Сохранению самосознания народа в плену способствовала и деятельность пророков, настраивавших его на необходимость принять изгнание как справедливое возмездие и испытание, которое нужно вынести и сохранить верность Господу. Особенно важна была проповедь пророка Йехэзкэля (Иезекииля), принявшего пророческое призвание в Вавилонии и написавшего там свою книгу. Дом пророка Иеремии в поселке переселенцев Тель-Авив («Холм весны») под Ниппуром стал местом, где собирались люди после утомительного трудового дня, чтобы вместе помолиться, послушать рассказы об удивительных видениях пророка, его притчи и, вероятно, вместе почитать священную книгу, унесенную в плен. Так дом Иеремии стал прообразом того, что впоследствии назовут греческим словом «синагога» (synagōge — «собрание») и что в еврейской традиции именуется трояко: бет ѓа-тфилла («дом молитвы»), бет ѓа-кнессет («дом собрания») и бет ѓа-мидраш («дом учения»; при синагоге обязательно существуют начальная школа, в которой детей учат читать и писать, а также классы для изучения взрослыми Торы). Впоследствии, когда будет восстановлен Храм в Иерусалиме, в столице и других городах и селениях Иудеи возникнут синагоги — места для чтения и толкования Торы и общения верующих. Эта принципиально новая форма религиозной жизни станет спасительной для еврейского народа и во время двухтысячелетнего изгнания новой эры. Именно в Вавилонском плену евреи сделали важнейшее открытие: истинный Храм Божий — душа человека, и вера может сохраняться даже тогда, когда разрушен зримый Храм. В плену народ живет надеждой на возвращение на родину, на возрождение Иерусалима и Храма.
Между тем в 538 г. до н. э. Вавилония была завоевана персами. Персидский царь Кир Великий разрешает иудеям вернуться на родину, чтобы иметь в качестве данника отстроенный Иерусалим. В VI и V вв. до н. э. последовало несколько волн репатриации. Первую из них возглавил в 538 г. до н. э. потомок Давида — Зеруббавель (Зоровавель). Новый исход в 458 г. до н. э. возглавил священник и писец (переписчик и знаток священных текстов) Эзра (Ездра). Именно в Книге Эзры описаны две волны репатриации — две алии (иврит. алия — «восхождение», ибо в высокогорный Иерусалим можно только взойти). Предположительно в том же 458 г. до н. э. в Иерусалим прибыл в качестве наместника Иудеи Нехемья (Неемия), заслуживший в народе прозвание «второго Моисея». Именно он руководил восстановлением города и Храма, что нашло отражение в книге, названной его именем и написанной от его лица. Начинается эпоха Второго Храма.
Благодаря усилиям Эзры-писца окончательно редактируются тексты Пятикнижия, запрещаются всякие изменения и добавления. Тора объявляется дарованной Богом, священной и неприкосновенной. Именно Эзра проводит первое публичное чтение и толкование Торы (ок. 444 г. до н. э.), а затем вводит обычай ее круглогодичного чтения перед народом с пояснениями и толкованиями. Для этого текст Торы был разделен на недельные главы — в соответствии с неделями лунного календаря, и каждую неделю начала читаться и толковаться определенная, строго предписанная глава (недельная глава не соответствует более позднему делению на главы, существующему во всех современных изданиях). Именно так и сейчас религиозные евреи в каждую неделю во время субботней службы читают и комментируют Тору. Так обретало все большую мощь и силу Слово, которое спасало еврейский народ в многочисленных испытаниях. Так шло становление канона Танаха и возникала культура комментирования, толкования Священного Писания, столь важная для иудейской традиции. В послепленную эпоху наряду с храмовым богослужением возникает иная форма религиозной жизни: в городах Иудеи люди собираются для совместной молитвы и для решения дел общины в молитвенных домах (синагогах).