядок в мире, а навести порядок в живописи можно быстро...» Тем не менее Тридентский собор постановил прикрыть наготу фигур драпировками.
Неслучайно у ног Христа Микеланджело поместил Св. Варфоломея. В левой руке святой держит кожу, заживо содранную с него гонителями первых христиан. Придав искаженному страданием лицу, которое изображено на содранной коже, собственные черты, Микеланджело запечатлел невыносимые душевные муки, которые он испытал создавая свое великое творение. Эта деталь свидетельствует о растущем пессимизме Микеланджело, и представляет его горькую «подпись». Включение во фреску столь необычного и смелого мотива, трагический накал этого образа свидетельство всей остроты личного отношения художника к воплощаемой теме. Черты лица Св. Варфоломея напоминают римского писателя и гуманиста Пьетро Аретино, который страстно нападал на Микеланджело из-за того, что считал неприличной его трактовку религиозного сюжета.
По свидетельству Вазари, папа Павел IV в 1550-е гг., за несколько недель до смерти Микеланджело, собирался сбить фреску, поскольку культурный климат стал более консервативным. Но вместо полного уничтожения в 1565 году художнику Даниэле да Вольтерра (большому почитателю гения Микеланджело) было поручено «одеть» святых или прикрыть набедренными повязками их наготу, это да Вольтерра получил кличку «Браджеттоне» - «исподнишник, рисовальщик штанов», с которой его имя и осталось связанным навсегда. Эти записи были частично удалены во время реставрации, закончившейся в 1993 году. В 1590-х годах папа Климент VIII решил удалить «Страшный суд». Только вмешательство живописцев римской Академии Св. Луки позволило сохранить эту поразительную фреску.
Как тема росписи «Страшный суд», так и характер ее решения свидетельствуют о тех сдвигах, которые произошли в творческой эволюции мастера, особенно наглядной при сравнении росписи алтарной стены и свода. Если ранняя работа посвящена первым дням творения и воспевала могучую творческую энергию человека, то «Страшный суд» заключает идею крушения мира и возмездия за совершенные на земле деяния.
Эта фреска - одно из самых зрелых и известных произведений мастера. Предчувствие катастрофы охватывало Микеланджело Буонарроти, и он оставил об этом свидетельство, столь же грандиозное, сколь и неповторимое по своей гениальности. Это предчувствие выражено искусством, которое уже явственно знаменует отход от одного из основных принципов Высокого Возрождения. Во фреске «Страшный суд» частное полностью подчинено целому, личность, как бы она ни была значительна, - людскому потоку.
И все же Микеланджело не может отказаться полностью от своего идеала всесильной творческой личности, прекрасного человека, который находит наиболее полное воплощение в образе Христа, творящего суд и восстанавливающего справедливость. Кстати сказать, и те, над которыми он творит суд, при всем безволии все еще остаются физически могучими людьми. В этом несоответствии физической силы и подавленной воли заложено неразрешимое противоречие образного смысла росписи, ее глубокий внутренний драматизм.
В соответствии с эмоциональным тоном "Страшного суда" находится и его колористическое решение: сине-стальные, грозовые оттенки фона с темнеющими сгустками и вспыхивающими отсветами оттеняют словно тронутые пеплом тона обнаженного тела.
Микеланджело работал часто до самозабвения, иногда до обморока. Особенно часто мучило его сознание своего несовершенства, недовольство собой, своим трудом. Он разбивал иногда молотом вполне законченное произведение, обломки которого ценились на вес золота.